PDB-4j8l: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE DEPENDENT protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j8l

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE DEPENDENT protein YhfS from Escherichia coli

要素

Uncharacterized protein YhfS

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Two domains / PLP covalently attached to Lysine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.651 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the pyridoxal-5'-phosphate dependent protein yhfs from escherichia coli
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j8l.cif.gz	154.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j8l.ent.gz	122.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7c6r-d 6r1b-3 3dtw-1 3u6j-d 5t4k-d 3ke3-d 6a8z-2 7c6x-4 4hn9-2 3q2q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YhfS

ヘテロ分子

39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Uncharacterized protein YhfS

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein YhfS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.915, 134.915, 75.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-512- HOH
2	1	A-752- HOH
3	1	A-756- HOH
4	1	A-758- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YhfS 分子量: 39052.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yhfS, b3376, JW3339 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45545
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.4M sodium acetate, 0.1M sodium cacodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月3日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.651→46.121 Å / Num. all: 48578 / Num. obs: 48578 / % possible obs: 99.78 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.651→46.121 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1952	2454	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1691	-	-	-
obs	0.1705	48578	99.78 %	-
all	-	48578	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.651→46.121 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2732	0	20	276	3028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	3836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.062	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	447
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	510

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6514-1.6832	0.286	115	0.2272	2499	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6832-1.7175	0.2312	132	0.2061	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7175-1.7549	0.235	124	0.1905	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7549-1.7957	0.2461	150	0.1995	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7957-1.8406	0.2362	117	0.1859	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8406-1.8904	0.2171	138	0.1767	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8904-1.946	0.2378	147	0.1711	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-2.0088	0.2043	150	0.1732	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0088-2.0806	0.2005	141	0.1643	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0806-2.1639	0.2121	119	0.1677	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1639-2.2624	0.2079	126	0.17	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2624-2.3817	0.2138	137	0.1694	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3817-2.5309	0.2171	132	0.1747	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5309-2.7263	0.1753	135	0.1793	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7263-3.0006	0.2108	145	0.1854	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0006-3.4346	0.1958	158	0.1776	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4346-4.3268	0.1565	147	0.1476	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3268-46.139	0.1797	141	0.1552	2804	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1218	-2.1999	-1.8242	7.4331	2.8857	3.4447	0.0738	0.2711	-0.174	-0.6479	-0.1527	0.1524	-0.1035	-0.0576	0.0539	0.1583	-0.019	-0.0448	0.1657	-0.0065	0.1365	25.2805	51.2025	36.403
2	0.6951	1.3472	-1.9082	2.7456	-4.0002	5.8913	0.0996	-0.0774	0.1546	0.1865	-0.014	0.24	-0.2493	-0.0003	-0.1049	0.1344	-0.0029	0.0293	0.1635	-0.0071	0.1992	15.8308	61.4237	60.3316
3	2.3812	0.9923	2.1702	0.973	0.1028	7.473	0.0266	-0.0485	0.0975	-0.0938	-0.015	0.2989	-0.3415	-0.2448	0.0022	0.0902	0.0128	0.0165	0.1142	0.0103	0.1689	14.6742	53.1325	52.2987
4	1.1066	-0.4885	-0.144	1.7535	-0.0704	1.7453	-0.0391	0.1658	-0.3512	-0.2137	0.0031	0.14	0.4001	-0.223	-0.02	0.2569	-0.0719	-0.0155	0.1719	-0.0688	0.2808	17.6892	29.1714	45.7156
5	0.7893	-0.053	-0.4576	0.9788	0.2325	2.0115	0.0288	0.069	-0.0314	-0.0534	0.0239	0.159	0.103	-0.1236	-0.0504	0.1519	-0.0089	-0.0081	0.1368	-0.0098	0.2081	19.3338	44.9573	51.3608
6	4.8586	-0.9281	-5.3143	0.8516	0.9467	6.3122	0.11	-0.0376	0.1541	-0.1855	0.0816	0.0666	-0.1408	0.2009	-0.2062	0.1439	-0.0003	-0.01	0.1196	-0.0109	0.1222	33.4635	51.8143	41.7231
7	2.3673	-0.646	-0.1828	1.5425	0.4373	2.0001	0.0014	0.1916	-0.3196	-0.1261	-0.039	-0.1255	0.1164	0.094	0.0194	0.1912	0.0226	0.0624	0.1225	-0.0079	0.2041	47.9494	35.6855	37.8333
8	1.7673	-0.2685	-0.1595	4.0974	1.9714	2.2116	-0.0183	-0.0018	-0.2769	0.217	-0.0433	0.0361	0.3024	-0.0254	0.0777	0.1451	0.0083	0.0236	0.1324	-0.0058	0.1773	42.6044	37.1608	47.0511
9	5.0566	0.7016	-1.0558	4.2027	0.1401	1.5383	-0.0579	-0.0305	0.0336	-0.3261	0.0499	-0.2878	-0.0318	0.1012	0.0045	0.2142	0.0168	0.0445	0.1362	-0.0235	0.1069	49.3324	44.3903	39.1797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 74 through 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 171 through 228 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 229 through 261 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 262 through 299 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 300 through 336 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 337 through 361 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)