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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iwg
タイトルCrystal Structure of the Conserved Hypothetical Protein MJ0927 from Methanocaldococcus jannaschii (in C2221 form)
要素UPF0135 protein MJ0927
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Nif3-like
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DUF34/NIF3 / Duf34/NIF3 (NGG1p interacting factor 3) / DUF34/NIF3 superfamily / NIF3 (NGG1p interacting factor 3)-like / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.472 Å
データ登録者Kuan, S.M. / Chen, S.C. / Yang, C.S. / Chen, Y.R. / Liu, Y.H. / Chen, Y.
引用ジャーナル: Biomed Res Int / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a conserved hypothetical protein MJ0927 from Methanocaldococcus jannaschii reveals a novel quaternary assembly in the Nif3 family.
著者: Chen, S.C. / Huang, C.H. / Yang, C.S. / Kuan, S.M. / Lin, C.T. / Chou, S.H. / Chen, Y.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0135 protein MJ0927
B: UPF0135 protein MJ0927
C: UPF0135 protein MJ0927


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4123
ポリマ－85,4123
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UPF0135 protein MJ0927
B: UPF0135 protein MJ0927
C: UPF0135 protein MJ0927

A: UPF0135 protein MJ0927
B: UPF0135 protein MJ0927
C: UPF0135 protein MJ0927


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,8246
ポリマ－170,8246
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area14830 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area57800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.209, 172.939, 147.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 UPF0135 protein MJ0927


分子量: 28470.748 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ0927 / プラスミド: pET24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58337
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M (NH4)2SO4, 0.3M sodium formate, 0.1M sodium acetate, 3% PGA-LM, 20% MPD , pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97921, 0.97938, 0.96414
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979381
30.964141
反射解像度: 2.47→30 Å / Num. all: 37826 / Num. obs: 37448 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 3692 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.472→24.978 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 1869 5 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.184 37404 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.472→24.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5796 0 0 126 5922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0857953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4072208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051002
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.472-2.53920.35811330.2419268999
2.5392-2.61380.30891320.23632692100
2.6138-2.69810.32551530.22872680100
2.6981-2.79440.30321630.23392705100
2.7944-2.90610.27911460.21582704100
2.9061-3.03820.26611320.22172701100
3.0382-3.1980.31511270.22692760100
3.198-3.39790.26861330.20922741100
3.3979-3.65960.27411430.2082725100
3.6596-4.02640.21631420.17932740100
4.0264-4.60590.19271520.14042741100
4.6059-5.7910.19141490.15512788100
5.791-24.97890.1891640.13842869100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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