PDB-4ivf: Crystal structure of glutathione transferase homolog from Loddero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ivf

タイトル

Crystal structure of glutathione transferase homolog from Lodderomyces elongisporus, target EFI-501753, with two GSH per subunit

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

TRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase / Enzyme Function Initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lodderomyces elongisporus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutathione transferase homolog from Lodderomyces elongisporus, target EFI-501753, with two GSH per subunit
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...

履歴

登録	2013年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ivf.cif.gz	745.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ivf.ent.gz	624.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ivf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ivf_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ivf_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	4ivf_validation.xml.gz	79.4 KB	表示
CIF形式データ	4ivf_validation.cif.gz	109.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/4ivf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/4ivf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gx0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zb6-2 4zb6-1 3g7j-d 1pd2-d 4pnf-2 4zbd-d 4ri7-d 6n69-d 4png-d 4iq1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501753

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

E: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

G: Putative uncharacterized protein

H: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

217 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative uncharacterized protein

G: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

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54.2 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Putative uncharacterized protein

H: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.598, 112.476, 194.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 26488.191 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lodderomyces elongisporus (菌類) / 株: NRRL YB-4239 / 遺伝子: LELG_04376 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5E437
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl); Reservoir (0.17M Amm Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5% Peg4000, 15% (V/V) glycerol); Cryoprotection (Reservoir taken to 20% glycerol), ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl); Reservoir (0.17M Amm Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5% Peg4000, 15% (V/V) glycerol); Cryoprotection (Reservoir taken to 20% glycerol), vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl); Reservoir (0.17M Amm Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5% Peg4000, 15% (V/V) glycerol); Cryoprotection (Reservoir taken to 20% glycerol), ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月16日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→194.384 Å / Num. all: 99618 / Num. obs: 99618 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.175 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.2-2.32	6.1	0.7	1.1	87431	14286	0.7	97.9
2.32-2.46	6.1	0.543	1.4	82620	13520	0.543	98
2.46-2.63	6	0.415	1.8	77366	12805	0.415	98.3
2.63-2.84	6	0.296	2.5	71652	11920	0.296	98.3
2.84-3.11	6	0.214	3.4	65824	11035	0.214	98.6
3.11-3.48	6	0.154	4.5	59681	10025	0.154	98.7
3.48-4.02	6	0.131	4.8	53646	8927	0.131	99
4.02-4.92	6.2	0.119	5.1	47285	7624	0.119	99.5
4.92-6.96	6.7	0.092	6.4	40756	6054	0.092	100
6.96-40.022	6.7	0.057	10	22827	3422	0.057	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GX0

3gx0

解像度: 2.2→37.126 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8365 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2234	4984	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1559	-	-	-
obs	0.1592	99532	98.2 %	-
all	-	99532	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.71 Å² / B_iso mean: 24.4895 Å² / B_iso min: 2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.126 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14481	0	333	1271	16085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15197
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	20619
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	2185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.636	5587

