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- PDB-4it4: Crystal structure of residues 1-211 of CG17282 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4it4
タイトルCrystal structure of residues 1-211 of CG17282
要素CG17282
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Immunophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of post-translational protein modification / regulation of establishment of planar polarity / kinase activator activity / regulation of intracellular protein transport / regulation of protein catabolic process / locomotor rhythm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #320 / BDBT FKBP like, N-terminal / : / BDBT FKBP like N-terminal / Bride of doubletime-like, TPR domain / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / : / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #320 / BDBT FKBP like, N-terminal / : / BDBT FKBP like N-terminal / Bride of doubletime-like, TPR domain / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / : / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FORMIC ACID / Protein Bride of doubletime
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Agyekum, B. / Bouyain, S.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2013
タイトル: Noncanonical FK506-Binding Protein BDBT Binds DBT to Enhance Its Circadian Function and Forms Foci at Night.
著者: Fan, J.Y. / Agyekum, B. / Venkatesan, A. / Hall, D.R. / Keightley, A. / Bjes, E.S. / Bouyain, S. / Price, J.L.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG17282
B: CG17282
C: CG17282
D: CG17282
E: CG17282
F: CG17282
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,41820
ポリマ－145,5296
非ポリマー88914
水2,072115
1
A: CG17282
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3473
ポリマ－24,2551
非ポリマー922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CG17282
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4854
ポリマ－24,2551
非ポリマー2303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CG17282
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4393
ポリマ－24,2551
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CG17282
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3473
ポリマ－24,2551
非ポリマー922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: CG17282
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3012
ポリマ－24,2551
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: CG17282
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4995
ポリマ－24,2551
非ポリマー2444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16650 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area56520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.098, 90.193, 249.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
CG17282 / RE50353p


分子量: 24254.889 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP Residues 1-211 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG17282, Dmel_CG17282 / プラスミド: pT7HMP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VDE4
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 8% (v/v) Tacsimate pH 4.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 99606 / Num. obs: 53197 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.594.30.69552281.165199.7
2.59-2.695.40.67752141.264199.8
2.69-2.826.70.5652490.9981100
2.82-2.9680.48552581.0891100
2.96-3.158.60.34352891.1091100
3.15-3.398.70.22352750.9961100
3.39-3.738.60.16753101.0091100
3.73-4.278.50.13553400.9881100
4.27-5.388.30.09954030.9621100
5.38-507.80.09556310.954199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Residues 1-120 of CG17282

解像度: 2.5→39.65 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8017 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 2513 4.98 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
all0.1987 52929 --
obs0.1987 50416 94.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.91 Å2 / Biso mean: 56.5659 Å2 / Biso min: 21.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9870 0 58 115 10043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96213587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041681
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4273766
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.53510.41111160.32187230378
2.5351-2.58690.32751260.2712382250887
2.5869-2.64310.33231300.26872450258088
2.6431-2.70460.33951280.26292497262590
2.7046-2.77220.26281360.25192549268591
2.7722-2.84710.30271310.25042512264391
2.8471-2.93090.28991310.24852542267391
2.9309-3.02550.28311360.25692654279094
3.0255-3.13360.3181380.2492653279196
3.1336-3.2590.3021420.2412722286497
3.259-3.40720.25481450.21862750289598
3.4072-3.58670.2291450.20432771291699
3.5867-3.81130.24661470.18812807295499
3.8113-4.10530.18111490.17812826297599
4.1053-4.51790.19371500.159728162966100
4.5179-5.17040.20031500.156228683018100
5.1704-6.50950.22161530.199128963049100
6.5095-39.650.19871600.1823021318199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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