PDB-4iy8: Bmlp3 - P21 crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iy8

タイトル

Bmlp3 - P21 crystal form

要素

30K protein 1

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Lipoprotein 11 family / hemolymph

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Pietrzyk, A.J. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Two Crystal Structures of Bombyx mori Lipoprotein 3 - Structural Characterization of a New 30-kDa Lipoprotein Family Member.
著者: Pietrzyk, A.J. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Lochynska, M. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.

履歴

登録	2013年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iy8.cif.gz	393.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iy8.ent.gz	326.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iy8_validation.pdf.gz	704 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iy8_full_validation.pdf.gz	718.7 KB	表示
XML形式データ	4iy8_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	4iy8_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iy8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iy9C 4efpS 3pub 4efq 4efr C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pc4-5 5qt1-d 6bhe-d 5kch-d 3mpl-d 3ku1-3 2xvx-d 3ku1-8 3k8g-1 6eqs-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 30K protein 1

B: 30K protein 1

C: 30K protein 1

D: 30K protein 1

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 30K protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 30K protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 30K protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: 30K protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.930, 124.410, 67.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	30K protein 1 分子量: 27613.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: protein isolated from hemolymph / 由来: (天然) Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: H9J4F6, UniProt: Q00802*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG MME 550, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→34.4 Å / Num. all: 35358 / Num. obs: 35189 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.36→2.46 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique all: 4096 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EFP

4efp

解像度: 2.36→33.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 22.207 / SU ML: 0.242 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.868 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2592	1106	3.1 %	RANDOM
R_work	0.17312	-	-	-
obs	0.17578	34081	99.78 %	-
all	-	35358	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.639 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.74 Å²	0 Å²	-0.92 Å²
2-	-	3.92 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→33.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7792	0	26	220	8038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	8038
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.715	1.937	10889
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.212	5	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.818	24.31	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.873	15	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.055	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	83	-
R_work	0.288	2502	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.6196	1.8394	5.361	0.4861	0.778	2.9661	0.3319	-0.4049	0.2644	-0.0767	-0.1903	-0.1183	0.059	-0.2015	-0.1416	0.1225	0.0582	0.0434	0.1139	0.0278	0.1289	-4.1939	4.0815	24.2104
2	2.4444	0.0176	-0.8093	0.0795	0.1237	1.1314	-0.0812	0.0027	-0.1526	-0.0524	0.0103	0.039	0.0883	-0.0873	0.0708	0.1379	-0.0067	0.0136	0.0471	-0.0106	0.1528	11.2973	-3.0114	14.5106
3	1.0481	-0.393	0.133	1.4574	0.3105	0.9587	-0.0336	-0.0798	-0.1466	-0.0526	-0.0039	-0.1159	0.0542	0.1034	0.0374	0.1321	0.0138	0.0111	0.0361	0.0017	0.1315	29.1568	-2.4717	12.2403
4	1.5553	0.2457	-0.7757	2.1207	0.1017	1.2473	0.0362	-0.0098	0.0625	-0.1118	0.037	-0.0844	-0.1008	-0.1048	-0.0732	0.1435	-0.0016	0.0009	0.0517	0.0235	0.1093	24.4134	5.899	10.9083
5	12.9024	-0.1733	-2.525	0.4131	0.7413	1.7382	-0.0132	0.2341	0.0005	0.057	0.0162	-0.009	0.1031	-0.0661	-0.003	0.0715	-0.0007	-0.0293	0.1083	0.0249	0.1329	-5.8885	31.5043	-9.6028
6	3.2767	-0.8397	1.1177	0.5071	-0.2983	0.7684	0.0256	-0.0457	0.1021	0.042	-0.0085	0.0542	-0.0511	-0.0946	-0.0172	0.1231	0.002	0.0272	0.0433	0.0224	0.1358	9.4181	38.4632	0.1125
7	1.1049	-0.0373	0.633	1.9111	-0.3724	1.7059	-0.019	0.0176	0.1149	0.1798	-0.0517	-0.2427	-0.1583	-0.0678	0.0707	0.1386	-0.0175	-0.0338	0.0362	0.0126	0.1238	27.7428	37.5594	2.7464
8	0.4072	-0.6935	0.329	1.9619	-0.7005	0.4698	-0.0147	-0.0628	-0.0582	-0.0207	0.0691	-0.0504	-0.0118	-0.0679	-0.0543	0.1205	-0.0022	-0.0298	0.1056	0.0301	0.1325	22.7295	29.1822	3.6933
9	10.4637	-0.4034	-2.8698	1.3609	-0.3823	1.3826	0.123	-0.3346	-0.1115	0.0882	-0.0341	-0.061	-0.0186	0.0739	-0.0889	0.0812	0.0162	-0.0284	0.1336	-0.0395	0.1367	26.0672	30.2194	40.939
10	2.5683	0.5771	0.8864	0.2868	0.0984	0.5926	0.0066	0.2069	-0.0386	-0.1031	0.0303	-0.0438	-0.0375	0.1429	-0.037	0.1352	0.0109	0.0188	0.1395	-0.0286	0.0957	10.8228	35.1403	30.0634
11	1.849	0.1311	0.416	1.0005	0.9781	1.4593	0.0844	0.1271	0.1057	-0.0415	-0.0808	0.1498	-0.0964	0.0956	-0.0036	0.135	-0.0125	-0.0327	0.12	-0.011	0.1434	-7.6705	33.9577	28.0931
12	1.9578	0.5555	1.1802	0.9404	0.4747	0.7422	0.2309	0.0316	-0.2845	0.0939	-0.0155	-0.0169	0.176	0.0181	-0.2154	0.1749	0.0186	-0.0968	0.0786	-0.0144	0.1804	-2.3801	25.239	28.5176
13	5.0659	2.1184	-0.6936	1.15	0.0909	0.6619	0.0093	-0.157	0.0007	-0.0474	-0.0174	-0.0074	-0.0669	0.0067	0.0081	0.0602	0.007	0.0162	0.2466	0.0075	0.0415	27.8456	4.733	-26.2091
14	4.4305	-0.1866	-1.9547	0.8083	0.3996	1.1999	-0.053	-0.5176	-0.3362	-0.0191	-0.0875	-0.0683	-0.0042	0.2481	0.1405	0.0049	0.0201	0.0052	0.2971	0.0718	0.0377	12.6946	-0.6527	-15.4767
15	2.7413	-0.4205	-1.2857	1.3148	-0.569	1.8325	-0.1434	-0.2936	-0.3716	0.0597	-0.0667	0.1965	0.0159	0.1459	0.2101	0.0807	0.0215	0.0138	0.1428	0.0075	0.0906	-5.5835	0.5364	-13.012
16	2.8522	-0.5734	-0.5969	1.1319	0.9551	1.2297	0.1251	-0.4194	0.1965	-0.1393	-0.0707	0.0868	-0.1966	0.1614	-0.0544	0.0842	-0.0436	0.0263	0.2737	-0.0784	0.068	-0.3972	9.3164	-13.2209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	114 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	172 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 22
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	23 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	113 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	172 - 239
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 22
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	23 - 112
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	113 - 172
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	173 - 239
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 22
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	23 - 112
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	113 - 172
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	173 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)