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- PDB-4iy7: crystal structure of cystathionine gamma lyase (XometC) from Xant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iy7
タイトルcrystal structure of cystathionine gamma lyase (XometC) from Xanthomonas oryzae pv. oryzae in complex with E-site serine, A-site external aldimine structure with serine and A-site external aldimine structure with aminoacrylate intermediates
要素Cystathionine gamma-lyase-like protein
キーワードLYASE / XOCGL / SERINE EXTERNAL SCHIFF BASE / AMINOACRYLATE EXTERNAL SCHIFF BASE / PLP DEPENDENT ENZYME / Cys-Met metabolism PLP dependent enzyme / cystathionine gamma lyase / PLP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JO / Chem-KOU / PYRUVIC ACID / SERINE / Cystathionine gamma-lyase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ngo, H.P.T. / Kim, J.K. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: PLP undergoes conformational changes during the course of an enzymatic reaction.
著者: Ngo, H.P. / Cerqueira, N.M. / Kim, J.K. / Hong, M.K. / Fernandes, P.A. / Ramos, M.J. / Kang, L.W.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine gamma-lyase-like protein
B: Cystathionine gamma-lyase-like protein
C: Cystathionine gamma-lyase-like protein
D: Cystathionine gamma-lyase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,73817
ポリマ－170,5424
非ポリマー2,19613
水25,7251428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20870 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area41620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.219, 86.069, 225.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TETRAMERIC SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TETRAMERIC SOFTWARE USED: PISA TOTAL BURIED SURFACE AREA: 20870 ANGSTROM**2 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 41620 ANGSTROM**2 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -120.0 KCAL/MOL APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, C, D BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cystathionine gamma-lyase-like protein


分子量: 42635.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株: KACC 10331/KXO85 / 遺伝子: metB, XOCGL, XOO0778 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5H4T8, cystathionine gamma-lyase

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非ポリマー , 7種, 1441分子

#2: 化合物
ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸


分子量: 316.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N2O7P
#6: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#7: 化合物 ChemComp-KOU / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-serine


分子量: 334.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O8P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 25.5% PEG 4000, 0.17M LITHIUM SULFATE, 0.085 TRIS, 15% GLYCEROL, PH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 171413 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IXZ

4ixz


解像度: 1.7→30.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.554 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 8207 5 %RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.136 155517 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11469 0 144 1428 13041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.02211977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2621.97516281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59751574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21522.887478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.617151938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2231592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.280.21867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0219060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3031.57684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05212299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.58734293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6934.53956
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 609 -
Rwork0.197 11352 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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