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- PDB-4iyl: 30S ribosomal protein S15 from Campylobacter jejuni -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iyl
タイトル30S ribosomal protein S15 from Campylobacter jejuni
要素30S ribosomal protein S15
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / rRNA binding / translation / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3130 / S15/NS1, RNA-binding / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Special / Ribosomal protein S15 signature. / Helix Hairpins / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3130 / S15/NS1, RNA-binding / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Special / Ribosomal protein S15 signature. / Helix Hairpins / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S15
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Nocek, B. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 30S ribosomal protein S15 from Campylobacter jejuni
著者: Osipiuk, J. / Nocek, B. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年2月6日ID: 3ULW
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5191
ポリマ－10,5191
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 30S ribosomal protein S15

A: 30S ribosomal protein S15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0392
ポリマ－21,0392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area3230 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
3
A: 30S ribosomal protein S15

A: 30S ribosomal protein S15

A: 30S ribosomal protein S15

A: 30S ribosomal protein S15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0774
ポリマ－42,0774
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area8540 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.239, 58.626, 115.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細biological unit is the same as asymmetric unit, based on ribosome structure

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10519.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0884, rpsO / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0PA13
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.49 M sodium phosphate, 0.91 M di-potassium phosphate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月25日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→32.3 Å / Num. all: 5992 / Num. obs: 5992 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 68.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.39 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.38-2.422.50.5872.022650.95188.3
2.42-2.472.70.6052901.09195.4
2.47-2.512.80.6123031.01397.4
2.51-2.563.10.6193010.95795.6
2.56-2.623.20.4752911.11198.6
2.62-2.683.40.4353011.10799
2.68-2.753.70.4423111.04196
2.75-2.823.70.3873051.26499.7
2.82-2.94.10.3192951.1695.5
2.9-340.33061.26199.7
3-3.1140.2193081.39995.7
3.11-3.234.10.1992941.37298.7
3.23-3.3840.1543041.55495.3
3.38-3.5540.1173041.70998.7
3.55-3.7840.0853021.64395.6
3.78-4.073.90.0783121.69395.7
4.07-4.483.70.0623041.52995.6
4.48-5.133.50.0673021.895.9
5.13-6.463.60.0783081.78393.1
6.46-503.10.0682861.80578.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y0Y

2y0y
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.36→32.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.575 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2809 278 4.6 %RANDOM
Rwork0.2458 ---
all0.2474 5992 --
obs0.2474 5992 94.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.27 Å2 / Biso mean: 81.4788 Å2 / Biso min: 45.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20 Å2
2---5.48 Å20 Å2
3---3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→32.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数678 0 0 4 682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.0120.019685
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d0.0010.02725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg1.6112.016915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg0.77131672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg6.362584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg34.97423.225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg20.5215148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg11.195155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.070.2109
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0050.02726
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other0.0010.02141
LS精密化 シェル解像度: 2.362→2.423 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 15 -
Rwork0.358 351 -
all-366 -
obs-366 79.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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