PDB-4j7o: Structure of the N-terminal Repeat Domain of Rickettsia Sca2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j7o

タイトル

Structure of the N-terminal Repeat Domain of Rickettsia Sca2

要素

Putative surface cell antigen sca2

キーワード

CELL INVASION / Helical repeat / actin nucleation / actin

機能・相同性

: / Surface cell antigen Sca2 helical repeat / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / cell outer membrane / Putative surface cell antigen sca2

機能・相同性情報

生物種

Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.175 Å

データ登録者

Madasu, Y. / Dominguez, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Rickettsia Sca2 has evolved formin-like activity through a different molecular mechanism.
著者: Madasu, Y. / Suarez, C. / Kast, D.J. / Kovar, D.R. / Dominguez, R.

履歴

登録	2013年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j7o.cif.gz	151.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j7o.ent.gz	121.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j7o_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j7o_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	4j7o_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	4j7o_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6bbq-d 5c4k-d 1svu-d 1mbu-d 4lc0-2 3ca3-3 4lbv-2 4lbw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative surface cell antigen sca2

ヘテロ分子

42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.020, 102.870, 55.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative surface cell antigen sca2 分子量: 42024.055 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Repeat Domain, UNP residues 34-400 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア) 遺伝子: sca2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92JF7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M sodium citrate, 18-20% (w/v) PEG 3350 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9769 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日 / 詳細: Bent, triangular Si(111) monochromator crystal
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9769 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.175→64 Å / Num. all: 25180 / Num. obs: 24526 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.83 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 13.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.175→64 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2271	1927	8.16 %	Random
R_work	0.179	-	-	-
all	0.1829	25180	-	-
obs	0.1829	23613	93.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.188 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	22.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-28.588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.175→64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2661	0	30	109	2800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.718	3717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.808	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	484

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.175-2.2293	0.364	80	0.2948	877	957	54
2.2293-2.2896	0.2801	132	0.2654	1447	1579	89
2.2896-2.357	0.3343	125	0.2538	1502	1627	93
2.357-2.433	0.3355	134	0.2306	1509	1643	94
2.433-2.52	0.2817	140	0.229	1543	1683	94
2.52-2.6209	0.2604	138	0.2177	1561	1699	96
2.6209-2.7402	0.2922	140	0.2121	1604	1744	97
2.7402-2.8847	0.2469	141	0.2149	1573	1714	98
2.8847-3.0654	0.2499	148	0.2064	1630	1778	99
3.0654-3.3021	0.2709	146	0.1988	1644	1790	100
3.3021-3.6343	0.2183	146	0.1809	1650	1796	100
3.6343-4.1601	0.1982	148	0.1394	1668	1816	100
4.1601-5.241	0.1942	151	0.1363	1695	1846	100
5.241-64.1586	0.1745	158	0.1639	1783	1941	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.751	0.9958	-0.6133	4.9106	-0.0773	7.3302	0.1137	-1.0185	0.6405	0.4958	0.0604	0.2958	-0.2303	-0.4318	-0.1872	0.4071	-0.0373	0.0016	0.6161	-0.0022	0.4329	12.3638	28.3973	67.937
2	6.0833	-3.1602	-2.4313	6.5632	3.2649	6.191	0.2292	-0.1758	-0.7202	-0.1442	-0.0894	0.3	0.5756	-0.124	-0.1133	0.4188	-0.0774	-0.1382	0.4078	0.1152	0.3825	25.7581	15.9312	58.1072
3	5.9485	-0.9835	-0.1803	8.1304	-2.0989	6.7339	0.1698	-0.0044	-0.0586	0.1552	-0.3109	-0.1125	0.1956	0.3436	0.1573	0.3112	-0.0223	-0.0287	0.3495	0.0253	0.3673	40.1305	25.3758	54.6033
4	4.4175	-2.291	1.0981	9.5285	-4.4241	5.1258	0.229	0.265	-0.1491	-0.442	-0.1834	0.0064	0.3883	0.0918	-0.0124	0.351	0.0231	-0.0092	0.2788	0.0039	0.2886	34.7966	24.0544	48.4055
5	6.8263	-5.0592	1.4783	8.5824	-2.1039	4.111	0.2469	0.2549	-0.508	-0.5689	-0.2914	0.3314	0.7827	0.1917	0.0123	0.5111	0.0826	0.0385	0.3417	0.0314	0.3745	24.0686	36.0218	34.8553
6	1.9486	-3.4439	-1.3793	3.2288	2.2617	2.3496	-0.1858	-0.0809	-0.3077	-0.2339	0.1227	0.2877	0.3164	0.2722	0.0955	0.4836	0.0091	-0.0115	0.3626	0.1062	0.4804	12.8647	52.9302	30.1795
7	8.7011	-6.0928	-4.854	8.8251	4.0395	7.5624	0.484	0.6935	-0.1285	-0.5789	-0.5694	-0.0484	-0.1134	-0.1497	0.033	0.3992	0.0518	-0.0676	0.3441	0.0364	0.3652	2.3939	69.3991	31.9727
8	5.5345	-1.2088	-4.4877	6.8465	4.7073	9.0334	0.3803	0.234	0.5093	-0.2142	-0.5636	0.3243	-0.8596	-0.6003	0.2507	0.4672	0.0657	-0.1232	0.3309	-0.0397	0.5537	-9.4043	81.501	41.7317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 34:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 73:121)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 122:164)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 165:196)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 197:238)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 239:281)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 282:321)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 322:362)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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