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3011	154	0.2123	3082	3236	97
2.225-2.2512	0.3067	156	0.2256	3111	3267	98
2.2512-2.2786	0.2858	175	0.2118	3046	3221	98
2.2786-2.3075	0.32	179	0.2021	3107	3286	98
2.3075-2.3378	0.2714	164	0.2041	3091	3255	97
2.3378-2.3698	0.2774	157	0.1896	3129	3286	98
2.3698-2.4037	0.294	158	0.1975	3086	3244	97
2.4037-2.4396	0.2752	187	0.205	3111	3298	98
2.4396-2.4777	0.2919	178	0.1971	3062	3240	98
2.4777-2.5183	0.2939	147	0.1963	3139	3286	98
2.5183-2.5617	0.2747	184	0.19	3088	3272	98
2.5617-2.6083	0.2753	183	0.178	3116	3299	98
2.6083-2.6584	0.2612	166	0.1768	3110	3276	98
2.6584-2.7127	0.235	164	0.169	3111	3275	98
2.7127-2.7716	0.2833	148	0.1657	3147	3295	98
2.7716-2.8361	0.255	166	0.1636	3112	3278	98
2.8361-2.907	0.233	169	0.1633	3128	3297	98
2.907-2.9856	0.2767	165	0.1644	3156	3321	98
2.9856-3.0734	0.2323	140	0.1663	3148	3288	98
3.0734-3.1725	0.2537	155	0.1613	3145	3300	98
3.1725-3.2858	0.2291	169	0.1538	3176	3345	98
3.2858-3.4173	0.2018	170	0.1423	3167	3337	98
3.4173-3.5727	0.1732	203	0.1294	3122	3325	99
3.5727-3.7609	0.1679	166	0.1235	3183	3349	98
3.7609-3.9963	0.1802	184	0.1253	3156	3340	99
3.9963-4.3044	0.1777	161	0.1227	3241	3402	99
4.3044-4.7368	0.1693	147	0.1192	3254	3401	99
4.7368-5.4204	0.1732	154	0.1235	3272	3426	100
5.4204-6.8222	0.2269	143	0.1494	3346	3489	100
6.8222-37.1311	0.1777	192	0.1619	3406	3598	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7063	0.1554	0.3975	1.82	0.1737	2.6337	0.1151	0.0629	0.1818	-0.1591	-0.0061	0.0623	-0.1699	-0.1359	-0.0686	0.0914	0.0098	0.0148	0.1906	0.0337	0.1199	3.3306	95.2241	68.3915
2	6.1525	2.4181	1.9625	8.5886	1.9727	5.5003	-0.1506	-0.1652	0.5067	0.5837	0.033	0.2519	-0.3285	-0.1494	0.0961	0.1485	0.0357	-0.006	0.2274	-0.0187	0.1417	-3.8164	95.9647	83.859
3	0.9939	-0.3938	-0.432	1.407	-0.1509	1.3914	0.0298	0.4522	-0.0417	-0.0547	-0.0525	0.1166	0.0363	-0.4981	0.0221	0.1021	0.0075	0.0158	0.2808	0.0013	0.1092	0.0515	85.5043	70.9047
4	2.8819	-0.4553	-0.9969	4.278	0.698	2.6489	0.0452	0.7695	0.0057	-0.5501	-0.0571	-0.0943	0.2702	-0.2029	-0.008	0.1721	-0.0259	0.0385	0.4374	-0.074	0.0926	13.0565	80.6492	58.5985
5	0.4123	0.0803	0.5577	4.1561	2.4185	3.8229	-0.0591	0.1816	-0.1786	-0.0839	-0.1179	-0.0798	0.0271	0.0024	0.1086	0.1084	-0.0052	0.0317	0.2537	-0.0697	0.0589	17.8276	79.634	71.6484
6	2.8943	0.4445	0.2695	4.0906	1.8424	7.5422	-0.118	-0.2398	0.2853	0.1461	-0.0774	0.1816	-0.3006	-0.0572	0.2094	0.0663	-0.0006	-0.017	0.1327	-0.0118	0.1698	16.9746	96.3498	90.077
7	0.8825	-0.1091	-0.3366	0.8817	0.4743	3.4918	0.0151	-0.1026	0.0549	0.0397	-0.0196	-0.2111	0.1261	0.2083	-0.0464	0.077	-0.0194	-0.0262	0.1104	0.002	0.1639	26.4365	89.6799	82.9498
8	4.3567	-0.781	0.8928	1.7433	0.9846	1.7015	0.25	0.4549	0.2695	-0.3279	0.1886	-0.3975	-0.151	0.1604	-0.3581	0.1847	-0.0463	0.0878	0.3307	-0.0094	0.2022	25.4771	85.7577	62.093
9	4.42	1.5474	1.9733	1.5014	0.0704	3.1572	-0.1655	-0.0541	0.2871	-0.1453	0.1037	-0.0019	-0.4263	-0.2772	0.0358	0.0857	0.0302	-0.0165	0.1321	0.0263	0.1834	17.867	95.8888	75.0205
10	3.6077	-0.581	1.6802	1.2372	0.4042	3.8974	-0.0782	0.112	0.1823	-0.1058	0.0431	-0.2462	-0.4017	0.1641	0.0491	0.0833	-0.0157	0.0041	0.1304	0.0516	0.2261	26.7941	97.5135	71.0937
11	5.3317	2.2562	-4.3252	2.3132	-0.4549	4.9243	0.7035	0.1104	1.0828	-0.0897	-0.4863	0.0269	-0.9094	-0.2229	-0.6538	0.2368	-0.008	0.0109	0.3011	0.076	0.2672	9.801	103.2484	68.0962
12	1.9093	-1.1185	-0.9317	1.3571	0.2781	0.5833	0.0469	-0.1755	1.112	0.1125	0.1214	-0.511	-0.3424	0.2062	0.1453	0.228	-0.052	-0.0021	0.095	0.0707	0.7252	59.0855	68.5983	67.2
