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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j5a | ||||||
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タイトル | Human Cyclophilin D Complexed with an Inhibitor | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial | ||||||
キーワード | Isomerase/Isomerase Inhibitor / Isomerase-Isomerase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / cellular response to hydrogen peroxide / フォールディング / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Gelin, M. / Colliandre, L. / Bessin, Y. / Guichou, J.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Rationnal Design of small-molecule inhibitors of human Cyclophilins and HCV replication. 著者: Colliandre, L. / Hamed-Belkacem, H. / Gelin, M. / Bessin, Y. / Douguet, D. / Bourguet, W. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4j5a.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4j5a.ent.gz | 66.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4j5a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17652.125 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-207 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3, PPIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-67Z / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 30% PEG4000, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Asymmetric Laue 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.58→36.697 Å / Num. all: 20616 / Num. obs: 20616 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 1.58→36.697 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 17.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.0722 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→36.697 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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