PDB-4isx: The crystal structure of maltose o-acetyltransferase from clostri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4isx

タイトル

The crystal structure of maltose o-acetyltransferase from clostridium difficile 630 in complex with acetyl-coa

要素

Maltose O-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside O-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.702 Å

データ登録者

Tan, K. / Gu, G. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of maltose o-acetyltransferase from clostridium difficile 630 in complex with acetyl-coa
著者: Tan, K. / Gu, G. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年1月30日	ID: 4EBH
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4isx.cif.gz	165.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4isx.ent.gz	133.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4isx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4isx_validation.pdf.gz	808 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4isx_full_validation.pdf.gz	815.8 KB	表示
XML形式データ	4isx_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	4isx_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/4isx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/4isx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3srtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hjj-d 3srt-2 3exw-d 2ic7-d 4kvl-d 7kdn-4 5v0z-d 3igj-d 3srt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP05262

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (8) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (9) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Maltose O-acetyltransferase

B: Maltose O-acetyltransferase

ヘテロ分子

44.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Maltose O-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Maltose O-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Maltose O-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Maltose O-acetyltransferase

ヘテロ分子

B: Maltose O-acetyltransferase

ヘテロ分子

B: Maltose O-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.896, 167.896, 167.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-303- HOH
2	1	B-306- HOH

#1: タンパク質	Maltose O-acetyltransferase 分子量: 21146.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: Clostridium difficile, maa / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)MAGIC / 参照: UniProt: Q18A66, maltose O-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M MGCL2, 0.1M MES:NAOH, 10% (W/V)PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月19日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→39 Å / Num. all: 10868 / Num. obs: 10868 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 36.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 722 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY:3SRT

3srt

解像度: 2.702→38.518 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	522	4.81 %	Random
R_work	0.1945	-	-	-
obs	0.1972	10861	99.84 %	-
all	-	10861	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.702→38.518 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2913	0	114	28	3055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3081
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	4183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.247	1180
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7024-2.9742	0.3601	128	0.2706	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9742-3.4044	0.3052	132	0.2379	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4044-4.2883	0.2271	135	0.1885	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2883-38.5219	0.2314	127	0.1706	2641	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2721	1.0716	0.7653	3.6271	-0.6369	3.7281	0.1639	-0.6985	0.543	0.556	-0.2666	-0.0236	-0.4784	0.0904	-0.0026	0.4131	-0.0089	-0.0102	0.4941	-0.066	0.32	-7.1551	-6.6383	-41.8393
2	0.7191	-0.1404	-0.1064	2.3135	2.4556	4.3374	-0.1849	0.1792	0.1837	-0.036	-0.4961	0.0177	-0.1056	-0.1261	0.5525	0.3367	-0.0675	0.0041	0.4034	0.0125	0.436	-3.5891	-7.02	-59.9248
3	1.727	-0.1112	-0.5362	2.5475	1.0452	6.8576	0.1047	0.9983	-0.1644	-0.4772	-0.0504	-1.0515	0.6554	1.4801	-0.2164	0.4253	0.024	0.032	0.7732	0.063	0.5401	2.7238	-18.4642	-69.0764
4	6.6222	-0.5413	3.0779	2.1761	-2.2825	3.7438	0.2102	0.2926	-1.4003	-0.3183	0.0696	-0.7558	0.6534	0.5292	-0.0202	0.3805	-0.0627	0.0502	0.3855	0.0249	0.6434	2.4515	-24.3223	-60.5728
5	2.2359	0.9738	0.1515	2.2353	-0.0537	1.7936	-0.225	-0.3154	-0.2584	0.1936	0.1721	-0.0507	0.304	0.0955	0.0826	0.3468	-0.0234	0.0248	0.3462	0.1209	0.2648	-11.3314	-22.7366	-53.0065
6	4.57	-2.8119	0.6248	6.8288	-0.3478	2.9141	-0.0137	-0.362	-0.5125	0.7047	0.1039	0.0256	0.7441	0.0553	-0.0417	0.6578	-0.1173	0.0209	0.4005	0.1981	0.4051	-18.2844	-39.1677	-50.9474
7	0.1142	-0.1707	-0.7366	0.225	1.0235	4.6071	-0.3105	0.339	0.5339	-0.0683	0.178	0.5483	-1.3065	-0.6842	0.2384	0.9618	0.0667	0.4108	0.5966	0.2526	1.4943	10.3174	-38.3353	-73.3752
8	3.2055	-1.2553	-0.9063	0.5615	0.1095	2.2001	0.1919	-0.7626	1.7277	1.2244	0.2888	-0.6155	-0.7193	0.7705	0.1653	1.5538	-0.257	0.185	0.4843	-0.4883	1.5812	19.7777	-44.8152	-52.3628
9	2.4048	0.0127	-0.0171	0.4548	1.0734	2.4174	-0.0157	-0.2059	1.0382	0.8232	0.293	0.4343	-0.6133	0.0994	-0.2453	0.7205	-0.0206	0.1987	0.3939	-0.1325	0.8994	11.3147	-51.3399	-55.5281
10	1.5338	-1.0725	-1.1331	2.3243	0.0374	1.5626	-0.0735	-0.3318	0.0441	1.2384	-0.0578	0.8517	-0.1641	-0.2568	-0.0832	0.9438	0.3089	0.4123	0.1111	-0.3531	0.5107	7.9401	-60.1215	-54.2126
11	1.2112	-1.0458	-0.125	1.7391	0.8149	2.4397	0.2469	0.4634	1.1025	0.1893	0.2112	0.624	-0.1216	-0.2091	-0.2815	0.378	-0.0145	0.095	0.4877	0.193	0.7715	7.5875	-56.6836	-68.7024
12	5.7141	-2.1456	0.518	2.936	0.8879	0.7557	0.2776	0.139	0.2998	0.4354	0.4292	0.6252	0.1974	-0.4128	-0.2197	0.4997	-0.0969	0.1549	0.5372	0.0707	0.796	-1.4243	-69.9107	-63.5422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 169 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 170 through 185 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 18 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 96 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 97 through 106 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 107 through 167 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 168 through 185 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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