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- PDB-4jap: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis PKS11 Reveals Int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jap
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis PKS11 Reveals Intermediates in the Synthesis of Methyl-branched Alkylpyrones
要素Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
キーワードTRANSFERASE / lipid biosynthesis / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / ketosynthase enzyme / Alkylpyrone synthesis / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide synthase complex / chalcone biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / lipid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-methyl-3-oxooctadecanoic acid / COENZYME A / PALMITIC ACID / Methyl-branched alkylpyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11 / Methyl-branched alkylpyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.833 Å
データ登録者Gokulan, K. / Sacchettini, J.C. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase 11 (PKS11) reveals intermediates in the synthesis of methyl-branched alkylpyrones.
著者: Gokulan, K. / O'Leary, S.E. / Russell, W.K. / Russell, D.H. / Lalgondar, M. / Begley, T.P. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
C: Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
B: Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
A: Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,39710
ポリマ－150,7254
非ポリマー2,6736
水3,333185
1
D: Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
C: Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6435
ポリマ－75,3622
非ポリマー1,2803
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
2
B: Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
A: Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7555
ポリマ－75,3622
非ポリマー1,3933
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.011, 48.627, 193.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase-like Pks11 / Alpha-pyrone synthesis polyketide synthase type III Pks11 / Chalcone synthase-like protein / CHS-like


分子量: 37681.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: pks11, Rv1665, MT1705 / 発現宿主: mycobacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: O06587, UniProt: P9WPF3*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-14U / (2S)-2-methyl-3-oxooctadecanoic acid


分子量: 312.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Sodium iodide, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 90986 / Observed criterion σ(F): 6.34 / Observed criterion σ(I): 0.22

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.833→44.803 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 46.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 4291 5.01 %5%
Rwork0.2341 ---
obs0.2368 90962 77.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.212 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5629 Å2-0 Å2-5.7934 Å2
2---1.5784 Å2-0 Å2
3---0.0154 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.833→44.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10582 0 174 185 10941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35414936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3374026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.833-1.85370.983210.90662X-RAY DIFFRACTION1
1.8537-1.87550.6447410.6374929X-RAY DIFFRACTION25
1.8755-1.89830.5361320.5747539X-RAY DIFFRACTION29
1.8983-1.92240.5038650.48071075X-RAY DIFFRACTION34
1.9224-1.94770.4693660.44881217X-RAY DIFFRACTION33
1.9477-1.97440.4686930.45871688X-RAY DIFFRACTION46
1.9744-2.00260.43731020.44641894X-RAY DIFFRACTION52
2.0026-2.03250.42041220.4252291X-RAY DIFFRACTION62
2.0325-2.06420.44221330.43262448X-RAY DIFFRACTION67
2.0642-2.09810.3611320.41232742X-RAY DIFFRACTION74
2.0981-2.13420.40831400.4072908X-RAY DIFFRACTION78
2.1342-2.1730.42551790.40053021X-RAY DIFFRACTION82
2.173-2.21480.42171580.38753212X-RAY DIFFRACTION87
2.2148-2.260.38121700.38493326X-RAY DIFFRACTION90
2.26-2.30920.4141700.35783487X-RAY DIFFRACTION93
2.3092-2.36290.36991990.34563546X-RAY DIFFRACTION97
2.3629-2.4220.40022020.32943693X-RAY DIFFRACTION98
2.422-2.48750.39822360.32313623X-RAY DIFFRACTION99
2.4875-2.56060.36761990.31773704X-RAY DIFFRACTION99
2.5606-2.64330.3891890.30193613X-RAY DIFFRACTION99
2.6433-2.73780.34391810.28413700X-RAY DIFFRACTION99
2.7378-2.84730.36992170.27073690X-RAY DIFFRACTION99
2.8473-2.97690.32562020.2643681X-RAY DIFFRACTION99
2.9769-3.13380.27951730.25023735X-RAY DIFFRACTION99
3.1338-3.33010.34161690.23113735X-RAY DIFFRACTION99
3.3301-3.58710.25352060.21633718X-RAY DIFFRACTION99
3.5871-3.94790.25791850.19843752X-RAY DIFFRACTION99
3.9479-4.51870.23411900.16493768X-RAY DIFFRACTION99
4.5187-5.69130.22112010.17463763X-RAY DIFFRACTION99
5.6913-44.8030.21772040.16643905X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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