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- PDB-4j7a: Crystal Structure of Est25 - a Bacterial Homolog of Hormone-Sensi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j7a
タイトルCrystal Structure of Est25 - a Bacterial Homolog of Hormone-Sensitive Lipase from a Metagenomic Library
要素Esterase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.492 Å
データ登録者Ngo, T.D. / Ryu, B.H. / Ju, H.S. / Jang, E.J. / Park, K.S. / Joo, S.B. / Kim, K.K. / Kim, D.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural and functional analyses of a bacterial homologue of hormone-sensitive lipase from a metagenomic library
著者: Ngo, T.D. / Ryu, B.H. / Ju, H. / Jang, E. / Park, K. / Kim, K.K. / Kim, D.H.
履歴
登録2013年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
C: Esterase
D: Esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,9784
ポリマ－158,9784
非ポリマー00
水38,0302111
1
A: Esterase
D: Esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4892
ポリマ－79,4892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
2
B: Esterase
C: Esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4892
ポリマ－79,4892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.758, 95.213, 99.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-674-

HOH

21B-697-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Esterase


分子量: 39744.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q4TZQ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 2.4M sodium malonate pH 7.0, Microbatch, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 203 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97888, 0.97917, 0.96395, 1.00000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978881
20.979171
30.963951
411
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. all: 297211 / Num. obs: 285917 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.49→50 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1063)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.492→28.555 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1695 14491 5.07 %RANDOM
Rwork0.1434 ---
all0.15 297185 --
obs0.1448 285892 96.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.492→28.555 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10560 0 0 2111 12671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17714760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7013860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061956
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.492-1.5090.22234030.1711846390
1.509-1.52680.22284790.164885495
1.5268-1.54540.20335000.1447883695
1.5454-1.56490.17914670.1389894596
1.5649-1.58550.16775090.1288881295
1.5855-1.60730.16054570.125896596
1.6073-1.63020.16425030.1255893196
1.6302-1.65450.17224980.127898196
1.6545-1.68040.16555030.1256897996
1.6804-1.70790.1634530.1238905596
1.7079-1.73740.16114860.1249902996
1.7374-1.7690.17744950.1368906897
1.769-1.8030.19554770.136903597
1.803-1.83980.15975020.1288908597
1.8398-1.87980.16085130.1268905997
1.8798-1.92350.175100.1324909797
1.9235-1.97160.16914650.1343913198
1.9716-2.02490.16934960.1362919698
2.0249-2.08450.16064520.1299919798
2.0845-2.15170.15384630.1273922498
2.1517-2.22860.16464800.1307920698
2.2286-2.31780.16345040.134925199
2.3178-2.42320.15825060.1375928299
2.4232-2.55090.18785170.1467930899
2.5509-2.71060.18224710.1507930699
2.7106-2.91970.16454520.1561939899
2.9197-3.21320.17944710.1554936499
3.2132-3.67730.14785040.1383922398
3.6773-4.62980.14944730.1429874693
4.6298-28.560.20194820.1861837588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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