[日本語] English
万見
- PDB-4j24: Estrogen Receptor in complex with proline-flanked LXXLL peptides -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j24
タイトルEstrogen Receptor in complex with proline-flanked LXXLL peptides
要素
  • 19-mer peptide
  • Estrogen receptor beta
キーワードHORMONE RECEPTOR/PEPTIDE / Estrogen Receptor / Proline / LXXLL / Alpha-helix / Structure stabilization / HORMONE RECEPTOR-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRADIOL / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fuchs, S. / Nguyen, H.D. / Phan, T. / Burton, M. / Nieto, L. / de Vries-van Leeuwen, I. / Schmidt, A. / Goodarzifard, M. / Agten, S. / Rose, R. ...Fuchs, S. / Nguyen, H.D. / Phan, T. / Burton, M. / Nieto, L. / de Vries-van Leeuwen, I. / Schmidt, A. / Goodarzifard, M. / Agten, S. / Rose, R. / Ottmann, C. / Milroy, L.G. / Brunsveld, L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Proline primed helix length as a modulator of the nuclear receptor-coactivator interaction
著者: Fuchs, S. / Nguyen, H.D. / Phan, T.T. / Burton, M.F. / Nieto, L. / de Vries-van Leeuwen, I.J. / Schmidt, A. / Goodarzifard, M. / Agten, S.M. / Rose, R. / Ottmann, C. / Milroy, L.G. / Brunsveld, L.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Estrogen receptor beta
C: Estrogen receptor beta
D: Estrogen receptor beta
K: 19-mer peptide
I: 19-mer peptide
J: 19-mer peptide
L: 19-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,26812
ポリマ－117,1798
非ポリマー1,0904
水9,566531
1
A: Estrogen receptor beta
I: 19-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5673
ポリマ－29,2952
非ポリマー2721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
2
B: Estrogen receptor beta
J: 19-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5673
ポリマ－29,2952
非ポリマー2721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
3
C: Estrogen receptor beta
K: 19-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5673
ポリマ－29,2952
非ポリマー2721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
4
D: Estrogen receptor beta
L: 19-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5673
ポリマ－29,2952
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.980, 53.490, 131.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A264 - 324
2113C264 - 324
1213A326 - 408
2213C326 - 408
1313A424 - 488
2313C424 - 488
1413A490 - 497
2413C490 - 497
1123B262 - 284
2123D262 - 284
1223B290 - 324
2223D290 - 324
1323B326 - 408
2323D326 - 408
1423B424 - 497
2423D424 - 497

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999691, -0.004783, 0.024387), (-0.00476, -0.999988, -0.000969), (0.024391, 0.000853, -0.999702)0.27787, 49.46939, -3.50827

-
要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor beta / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2


分子量: 27109.143 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand Binding Domain, UNP residue 261-500' / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド
19-mer peptide


分子量: 2185.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Phage display derived sequence.
#3: 化合物
ChemComp-EST / ESTRADIOL / エストラジオ-ル


分子量: 272.382 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M Magnesium acetate, 20%(w/v) PEG3350, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 68190 / Num. obs: 67629 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 23.69
反射 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 5.17 / Num. unique all: 15989 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U9E

