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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j4o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FK506 binding domain of plasmodium VIVAX FKBP35 in complex with D44 | ||||||
![]() | 70 kDa peptidylprolyl isomerase, putative | ||||||
![]() | ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / D44 / FKBP35 / FK506 / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sreekanth, R. / Harikishore, A. / Yoon, H.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Small molecule Plasmodium FKBP35 inhibitor as a potential antimalaria agent. 著者: Harikishore, A. / Niang, M. / Rajan, S. / Preiser, P.R. / Yoon, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13971.687 Da / 分子数: 1 / 断片: FK506 BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 1-126 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_101260 / プラスミド: PETSUMO / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-D44 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.52 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 3.0M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M BICINE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月26日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→33.5 Å / Num. obs: 21268 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.32 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 7.93 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3IHZ 解像度: 1.73→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.561 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.73→1.77 Å / Total num. of bins used: 20
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