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万見
- PDB-4ivy: Crystal Structure of the Estrogen Receptor alpha Ligand-binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ivy
タイトルCrystal Structure of the Estrogen Receptor alpha Ligand-binding Domain in Complex with Dynamic WAY-derivative, 7a
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear hormone receptor / Transcription factor / Ligand-binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / regulation of lipid metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / : / regulation of cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / Recycling of bile acids and salts / negative regulation of miRNA transcription / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / cellular response to estradiol stimulus / RORA activates gene expression / transcription coregulator binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TBP-class protein binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to progesterone / nuclear receptor binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / PPARA activates gene expression / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Nuclear Receptor transcription pathway / euchromatin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Cytoprotection by HMOX1 / RNA polymerase II transcription regulator complex / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / beta-catenin binding / positive regulation of fibroblast proliferation / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / male gonad development / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / Circadian Clock / regulation of inflammatory response / response to estradiol / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / HATs acetylate histones / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1GT / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Parent, A.A. / Cavett, V. / Nowak, J. / Hughes, T.S. / Kojetin, D.J. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Ligand binding dynamics rewire cellular signaling via Estrogen Receptor-alpha
著者: Srinivasan, S. / Nwachukwu, J.C. / Parent, A.A. / Cavett, V. / Nowak, J. / Hughes, T.S. / Kojetin, D.J. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年2月26日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
B: Estrogen receptor
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6286
ポリマ－58,9324
非ポリマー6972
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.746, 81.545, 58.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 28189.229 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-binding Domain, UNP residues 303-549 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR, ESR1, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1276.530 Da / 分子数: 2 / 断片: Receptor-interacting peptide, UNP residues 687-696 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-1GT / 4-[1-(but-3-en-1-yl)-7-(trifluoromethyl)-1H-indazol-3-yl]benzene-1,3-diol


分子量: 348.319 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15F3N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 15% PEG 3350, 0.05M magnesium chloride, 0.067M sodium chloride, 0.1M Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月27日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 34396 / Num. obs: 34396 / % possible obs: 96.45 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 30.79 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 15.29
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Rsym value: 0.869 / % possible all: 88.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceiceデータ収集
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QA8

2qa8


解像度: 1.95→46.226 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 1861 5.75 %Random
Rwork0.2109 ---
all0.2121 32363 --
obs0.2121 32363 90.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.118 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1807 Å20 Å24.353 Å2
2--3.622 Å2-0 Å2
3----3.4413 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3813 0 50 222 4085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5285417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0061509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99560.31561050.27281859X-RAY DIFFRACTION72
1.9956-2.05440.31031440.25982194X-RAY DIFFRACTION86
2.0544-2.12070.29441430.24082276X-RAY DIFFRACTION89
2.1207-2.19650.25261240.22822313X-RAY DIFFRACTION89
2.1965-2.28440.29391310.26632124X-RAY DIFFRACTION82
2.2844-2.38840.25621420.21952425X-RAY DIFFRACTION94
2.3884-2.51430.25511580.21592482X-RAY DIFFRACTION96
2.5143-2.67180.291520.21582462X-RAY DIFFRACTION96
2.6718-2.87810.23061540.22082450X-RAY DIFFRACTION95
2.8781-3.16760.22161510.21962543X-RAY DIFFRACTION98
3.1676-3.62580.23051510.20662461X-RAY DIFFRACTION95
3.6258-4.56750.20621490.17792334X-RAY DIFFRACTION90
4.5675-46.2260.19471570.20092579X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.453-3.171-1.44936.08971.06432.51620.44560.410.6496-0.5141-0.3075-0.6246-0.2556-0.1783-0.05170.21070.0011-0.03030.34470.06140.19928.990510.8928-6.2876
23.2326-0.1338-0.72712.40821.18193.4838-0.03540.0674-0.1136-0.0866-0.0106-0.17460.23790.087-0.01090.19110.0062-0.00330.20020.01480.170517.06430.64371.368
34.6454-0.5523-0.40432.47020.08871.63920.0331-0.01520.03750.0669-0.073-0.01180.1415-0.06390.05020.2251-0.00250.01910.1487-0.01140.11617.81834.22257.2635
42.3071-0.9325-0.36422.2489-0.24073.9164-0.2479-0.38390.00360.23880.1714-0.0435-0.1934-0.1026-0.02570.25470.00590.03890.1232-0.00680.15591.16313.823936.596
53.0207-0.4966-0.42822.92770.19453.9925-0.0174-0.18440.1029-0.09320.0065-0.1224-0.45180.14090.04610.2401-0.04430.01160.23960.01420.14715.44638.061629.1254
62.0484-0.08711.24311.3549-0.97783.57990.10730.1195-0.0916-0.1474-0.0701-0.04750.2183-0.01560.01180.2731-0.04030.04320.2785-0.04110.24351.4793.217621.742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 304:332)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 333:421)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 422:548)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 305:363)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 364:437)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 438:548)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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