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- PDB-4iz5: Structure of the complex between ERK2 phosphomimetic mutant and PEA-15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iz5
タイトルStructure of the complex between ERK2 phosphomimetic mutant and PEA-15
要素
  • Astrocytic phosphoprotein PEA-15
  • Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / MAP Kinase / Death Effector Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / negative regulation of D-glucose import / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis ...positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / negative regulation of D-glucose import / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of macrophage proliferation / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / regulation of Golgi inheritance / Signaling by LTK in cancer / microtubule associated complex / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytoskeleton organization / face development / androgen receptor signaling pathway / pseudopodium / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / : / positive regulation of telomere capping / Recycling pathway of L1 / MAPK1 (ERK2) activation / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / negative regulation of cell differentiation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phosphatase binding / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / progesterone receptor signaling pathway / Schwann cell development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Growth hormone receptor signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / phosphotyrosine residue binding / NPAS4 regulates expression of target genes / cellular response to cadmium ion / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / NCAM signaling for neurite out-growth / ESR-mediated signaling / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Signal transduction by L1 / Regulation of PTEN gene transcription / long-term synaptic potentiation / response to nicotine / peptidyl-threonine phosphorylation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR3 signaling / B cell receptor signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants
類似検索 - 分子機能
Astrocytic phosphoprotein PEA-15, death effector domain / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site ...Astrocytic phosphoprotein PEA-15, death effector domain / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Death-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Mitogen-activated protein kinase 1 / Astrocytic phosphoprotein PEA-15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Mace, P.D. / Robinson, H. / Riedl, S.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structure of ERK2 bound to PEA-15 reveals a mechanism for rapid release of activated MAPK.
著者: Mace, P.D. / Wallez, Y. / Egger, M.F. / Dobaczewska, M.K. / Robinson, H. / Pasquale, E.B. / Riedl, S.J.
履歴
登録2013年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase 1
C: Mitogen-activated protein kinase 1
D: Mitogen-activated protein kinase 1
E: Astrocytic phosphoprotein PEA-15
F: Astrocytic phosphoprotein PEA-15
G: Astrocytic phosphoprotein PEA-15
H: Astrocytic phosphoprotein PEA-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,12428
ポリマ－225,8788
非ポリマー3,24620
水00
1
A: Mitogen-activated protein kinase 1
G: Astrocytic phosphoprotein PEA-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2817
ポリマ－56,4702
非ポリマー8115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 1
H: Astrocytic phosphoprotein PEA-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2817
ポリマ－56,4702
非ポリマー8115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
3
C: Mitogen-activated protein kinase 1
F: Astrocytic phosphoprotein PEA-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2817
ポリマ－56,4702
非ポリマー8115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
4
D: Mitogen-activated protein kinase 1
E: Astrocytic phosphoprotein PEA-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2817
ポリマ－56,4702
非ポリマー8115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.801, 149.129, 98.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.667906, 0.51488, -0.537401), (0.530014, -0.835977, -0.142219), (-0.522481, -0.189841, -0.831248)-10.92135, 28.61932, -7.94119
3given(-0.997086, -0.050848, 0.056866), (0.053678, -0.997336, 0.049398), (0.054203, 0.052306, 0.997159)-40.33215, 79.88192, -50.76248
4given(-0.66344, -0.582288, -0.469881), (-0.574483, 0.798767, -0.17872), (0.479392, 0.151369, -0.864448)30.36577, -51.08615, 42.16953

-
要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41126.227 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 8-360 / 変異: T185E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質
Astrocytic phosphoprotein PEA-15 / 15 kDa phosphoprotein enriched in astrocytes / Phosphoprotein enriched in diabetes / PED


分子量: 15343.362 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEA15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15121
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris and 2.0 M ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→29.8 Å / Num. obs: 36572 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0107精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.19→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 62.307 / SU ML: 0.483 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.594 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29193 1930 5 %RANDOM
Rwork0.24274 ---
obs0.24515 36572 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.87 Å20 Å2-0.85 Å2
2---6.18 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14061 0 188 0 14249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02214559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.071.98719752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5751711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74124.416702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.302152578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1351584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.22209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.273 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 117 -
Rwork0.306 2244 -
obs--83.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9804-1.8124-0.54823.38840.67751.8418-0.0411-0.1344-0.16530.03010.10860.1677-0.1584-0.1037-0.06760.0273-0.0167-0.00430.11460.07030.04741.4094.6728.69
21.62020.91520.17773.95460.25121.65990.21280.1628-0.0418-0.1088-0.01420.01970.15630.1277-0.19870.09530.0881-0.06390.180.00430.1191-13.10223.197-17.005
33.4409-1.5420.40052.89040.17522.55940.0320.09-0.00520.1597-0.23290.2560.0195-0.20.20090.1965-0.01830.00670.236-0.11430.0725-42.43775.98857.943
42.17750.3030.29896.2218-0.70041.53610.15530.1262-0.1708-0.4241-0.0753-0.1230.01-0.0541-0.08010.1590.04990.09970.1424-0.00490.1162-28.8956.32932.603
54.1369-0.52130.30979.14511.22895.223-0.1634-0.3477-0.38780.97130.2861-0.39060.03580.3187-0.12260.29080.0055-0.05940.25170.15850.2149-21.02940.71558.445
610.08760.1793-4.8058.8017-0.19857.03880.0212-0.03950.7709-0.09590.0714-0.5285-1.1246-0.0475-0.09260.51160.1195-0.09680.0462-0.03310.2393-36.59796.72635.329
710.7055-0.79715.30019.77773.57734.3430.4820.0886-0.4478-0.2863-0.37410.62250.3277-0.1185-0.10790.44980.0146-0.23620.16370.00590.2865-7-17.25-12.109
83.9731-1.4346-2.213710.2955-1.73334.7468-0.3358-0.17650.05150.72040.4490.20030.2558-0.2871-0.11330.09270.00580.02140.1761-0.05910.0516-18.70640.7458.038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 357
2X-RAY DIFFRACTION1A900 - 904
3X-RAY DIFFRACTION2B11 - 357
4X-RAY DIFFRACTION2B900 - 904
5X-RAY DIFFRACTION3C11 - 357
6X-RAY DIFFRACTION3C900 - 904
7X-RAY DIFFRACTION4D11 - 357
8X-RAY DIFFRACTION4D900 - 904
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 86
10X-RAY DIFFRACTION6F1 - 86
11X-RAY DIFFRACTION7G1 - 86
12X-RAY DIFFRACTION8H1 - 86

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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