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万見
- PDB-4j4j: Crystal structure of the APOBEC3F Vif binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j4j
タイトルCrystal structure of the APOBEC3F Vif binding domain
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
キーワードHYDROLASE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / transposable element silencing ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of defense response to virus by host / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Siu, K.K. / Sultana, A. / Lee, J.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structural determinants of HIV-1 Vif susceptibility and DNA binding in APOBEC3F.
著者: Siu, K.K. / Sultana, A. / Azimi, F.C. / Lee, J.E.
履歴
登録2013年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9704
ポリマ－49,8402
非ポリマー1312
水00
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9852
ポリマ－24,9201
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9852
ポリマ－24,9201
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.046, 164.046, 135.315
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like 3F


分子量: 24919.762 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 218-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3F / プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q8IUX4, cytidine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 18% (w/v) PEG 8000, 0.1 M CHES pH 9.0, 25% (w/v) glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: rotory beam shutters / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→43.49 Å / Num. obs: 18499 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 7.2 / Scaling rejects: 19742
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
3-3.1110.450.8381.31999118391.01100
3.11-3.2310.280.7491.6200291852199.9
3.23-3.3810.370.6811.91985618301.02100
3.38-3.5610.060.5472.52002118611100
3.56-3.789.720.43.51980918511.0299.7
3.78-4.079.290.27151974418471.0398.8
4.07-4.488.390.1677.31950318240.9497.4
4.48-5.138.830.11711.21941317950.7795.4
5.13-6.469.540.10212.91966018520.6496.8
6.46-43.499.110.04626.81938619480.6197.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.9.1Dデータスケーリング
d*TREK9.9.9.1Dデータ削減
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Executor(NE-CAT)データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→43.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6587 / SU ML: 0.54 / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2769 1661 10.06 %Random
Rwork0.2363 ---
obs0.2406 16511 96.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 260.36 Å2 / Biso mean: 99.1996 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→43.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3004 0 2 0 3006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4954247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6931071
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.19130.47511340.41881200133495
3.1913-3.29430.41481380.39981198133697
3.2943-3.4120.47041370.37541217135497
3.412-3.54860.38341400.36581243138397
3.5486-3.710.34961370.3091220135798
3.71-3.90550.29681370.28731239137698
3.9055-4.150.35351360.27061224136097
4.15-4.47010.32491390.22681247138697
4.4701-4.91940.25871350.21011209134495
4.9194-5.62990.26971390.2241250138996
5.6299-7.08810.27211410.23711265140696
7.0881-43.490.20081480.17941338148697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9256-0.6276-0.84270.60991.24822.8217-0.4371-0.2404-0.7725-0.18530.2088-0.4183-0.075-0.13110.16720.81170.06640.530.8051-0.21721.3602181.6433116.50158.1979
21.40320.23441.31542.0491-0.54571.52210.63650.63070.3126-0.60210.2185-0.4504-0.00150.4309-0.60540.9710.16960.39780.8951-0.16871.609193.6435117.614252.2656
35.0826-1.15340.13643.51171.30946.073-0.0933-0.2509-0.0036-0.12830.3142-0.5638-0.0110.2506-0.08590.81170.54431.2390.8443-0.35821.6496198.9463121.512149.8519
41.3171-0.1682-0.84610.43590.23711.23680.07450.3387-0.1678-0.5754-0.0519-0.4297-0.1403-0.0871-0.11791.0340.2631.01550.6756-0.74491.3623184.6315124.33245.2894
51.4034-0.12220.61290.53480.1591.59530.07790.1549-0.7691-0.04920.0869-0.19960.123-0.67590.03010.8918-0.00250.35380.8564-0.48411.7629176.3005111.318451.2306
60.8016-0.60311.20781.83490.10193.1535-0.1026-0.2641-0.85090.07410.1645-0.2239-0.0507-0.08230.2680.82510.11120.07340.8060.60661.5129184.2623116.090678.774
72.74021.0045-0.92460.75370.85354.2680.1775-0.4893-0.64460.13140.21870.01180.70010.0224-0.09580.70020.03540.30441.03850.42291.4731175.84113.204480.0416
86.48640.52540.43182.62281.44073.1726-0.1077-0.4562-0.55410.20380.05350.3969-0.27-0.10410.06561.0775-0.03070.44510.70881.23241.4501169.3882109.198785.3976
94.04122.8303-2.19223.6179-1.69022.4077-0.1547-0.4791-0.60890.7726-0.0722-0.01490.0156-0.00440.10970.96-0.00010.57140.91930.83741.278175.9905117.469688.8699
100.70651.0865-0.72661.7704-0.89422.11370.0089-0.6982-0.23090.7916-0.2923-0.18730.1162-0.4329-0.00591.08940.02920.22781.34570.87121.1097178.8455124.158791.3108
111.6248-0.8741-0.67092.23471.38760.8742-0.382-0.9412-1.21470.1848-0.2646-0.16510.550.29670.61930.72160.0026-0.28220.92740.40111.4614186.0002118.938192.141
120.6234-0.2310.50660.284-0.28580.44190.09160.1504-0.6643-0.1548-0.1502-0.37810.21490.0927-0.01520.67830.2275-0.16311.00050.7681.947193.8829118.10283.0232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -26 through 225 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 226 through 249 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 250 through 267 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 268 through 323 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 324 through 373 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -26 through 228 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 229 through 249 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 250 through 267 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 268 through 292 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 293 through 324 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 325 through 332 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 333 through 373 )B0

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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