+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j7o | ||||||
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Title | Structure of the N-terminal Repeat Domain of Rickettsia Sca2 | ||||||
Components | Putative surface cell antigen sca2 | ||||||
Keywords | CELL INVASION / Helical repeat / actin nucleation / actin | ||||||
Function / homology | Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / Putative surface cell antigen sca2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Rickettsia conorii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.175 Å | ||||||
Authors | Madasu, Y. / Dominguez, R. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Rickettsia Sca2 has evolved formin-like activity through a different molecular mechanism. Authors: Madasu, Y. / Suarez, C. / Kast, D.J. / Kovar, D.R. / Dominguez, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4j7o.cif.gz | 151.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4j7o.ent.gz | 121.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4j7o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j7o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42024.055 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: N-terminal Repeat Domain, UNP residues 34-400 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rickettsia conorii (bacteria) / Gene: sca2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q92JF7 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2M sodium citrate, 18-20% (w/v) PEG 3350 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.9769 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 21, 2011 / Details: Bent, triangular Si(111) monochromator crystal |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9769 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.175→64 Å / Num. all: 25180 / Num. obs: 24526 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.83 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 13.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.175→64 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / Phase error: 24.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.175→64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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