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万見
- PDB-4j4l: Modular evolution and design of the protein binding interface -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j4l
タイトルModular evolution and design of the protein binding interface
要素
  • Interleukin-6
  • Internalin B,REPEAT MODULES,Variable lymphocyte receptor B
キーワードPROTEIN BINDING/CYTOKINE / LRR / IL-6 binding / Interleukin 6 / extracellular matrix / PROTEIN BINDING-CYTOKINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / germinal center B cell differentiation / interleukin-6 receptor complex ...regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / germinal center B cell differentiation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / hepatocyte proliferation / positive regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of microglial cell activation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / negative regulation of collagen biosynthetic process / endocrine pancreas development / positive regulation of acute inflammatory response / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of neuroinflammatory response / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of chemokine production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / neutrophil mediated immunity / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of synapse assembly / cell envelope / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / Interleukin-6 signaling / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / MAPK3 (ERK1) activation / interleukin-6-mediated signaling pathway / maintenance of blood-brain barrier / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of lipid storage / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to glucocorticoid / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / regulation of insulin secretion / axonogenesis / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / liver regeneration / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of translation / cytokine activity / acute-phase response / response to activity / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to virus / positive regulation of miRNA transcription / platelet activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to hydrogen peroxide / neuron cellular homeostasis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / glucose homeostasis / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. ...Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Internalin, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Internalin B / Interleukin-6 / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cheong, H.K. / Kim, H.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Modular evolution and design of the protein binding interface
著者: Lee, J. / Kim, H.J. / Yang, C. / Choi, J. / Kyeong, H. / Yuk, J. / Park, K. / Kim, Y.J. / Heu, W. / Lee, S. / Kim, D. / Jo, E.K. / Cheong, H.K. / Kim, H.S.
履歴
登録2013年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Internalin B,REPEAT MODULES,Variable lymphocyte receptor B
B: Internalin B,REPEAT MODULES,Variable lymphocyte receptor B
C: Interleukin-6
D: Interleukin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5124
ポリマ－98,5124
非ポリマー00
水2,846158
1
A: Internalin B,REPEAT MODULES,Variable lymphocyte receptor B
C: Interleukin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2562
ポリマ－49,2562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Internalin B,REPEAT MODULES,Variable lymphocyte receptor B
D: Interleukin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2562
ポリマ－49,2562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.319, 134.001, 148.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Internalin B,REPEAT MODULES,Variable lymphocyte receptor B


分子量: 30059.117 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 43-100,UNP RESIDUES 141-232 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERA OF RESIDUES 43-100 FROM INTERNALIN B, REPEAT MODULES, RESIDUES 141-232 FROM VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B, AND 8 HIS TAGS
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア), (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: VLRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4L9V2, UniProt: Q4G1L3
#2: タンパク質 Interleukin-6 / IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth ...IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth factor / Interferon beta-2 / IFN-beta-2


分子量: 19196.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6, IFNB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05231
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUE 101-209 REPRESENTS CONSENSUS DESIGNED REPEAT MODULES. THE SEQUENCES OF REPEAT MODULES ...THE RESIDUE 101-209 REPRESENTS CONSENSUS DESIGNED REPEAT MODULES. THE SEQUENCES OF REPEAT MODULES IS BASED ON VARIABLE LYMPHOCYTE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M magnesium formate, 15-18% w/v polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→61.09 Å / Num. all: 40127 / Num. obs: 38083 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ALU

1alu


解像度: 2.3→61.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 8.243 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26843 2017 5 %RANDOM
Rwork0.20455 ---
all0.20775 40127 --
obs-38083 95.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→61.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6593 0 0 158 6751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.026706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7961.9759074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6015823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.64725.922309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.692151257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.9511528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214934
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 99 -
Rwork0.272 1922 -
obs--69.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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