PDB-4j5u: X-ray crystal structure of a serine hydroxymethyltransferase with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j5u

タイトル

X-ray crystal structure of a serine hydroxymethyltransferase with covalently bound PLP from Rickettsia rickettsii str. Sheila Smith

要素

Serine hydroxymethyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray crystal structure of a serine hydroxymethyltransferase with covalently bound PLP from Rickettsia rickettsii str. Sheila Smith
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J.A. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j5u.cif.gz	362.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j5u.ent.gz	292.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ecdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2w7e-1 2vgt-1 2vmo-1 1n2t-d 6ymf-1 2w7g-1 2vib-1 6yme-1 3h7f-d 2w7d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: RiriA.00008.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase

B: Serine hydroxymethyltransferase

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.270, 113.280, 65.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase / SHMT / Serine methylase 分子量: 46297.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア) 株: Sheila Smith / 遺伝子: glyA, A1G_06305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8GTI9, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M MES:NaOH pH 6.5, 10% (w/v) PEG 4000, 22.4 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.28357 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.28357 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 82323 / Num. obs: 81184 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 23.198 Å² / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 25.37

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.74	0.2	5.42	18664	5893	1	97.4
1.74-1.79	0.184	6.8	21891	5911	1	99.7
1.79-1.84	0.147	8.4	21317	5748	1	99.8
1.84-1.9	0.14	8.82	20324	5464	1	98.3
1.9-1.96	0.085	16.2	18039	5193	1	95.9
1.96-2.03	0.072	16.26	19464	5205	1	99.5
2.03-2.11	0.059	19.44	18947	5067	1	99.7
2.11-2.19	0.052	21.94	18137	4835	1	99.6
2.19-2.29	0.045	28.38	15349	4542	1	96.5
2.29-2.4	0.04	27.48	16604	4414	1	99.5
2.4-2.53	0.036	30.66	16048	4269	1	99.5
2.53-2.69	0.032	33.82	15026	3996	1	99.6
2.69-2.87	0.029	38.09	14133	3759	1	99.3
2.87-3.1	0.025	43.7	13149	3507	1	99.5
3.1-3.4	0.023	48.31	11947	3210	1	99.3
3.4-3.8	0.023	51.18	10517	2917	1	98.4
3.8-4.39	0.021	54.44	9200	2578	1	98.9
4.39-5.38	0.019	55.96	8219	2171	1	99.2
5.38-7.6	0.02	54.3	6522	1720	1	99.2
7.6-50	0.018	57.55	2700	785	1	81.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1255	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3ECD

3ecd

解像度: 1.7→19.625 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8713 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	4057	5 %
R_work	0.176	-	-
obs	0.1779	81155	98.89 %
all	-	82323	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.53 Å² / B_iso mean: 19.8207 Å² / B_iso min: 7.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6448	0	0	771	7219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6701
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	9134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.033	2458

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.2383	130	0.1878	2533	2663	96
1.72-1.7409	0.1918	120	0.1731	2706	2826	99
1.7409-1.763	0.2402	148	0.176	2633	2781	100
1.763-1.7861	0.2548	136	0.1754	2685	2821	100
1.7861-1.8106	0.2377	154	0.172	2691	2845	100
1.8106-1.8364	0.2434	138	0.174	2677	2815	100
1.8364-1.8638	0.2213	130	0.1866	2662	2792	100
1.8638-1.8929	0.2961	133	0.2319	2684	2817	98
1.8929-1.9239	0.5473	128	0.3951	2562	2690	96
1.9239-1.9571	0.323	152	0.2535	2560	2712	95
1.9571-1.9926	0.2448	144	0.1876	2662	2806	100
1.9926-2.0309	0.1835	132	0.1609	2657	2789	100
2.0309-2.0723	0.2161	164	0.1641	2699	2863	100
2.0723-2.1173	0.225	143	0.1544	2659	2802	100
2.1173-2.1665	0.2221	134	0.1688	2673	2807	100
2.1665-2.2207	0.1926	131	0.1805	2681	2812	99
2.2207-2.2806	0.3985	113	0.3277	2579	2692	96
2.2806-2.3476	0.2161	139	0.1779	2695	2834	99
2.3476-2.4233	0.2063	157	0.1652	2635	2792	100
2.4233-2.5097	0.1945	152	0.161	2667	2819	100
2.5097-2.61	0.1876	150	0.169	2649	2799	100
2.61-2.7284	0.2215	136	0.1674	2711	2847	100
2.7284-2.8719	0.2079	153	0.1641	2689	2842	100
2.8719-3.0512	0.202	137	0.1641	2673	2810	100
3.0512-3.2858	0.1898	162	0.1598	2675	2837	100
3.2858-3.6146	0.1563	134	0.1452	2692	2826	100
3.6146-4.1334	0.1556	141	0.1414	2682	2823	98
4.1334-5.1916	0.1614	127	0.1252	2694	2821	99
5.1916-19.625	0.156	139	0.1422	2633	2772	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 1.1982 Å / Origin y: 13.8831 Å / Origin z: 15.3186 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0678 Å²	0.0012 Å²	-0.0042 Å²	-	0.0942 Å²	0.033 Å²	-	-	0.099 Å²
L	0.3688 °²	0.0993 °²	-0.0308 °²	-	0.653 °²	-0.0199 °²	-	-	0.4671 °²
S	-0.0069 Å °	0.0082 Å °	-0.0082 Å °	0.0033 Å °	0.0357 Å °	0.0507 Å °	0.0089 Å °	-0.0255 Å °	-0.0228 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:420 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:420 )	A	1 - 420
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:420 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:420 )	B	1 - 420

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