PDB-4j56: Structure of Plasmodium falciparum thioredoxin reductase-thioredo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j56

タイトル

Structure of Plasmodium falciparum thioredoxin reductase-thioredoxin complex

要素

Thioredoxin
Thioredoxin reductase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Protein-Protein Complex / Thioredoxin fold / Disulfide reductase / FAD binding / NADPH binding / Thioredoxin binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Metabolism of ingested MeSeO2H into MeSeH / The NLRP3 inflammasome / TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.371 Å

データ登録者

Fritz-Wolf, K. / Jortzik, E. / Stumpf, M. / Preuss, J. / Iozef, R. / Rahlfs, S. / Becker, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Plasmodium falciparum Thioredoxin Reductase-Thioredoxin Complex.
著者: Fritz-Wolf, K. / Jortzik, E. / Stumpf, M. / Preuss, J. / Iozef, R. / Rahlfs, S. / Becker, K.

履歴

登録	2013年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j56.cif.gz	477.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j56.ent.gz	391.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j56_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j56_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4j56_validation.xml.gz	85.6 KB	表示
CIF形式データ	4j56_validation.cif.gz	116.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j57C 3qfbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qfa-d 4j57-d 3qfb-d 4jmr-d 6vrc-d 3vu1-d 7c6o-d 3vs5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (8)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (7)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (4)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (4)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (2)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin reductase 2

B: Thioredoxin reductase 2

C: Thioredoxin reductase 2

D: Thioredoxin reductase 2

E: Thioredoxin

F: Thioredoxin

G: Thioredoxin

H: Thioredoxin

ヘテロ分子

294 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin reductase 2

B: Thioredoxin reductase 2

E: Thioredoxin

F: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thioredoxin reductase 2

D: Thioredoxin reductase 2

G: Thioredoxin

H: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.880, 89.180, 151.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 38:249 or resseq 260:534)
2	1	1	chain 'B' and (resseq 38:249 or resseq 260:534)
3	1	1	chain 'C' and (resseq 38:249 or resseq 260:534)
4	1	1	chain 'D' and (resseq 38:249 or resseq 260:534)
1	1	2	chain 'E'
2	1	2	chain 'F'
3	1	2	chain 'G'
4	1	2	chain 'H'

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase 2 / TrxR2 分子量: 59752.160 Da / 分子数: 4 / 変異: C535S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: trxr2, PFI1170c / プラスミド: pRSETa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P61076, thioredoxin-disulfide reductase
#2: タンパク質	Thioredoxin / Trx 分子量: 12854.468 Da / 分子数: 4 / 変異: C33S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PF14_0545 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q7KQL8
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 20% PEG 8000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98696 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98696 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→50 Å / Num. all: 110173 / Num. obs: 107823 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.97 Å² / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 9.35
反射シェル	解像度: 2.37→2.43 Å / 冗長度: 3 % / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3qfb

3qfb

解像度: 2.371→19.971 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 37.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	7647	7.09 %
R_work	0.2363	-	-
obs	0.2383	107806	98.05 %
all	-	110173	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.7137 Å²	-0 Å²	-7.5065 Å²
2-	-	-3.8246 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.5382 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.371→19.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18840	0	212	215	19267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	19432
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.207	26256
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.123	7128
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	2940
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3300

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3775	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3775	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	3	C	3775	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	4	D	3775	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
2	1	E	823	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	F	823	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
2	3	G	823	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
2	4	H	823	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3707-2.3976	0.4261	145	0.3842	2279	X-RAY DIFFRACTION	68
2.3976-2.4257	0.3894	218	0.3396	3417	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4257-2.4553	0.3725	217	0.3282	3378	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4553-2.4863	0.3149	6	0.3332	3591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4863-2.5189	0.3827	19	0.343	3597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5189-2.5534	0.4071	30	0.3373	3598	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5534-2.5898	0.3658	51	0.3237	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5898-2.6284	0.3245	65	0.3165	3585	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6284-2.6693	0.3049	80	0.317	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6693-2.713	0.3421	103	0.3027	3520	X-RAY DIFFRACTION	99
2.713-2.7597	0.3393	120	0.3019	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7597-2.8097	0.3345	160	0.3119	3445	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8097-2.8636	0.3372	192	0.3022	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8636-2.9219	0.341	253	0.2998	3414	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9219-2.9852	0.3346	301	0.2943	3337	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9852-3.0544	0.3259	330	0.2961	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0544-3.1305	0.2862	362	0.2655	3274	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1305-3.2148	0.3193	411	0.2687	3222	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2148-3.309	0.3275	372	0.2566	3273	X-RAY DIFFRACTION	99
3.309-3.4153	0.2773	399	0.2564	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4153-3.5367	0.2899	374	0.2497	3289	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5367-3.6775	0.2746	377	0.229	3240	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6775-3.8437	0.2676	414	0.2142	3220	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8437-4.0448	0.2503	390	0.2102	3239	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0448-4.2959	0.2253	370	0.1975	3266	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2959-4.6238	0.2255	370	0.1811	3299	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6238-5.0821	0.2153	376	0.1723	3256	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0821-5.8017	0.2409	383	0.1848	3295	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8017-7.2509	0.2271	380	0.1931	3299	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2509-19.9722	0.1883	379	0.167	3334	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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