1u9e


解像度: 2.1→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.722 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22385 3382 5 %RANDOM
Rwork0.19007 ---
all0.19174 64244 --
obs0.19174 64244 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20.01 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0 Å0 Å
Luzzati d res low-0 Å
Luzzati sigma a0 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7409 0 80 531 8020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197867
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.212.00310691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.785318273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2745987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.24124.271288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.934151497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7151537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2088LOOSE POSITIONAL0.035
1A1244TIGHT THERMAL1.780.5
1A2088LOOSE THERMAL1.9710
2B2016LOOSE POSITIONAL0.035
2B1215TIGHT THERMAL6.830.5
2B2016LOOSE THERMAL710
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 246 -
Rwork0.262 4663 -
obs-289 98.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2723-0.07470.09610.89360.38850.6456-0.0557-0.02740.0516-0.0018-0.0114-0.07720.0448-0.12490.06720.1121-00.00210.1472-0.03030.1416-24.69525.3167-17.18
26.82185.58445.415612.38459.77.8611-0.65330.5063-0.08750.64220.46990.3480.29080.44750.18340.30010.00740.1060.15420.01080.2122-20.042834.6712-44.5277
30.35860.273-0.08130.8261-0.05990.4237-0.0130.07590.01240.00150.00610.03780.0104-0.0270.00680.1301-0.00830.00390.1625-0.01180.1186-26.133626.023-43.7104
49.97794.7553-12.03832.2665-5.737214.5312-0.59880.3214-0.3793-0.28180.141-0.18680.6709-0.41230.45770.25870.07830.00230.207-0.04150.1981-25.498935.7215-16.2028
50.24150.1392-0.1481.08050.08550.8129-0.04960.0244-0.04440.0313-0.0308-0.0325-0.046-0.10240.08040.10520.0157-0.02080.1364-0.03540.1429-25.240424.162613.0688
64.2658-0.83471.79930.2024-0.38910.79420.0630.22370.0669-0.049-0.02520.05690.06050.0733-0.03770.19170.001-0.0270.17520.00560.1438-20.54514.779640.0308
70.3701-0.33740.03651.3441-0.62651.07270.0608-0.0225-0.05640.3985-0.07430.0264-0.17570.02450.01350.2269-0.0243-0.01450.1207-0.00030.0687-26.100523.29839.561
810.5168-11.384614.656612.3405-15.887120.4928-0.2251-0.0421-0.01090.35750.0764-0.0084-0.3765-0.10530.14870.6972-0.19450.11780.2274-0.10670.3339-26.028213.907512.0559
96.40269.908-4.760116.1069-7.57463.6024-0.10860.0081-0.9645-0.0685-0.4891-1.23270.02130.10430.59770.10590.00310.07350.356-0.06160.3968-5.524822.06468.3726
103.2188-2.09780.867917.5684-1.75930.3294-0.4245-0.30660.6139-0.05110.2433-1.3953-0.0745-0.11330.18110.0767-0.0155-0.09570.1789-0.00860.4549-4.948727.9896-12.3807
1112.62348.20777.95228.15453.07016.6370.0995-0.55121.2411-0.5959-0.89820.58870.6083-0.00230.79870.17880.09250.00140.21470.0240.4389-41.303839.4117-46.6078
1216.3977-3.2461-9.94177.22631.6586.12270.3739-0.1406-0.63050.0358-0.39520.9584-0.33170.12630.02130.0728-0.05850.18050.0932-0.09480.9592-41.936910.306842.9761
130.03230.0354-0.0330.0882-0.04190.5863-0.02860.00740.01150.0141-0.0262-0.01660.0231-0.03990.05490.11060.0118-0.00420.147-0.02660.1642-24.029324.81-11.5597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A262 - 498
2X-RAY DIFFRACTION2B600
3X-RAY DIFFRACTION3B261 - 498
4X-RAY DIFFRACTION4A600
5X-RAY DIFFRACTION5C262 - 498
6X-RAY DIFFRACTION6D600
7X-RAY DIFFRACTION7D264 - 497
8X-RAY DIFFRACTION8C600
9X-RAY DIFFRACTION9K4 - 15
10X-RAY DIFFRACTION10I4 - 15
11X-RAY DIFFRACTION11J4 - 14
12X-RAY DIFFRACTION12L4 - 13
13X-RAY DIFFRACTION13A701 - 869
14X-RAY DIFFRACTION13B701 - 855
15X-RAY DIFFRACTION13C701 - 847
16X-RAY DIFFRACTION13D701 - 756
17X-RAY DIFFRACTION13I101
18X-RAY DIFFRACTION13J101 - 102
19X-RAY DIFFRACTION13K101

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る