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万見
- PDB-4jej: GGGPS from Flavobacterium johnsoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jej
タイトルGGGPS from Flavobacterium johnsoniae
要素Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / PcrB-like / FsPP / GGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerol geranylgeranyltransferase / phosphoglycerol geranylgeranyltransferase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / FMN-linked oxidoreductases / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase/Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / GGGP/HepGP synthase superfamily / PcrB family / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Peterhoff, D. / Beer, B. / Rajendran, C. / Kumpula, E.P. / Kapetaniou, E. / Guldan, H. / Wierenga, R.K. / Sterner, R. / Babinger, P.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: A comprehensive analysis of the geranylgeranylglyceryl phosphate synthase enzyme family identifies novel members and reveals mechanisms of substrate specificity and quaternary structure organization.
著者: Peterhoff, D. / Beer, B. / Rajendran, C. / Kumpula, E.P. / Kapetaniou, E. / Guldan, H. / Wierenga, R.K. / Sterner, R. / Babinger, P.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9896
ポリマ－26,5241
非ポリマー4665
水3,261181
1
A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子

A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,97912
ポリマ－53,0472
非ポリマー93210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y,-z+31
Buried area4990 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.270, 43.010, 75.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-563-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase


分子量: 26523.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_1584 / プラスミド: pET 21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FJK8

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非ポリマー , 5種, 186分子

#2: 化合物 ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→37.06 Å / Num. obs: 34719 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F6X and 1VIZ

2f6x

1viz


解像度: 1.52→37.06 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 1732 5 %
Rwork0.177 --
obs0.178 34657 95.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→37.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 27 181 2014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2572523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.897675
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5243-1.56920.3516950.321830X-RAY DIFFRACTION65
1.5692-1.61990.331460.27382781X-RAY DIFFRACTION97
1.6199-1.67780.25061470.25452783X-RAY DIFFRACTION98
1.6778-1.74490.241460.21842784X-RAY DIFFRACTION98
1.7449-1.82430.21961480.18262820X-RAY DIFFRACTION99
1.8243-1.92050.21981470.18382794X-RAY DIFFRACTION98
1.9205-2.04080.21161480.1762811X-RAY DIFFRACTION99
2.0408-2.19840.21171490.16142819X-RAY DIFFRACTION99
2.1984-2.41960.18191500.16792863X-RAY DIFFRACTION99
2.4196-2.76960.19641500.1722838X-RAY DIFFRACTION99
2.7696-3.4890.17691500.16972849X-RAY DIFFRACTION98
3.489-37.0720.16841560.15852953X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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