PDB-4jg4: Ligand concentration regulates the pathways of coupled protein fo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jg4

タイトル

Ligand concentration regulates the pathways of coupled protein folding and binding

要素

Ribonuclease P protein component

キーワード

HYDROLASE / RNA-Binding / Endonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

anion binding / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / tRNA 3'-end processing / ribonuclease P / sulfate binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / chloride ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 / 解像度: 2.296 Å

データ登録者

Tonthat, N.K.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Ligand concentration regulates the pathways of coupled protein folding and binding.
著者: Daniels, K.G. / Tonthat, N.K. / McClure, D.R. / Chang, Y.C. / Liu, X. / Schumacher, M.A. / Fierke, C.A. / Schmidler, S.C. / Oas, T.G.

履歴

登録	2013年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jg4.cif.gz	62.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jg4.ent.gz	46.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/4jg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/4jg4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7ct3-d 4qtp-1 5cv5-2 4bxv-1 4j1m-d 5duv-2 2nvg-d 3vxw-d 2lba-d 6ljq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Ribonuclease P protein component

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.152, 83.152, 32.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-320- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease P protein component / RNase P protein / RNaseP protein / Protein C5 分子量: 14141.511 Da / 分子数: 1 / 変異: F107W, P39A, P90A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rnpA, BSSC8_00790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G4ENZ9, UniProt: P25814*PLUS, ribonuclease P
#2: 化合物	ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸分子量: 177.975 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄O₇P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.16 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→24.02 Å / Num. obs: 5545 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 8.9 % / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 44.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / R_sym value: 0.126 / % possible all: 78.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1111)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.296→24.017 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	554	10.01 %
R_work	0.2126	-	-
obs	0.2161	5536	94.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.6768 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.296→24.017 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	954	0	27	32	1013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.488	1323
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.219	394
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	140
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2962-2.5271	0.3216	124	0.2829	1077	X-RAY DIFFRACTION	84
2.5271-2.8922	0.3193	141	0.2648	1258	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8922-3.6418	0.2758	145	0.2227	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6418-24.0182	0.1968	144	0.1769	1338	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5209	-0.1117	-0.0173	0.2915	0.1337	0.0245	-0.1994	-0.0309	0.0467	-0.2026	0.0985	0.1087	-0.0817	-0.2552	-0.0001	0.3602	0.0315	-0.0986	0.3606	-0.0689	0.3078	54.1483	-149.1558	-4.5254
2	0.1121	-0.1225	-0.2032	0.1475	0.0382	0.8455	-0.0155	0.0577	0.1325	0.0904	-0.1078	0.1305	0.4984	0.2049	-0.2484	0.1846	0.0088	0.0097	0.2248	-0.0243	0.343	48.1245	-151.5996	-3.8661
3	0.0521	0.0421	0.0589	0.0353	0.0482	0.0713	0.1903	0.007	0.0533	-0.0471	0.1918	0.0362	0.1115	-0.1057	0.2009	0.4338	-0.2935	-0.0025	1.108	0.084	0.7337	72.0587	-150.2935	-11.0768
4	0.4022	-0.0786	0.3781	0.129	0.025	0.3722	0.117	-0.0475	-0.5948	-0.0363	-0.1641	0.0354	-0.3429	0.1926	-0.023	0.177	0.0105	0.0588	0.1759	-0.0321	0.2306	57.8146	-159.3833	-3.5792
5	0.6376	-0.4084	-0.1812	1.4456	0.4451	0.173	-0.3547	-0.7853	0.1959	0.4079	0.4273	-0.2765	0.0327	-0.1127	0.0864	0.2366	0.0782	0.0007	0.42	-0.0016	0.1881	60.511	-155.6922	3.5153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 56 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 81 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 82 through 115 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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