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- PDB-4j2x: CSL (RBP-Jk) with corepressor KyoT2 bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j2x
タイトルCSL (RBP-Jk) with corepressor KyoT2 bound to DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
  • Four and a half LIM domains protein 1
  • Recombining binding protein suppressor of hairless
キーワードTRANSCRIPTION/DNA BINDING PROTEIN/DNA / LIM domain containing protein / transcription factor corepressor / DNA binding / nucleus / TRANSCRIPTION-DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


determination of heart left/right asymmetry / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / pulmonary valve development ...determination of heart left/right asymmetry / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / pulmonary valve development / dorsal aorta morphogenesis / sebaceous gland development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / endocardium morphogenesis / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / secondary heart field specification / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / aortic valve development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / Notch-HLH transcription pathway / heart induction / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / epidermal cell fate specification / pituitary gland development / cardiac left ventricle morphogenesis / endocardium development / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / atrioventricular canal development / hair follicle maturation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / regulation of epithelial cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of ossification / negative regulation of cold-induced thermogenesis / artery morphogenesis / labyrinthine layer blood vessel development / muscle organ development / ventricular septum morphogenesis / heart looping / outflow tract morphogenesis / hemopoiesis / humoral immune response / blood vessel remodeling / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition / cell fate commitment / somitogenesis / negative regulation of stem cell proliferation / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / B cell differentiation / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / neuron differentiation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / cell population proliferation / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four and a half LIM domains protein 1 / LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding ...Four and a half LIM domains protein 1 / LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Recombining binding protein suppressor of hairless / Four and a half LIM domains protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Collins, K.J. / Kovall, R.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure and Function of the CSL-KyoT2 Corepressor Complex: A Negative Regulator of Notch Signaling.
著者: Collins, K.J. / Yuan, Z. / Kovall, R.A.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombining binding protein suppressor of hairless
B: Four and a half LIM domains protein 1
C: Recombining binding protein suppressor of hairless
D: Four and a half LIM domains protein 1
E: 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
G: 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7259
ポリマ－120,6638
非ポリマー621
水1448
1
A: Recombining binding protein suppressor of hairless
B: Four and a half LIM domains protein 1
G: 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3935
ポリマ－60,3314
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
2
C: Recombining binding protein suppressor of hairless
D: Four and a half LIM domains protein 1
E: 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3314
ポリマ－60,3314
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.157, 97.293, 144.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3'


分子量: 4503.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3'


分子量: 4673.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Recombining binding protein suppressor of hairless / CSL / CBF-1 / Supressor of Hairless / Lag-1 / J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa


分子量: 48224.992 Da / 分子数: 2 / 断片: Core domain (UNP residues 53-474) / 変異: R115T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igkjrb1, Igkrsbp, RBP-Jk, Rbpj, Rbpsuh / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31266
#2: タンパク質・ペプチド Four and a half LIM domains protein 1 / FHL-1 / KyoT / RBP-associated molecule 14-1 / RAM14-1 / Skeletal muscle LIM-protein 1 / SLIM / SLIM-1


分子量: 2929.327 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fhl1 / プラスミド: Pet28B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97447

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細PEPTIDE COMPRISES THE CSL-INTERACTION DOMAIN (UNP RESIDUES 168-194) OF ISOFORM 2 OF KYOT (UNP ...PEPTIDE COMPRISES THE CSL-INTERACTION DOMAIN (UNP RESIDUES 168-194) OF ISOFORM 2 OF KYOT (UNP P97447-2). ONLY RESIDUES 168-181 ARE ORDERED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.1
詳細: 21% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.1, 0.25 M ammonium acetate, MICROBATCH, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月27日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→40.3 Å / Num. all: 37773 / Num. obs: 37773 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 105.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 93.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IAG

