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- PDB-4iyq: Crystal structure of divalent ion tolerance protein CutA1 from Eh... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4iyq | ||||||
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Title | Crystal structure of divalent ion tolerance protein CutA1 from Ehrlichia chaffeensis | ||||||
![]() | Divalent ion tolerance protein CutA1 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of divalent ion tolerance protein CutA1 from Ehrlichia chaffeensis Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Buchko, G.W. / Craig, T. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 137.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 106.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1ukuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14343.095 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: unp residues 22-127 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 52.03 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: EB Synergy screen c10: 40% iso-propanol, 15% PEG 8000, 100mM imidazole/HCl, EhchA.00496.a.A1.PB00060 at 21mg/ml, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 12, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.55→20 Å / Num. all: 14800 / Num. obs: 14664 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.579 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 10.77 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: pdb entry 1uku Resolution: 2.55→19.355 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.86 / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / Phase error: 20.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.13 Å2 / Biso mean: 21.7883 Å2 / Biso min: 5.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→19.355 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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