13	2.5427	-1.6872	2.2544	1.3767	-1.5066	3.5449	-0.0604	-0.0174	0.7153	-0.08	0.3075	0.2666	-0.3245	-0.3865	-0.1617	0.184	0.0081	0.0279	0.2544	0.1151	0.4986	48.4736	65.189	61.5759
14	2.7668	-0.4407	1.2038	0.7141	-0.2933	2.1288	-0.0209	0.2542	0.297	-0.0455	-0.0529	-0.1006	-0.0128	0.277	0.0827	0.1136	0.0039	0.0059	0.1601	0.0378	0.174	62.8009	48.2563	61.9152
15	2.7601	-0.9245	0.2427	1.9335	-0.5979	1.9899	0.0368	0.326	0.578	0.0145	-0.0237	-0.5015	-0.2756	0.5525	-0.0079	0.1553	-0.0492	0.0105	0.2759	0.0314	0.2911	71.4246	51.6788	58.7061
16	2.8244	0.1824	-1.5679	0.2932	0.0165	4.1611	0.119	-0.0834	0.8597	-0.0918	-0.1783	-0.1005	-0.6018	0.5195	-0.2798	0.262	-0.1397	0.0476	0.3537	0.227	0.7007	69.1471	65.2477	54.9346
17	2.4318	0.542	0.1589	2.4883	-0.0992	1.4064	0.0091	0.0547	-0.7107	-0.0355	0.0457	-0.243	0.3118	0.0634	-0.042	0.2112	0.0355	0.0227	0.2066	-0.0237	0.3241	18.0436	13.3808	78.2578
18	1.9086	0.5154	0.0917	1.0537	0.2174	1.7625	0.0779	-0.1374	-0.3102	0.1052	-0.0293	0.0111	0.2502	-0.2425	-0.0478	0.1773	-0.0293	0.0162	0.2058	0.0628	0.2172	0.7741	20.5353	88.0043
19	0.1264	0.3134	0.4228	1.8381	2.0636	3.2044	0.423	-0.5591	-0.6714	0.5111	0.0907	-0.4075	0.436	0.2633	-0.3757	0.4454	-0.0269	-0.0025	0.358	0.141	0.4935	13.3891	7.5582	93.2376
20	1.3708	-0.2909	-0.4089	1.5645	-0.3465	2.2751	-0.0515	0.0289	0.0451	-0.0411	0.0391	0.0693	0.0366	-0.2962	0.0139	0.098	-0.0005	-0.0129	0.2849	0.0227	0.179	-3.896	36.7413	73.3686
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26	2.4989	0.7703	2.1515	1.0083	1.0525	3.3958	-0.0885	0.1045	-0.0012	0.0455	0.0219	-0.0506	-0.1711	-0.1226	0.0628	0.1177	0.0215	0.0011	0.1184	0.028	0.0999	30.7969	48.2352	22.0511
27	0.9613	-0.3834	0.7824	0.73	-0.0357	1.4214	-0.0992	0.2389	0.1386	-0.1525	-0.0114	-0.0878	-0.1531	0.1922	0.0729	0.1637	-0.0257	-0.0027	0.1847	0.0567	0.0979	39.4049	47.8241	15.9654
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29	3.4052	-0.8505	0.3478	0.2315	-0.4795	7.2295	0.0227	0.6302	-0.7319	-0.3168	0.021	0.1862	0.4937	0.0099	-0.0595	0.2102	-0.0576	-0.038	0.2779	-0.126	0.2524	2.332	65.8709	70.8919
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33	1.9241	0.3712	1.2644	0.9527	-0.1217	2.313	0.0272	0.1185	0.0111	-0.0114	-0.0506	-0.0932	0.0529	-0.0292	-0.0084	0.0938	0.0051	0.0188	0.1144	0.0264	0.0781	44.5111	41.7814	59.1321
34	1.998	-0.0629	0.2828	4.1252	-0.581	7.1502	-0.1708	0.2196	0.1614	-0.5666	-0.1738	0.5976	-0.0062	-0.1734	0.1697	0.1584	0.0226	-0.0037	0.2668	0.0363	0.1767	34.6443	53.5617	64.5191
35	1.8236	-0.2239	0.3729	0.9757	-1.7341	4.0626	0.2619	-0.1363	0.4935	0.0128	0.1673	-0.1048	-0.2707	-0.2736	-0.3418	0.1654	0.0146	0.013	0.0938	-0.0082	0.2357	47.2347	56.9076	69.174
36	6.0636	-1.7633	2.6613	4.2136	-1.8994	5.1829	-0.1538	-0.5758	0.0837	0.1872	0.0592	-0.057	-0.0166	0.026	0.0391	0.1145	0.0319	0.0142	0.2084	-0.0464	0.1757	62.6576	43.9082	83.5402
37	3.3859	-0.4611	1.7395	0.4353	-0.664	1.4172	-0.0943	-0.3445	0.4794	0.1335	0.1425	-0.1934	-0.1331	0.0834	0.0291	0.1495	0.0311	-0.0442	0.2712	-0.1184	0.191	48.6054	56.7859	81.5267
38	1.2188	0.4516	-0.2815	2.2008	0.9662	1.9106	-0.0295	-0.4221	0.0117	0.1907	0.0732	-0.1011	0.0488	-0.0772	-0.0479	0.1532	0.0501	-0.0066	0.2021	-0.0383	0.1013	45.3543	48.7012	85.0981
39	4.6182	-0.5347	2.4778	1.4123	-0.4202	1.4963	0.1131	-0.021	-0.5495	0.1671	0.0114	0.0435	0.1909	0.2613	-0.1096	0.2305	-0.0025	0.0203	0.2725	0.0766	0.1253	46.2369	33.5871	81.9957
40	0.9535	0.2043	-0.1052	0.9631	-0.2254	1.3983	-0.1797	-0.0242	0.4993	0.0585	-0.02	0.1141	-0.7384	-0.1486	0.0526	0.3741	0.0363	-0.1104	0.0864	-0.0213	0.2602	31.0043	64.5967	35.6087