3iag


解像度: 2.85→40.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9485 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9198 / SU R Cruickshank DPI: 0.687 / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.611 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.31 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 1898 5.02 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
all0.1905 37773 --
obs0.1905 37773 93.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 108.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6996 Å20 Å29.2332 Å2
2--13.7749 Å20 Å2
3----12.0753 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→40.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6913 1218 4 8 8143
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3205SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes178HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1075HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8456HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1084SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8795SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8456HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11688HARMONIC21.29
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.52
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4375 63 4.18 %
Rwork0.3816 1444 -
all0.384 1507 -
obs--93.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2287-0.1052-2.05593.2318-0.54294.8038-0.0761-0.3578-0.14910.81420.1023-0.7160.42830.7597-0.0263-0.2417-0.0151-0.316-0.18740.0427-0.01412.0625-17.778543.7834
22.8673-0.5759-1.32122.36950.26734.34830.092-0.39360.02910.9724-0.02980.1897-0.3435-0.712-0.0622-0.0028-0.00150.0804-0.0970.0482-0.186-13.3279-11.021147.9644
33.6522-1.5431-0.08177.8413-1.43889.17310.54980.29340.6442-0.0586-0.2243-0.5632-1.5442-0.1194-0.3256-0.2256-0.05730.1117-0.26050.10990.144415.29011.549723.556
46.8331-2.8508-2.06901.6589-0.19480.01710.15270.19470.2684-0.1023-0.1335-0.78290.09740.0852-0.17090.13020.04910.09310.1689-0.0146-14.4513-1.578331.1199
55.03645.8738-3.24832.9862-0.9479-0.3753-0.0118-0.253-0.32870.1481-0.16360.54850.1274-0.9680.1753-0.3508-0.19380.11360.36490.08410.2648-24.3707-19.326339.2223
65.3986-0.5904-3.23662.76640.61613.27130.51310.90260.9096-0.9853-0.2044-0.0293-0.2771-0.437-0.30870.0330.2381-0.0205-0.23140.0591-0.1944-4.2164-14.5178-18.4153
71.4366-0.1250.01671.89970.35785.26940.21090.0106-0.0939-0.1567-0.2903-0.075-0.00090.19940.0795-0.2306-0.053-0.0241-0.1298-0.03280.0066-5.6869-19.87039.8126
812.0889-4.49440.55296.6304-0.61793.3849-0.17980.5237-0.6824-0.10870.18590.041-0.0029-0.1222-0.00610.4040.20370.3376-0.0919-0.0895-0.151215.6041-31.527-24.7253
97.061-6.34561.29770.7514-0.64421.0087-0.0244-0.029-0.14870.05590.041-0.1135-0.04990.2556-0.0166-0.20980.14860.04110.36670.03440.347112.672-27.62437.1463
10-0.63944.52955.68120.46390.4538.914-0.081-0.29990.16760.533-0.013-0.385-0.345-0.08710.094-0.2911-0.238-0.0417-0.0016-0.06610.02294.7416-9.596216.4452
117.1414-2.4482-5.12893.6391-8.66224.67340.1484-1.0521-0.67750.6932-0.48210.41870.20310.34410.33380.2632-0.3141-0.2264-0.3288-0.19880.2468-29.1617-37.76683.8379
128.20252.7293.33388.07480.80476.2936-0.0339-0.59960.17580.295-0.57971.1066-0.3334-0.86650.6137-0.36920.2094-0.032-0.4212-0.0920.6065-29.8846-11.84271.7749
1312.1285-0.38492.13783.36091.11982.81490.12371.0416-0.11880.587-0.05160.4681-0.3516-1.0206-0.0721-0.27940.3581-0.2149-0.5181-0.01550.7419-34.17332.2073-2.337
1416.5433-2.1546-6.01788.7172-1.40927.6070.1567-0.4918-0.29060.4254-0.9571.34120.0482-0.29840.8003-0.32070.1491-0.0741-0.6534-0.28460.0522-26.2576-14.47112.1964
1515.27292.76054.33770.60338.366310.84290.34650.19820.2959-0.0518-0.03761.0450.2705-0.8836-0.3089-0.1444-0.20080.0006-0.4225-0.1410.8156-33.8498-30.77470.6242
163.7296-4.8685-3.44730.09761.271313.8871-0.02720.46280.85410.02-0.26961.008-0.2199-0.50710.29680.7098-0.1361-0.1664-0.759-0.2390.0668-5.17310.827270.5165
179.89944.97515.49078.9173-2.739110.09760.1143-0.1754-0.84790.0905-0.1318-0.12670.6586-0.30510.01750.9215-0.0834-0.0483-0.7280.0933-0.4732-5.7431-24.858870.5696
18-0.57473.34467.24574.3862-1.02914.05690.0892-1.03840.04210.2482-0.35110.1893-0.35480.12620.26190.91180.05510.0031-0.91040.29660.5235-5.2721-39.298473.9895
191.132-2.811-8.01651.1487-0.82316.15960.1031-0.63140.25890.6954-0.51270.45730.01690.2060.40960.5681-0.1218-0.2842-0.90650.1074-0.1769-4.367-21.947367.6397
207.35313.545-1.5242.1848-4.067915.7458-0.0606-1.0237-0.2940.6335-0.21590.7483-0.2147-0.04620.27650.9018-0.05090.0851-0.5129-0.3327-0.2526-5.5713-5.913476.2836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|53 - 192}A53 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2{A|193 - 378}A193 - 378
3X-RAY DIFFRACTION3{A|379 - 472}A379 - 472
4X-RAY DIFFRACTION4{B|183 - 187}B183 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5{B|188 - 197}B188 - 197
6X-RAY DIFFRACTION6{C|53 - 192}C53 - 192
7X-RAY DIFFRACTION7{C|193 - 366}C193 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8{C|367 - 473}C367 - 473
9X-RAY DIFFRACTION9{D|183 - 187}D183 - 187
10X-RAY DIFFRACTION10{D|188 - 197}D188 - 197
11X-RAY DIFFRACTION11{E|1 - 6}E1 - 6
12X-RAY DIFFRACTION12{E|7 - 15}E7 - 15
13X-RAY DIFFRACTION13{F|1 - 4}F1 - 4
14X-RAY DIFFRACTION14{F|5 - 10}F5 - 10
15X-RAY DIFFRACTION15{F|11 - 15}F11 - 15
16X-RAY DIFFRACTION16{G|1 - 6}G1 - 6
17X-RAY DIFFRACTION17{G|7 - 15}G7 - 15
18X-RAY DIFFRACTION18{H|1 - 4}H1 - 4
19X-RAY DIFFRACTION19{H|5 - 10}H5 - 10
20X-RAY DIFFRACTION20{H|11 - 15}H11 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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