41	1.9388	0.1674	1.061	0.7498	0.3858	2.1741	-0.0271	-0.1324	0.0716	0.068	-0.0696	0.0306	-0.0841	-0.3014	0.0697	0.1024	0.0342	0.0071	0.1482	-0.0153	0.0841	23.5642	45.0941	36.8414
42	3.7161	2.308	-0.8767	3.828	1.8535	2.5986	-0.3482	0.0267	0.7204	0.0196	-0.0112	0.2735	-0.4826	-0.6301	0.2079	0.181	0.0767	-0.0136	0.1922	-0.0621	0.1504	17.9078	52.0561	37.5337
43	1.3225	0.6795	0.2342	2.9736	0.2261	1.5526	-0.0173	-0.357	0.3663	0.204	-0.0675	0.3728	-0.3866	-0.6975	-0.0068	0.1904	0.0984	0.0106	0.4077	-0.0705	0.2059	14.7084	51.6316	44.1065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 36 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 52 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 89 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 101 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 116 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 136 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 137 through 160 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 161 through 175 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 176 through 191 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 192 through 210 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 211 through 225 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 5 through 63 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 64 through 89 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 90 through 175 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 176 through 209 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 210 through 222 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 5 through 89 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 90 through 210 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 211 through 230 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 5 through 89 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 90 through 101 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 102 through 175 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 176 through 223 )	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 5 through 89 )	E
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 90 through 101 )	E
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 102 through 136 )	E
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 137 through 230 )	E
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 5 through 89 )	F
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 90 through 101 )	F
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 102 through 191 )	F
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 192 through 230 )	F
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 5 through 63 )	G
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 64 through 89 )	G
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 90 through 101 )	G
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 102 through 116 )	G
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 117 through 136 )	G
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 137 through 175 )	G
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 176 through 210 )	G
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 211 through 230 )	G
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 5 through 89 )	H
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 90 through 175 )	H
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 176 through 191 )	H
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 192 through 222 )	H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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