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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4irw
タイトルCo-crystallization of streptavidin-biotin complex with a lanthanide-ligand complex gives rise to a novel crystal form
要素Streptavidin
キーワードBIOTIN BINDING PROTEIN / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / TERBIUM(III) ION / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.396 Å
データ登録者Bandara, R.A.M.S.S. / Liu, D.Q. / Hindupur, A. / Tesh, K.F. / Fox, R.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Co-crystallization of streptavidin-biotin complex with a lanthanide-ligand complex gives rise to a novel crystal form
著者: Bandara, R.A.M.S.S. / Liu, D.Q. / Hindupur, A. / Tesh, K.F. / Fox, R.O.
履歴
登録2013年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,47720
ポリマ－13,4091
非ポリマー3,06719
水2,072115
1
A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,90780
ポリマ－53,6384
非ポリマー12,26976
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.423, 71.395, 55.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

PDC

21A-202-

PDC

31A-202-

PDC

41A-205-

PDC

51A-205-

PDC

61A-205-

PDC

71A-211-

PDC

81A-211-

PDC

91A-211-

PDC

101A-214-

TB

111A-215-

TB

121A-217-

TB

131A-219-

NA

141A-315-

HOH

151A-375-

HOH

161A-386-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 13409.466 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629

-
非ポリマー , 5種, 134分子

#2: 化合物
ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#3: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#4: 化合物
ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5 uL protein (pH 8.0) incubated with saturated biotin solution + 1.5 uL 200 mM Na3[Tb(Dpa)3] + 3 uL 60% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月13日
放射モノクロメーター: OSMIC VARIMAX HF OPTIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.396→27.86 Å / Num. obs: 21044 / % possible obs: 81.5 % / 冗長度: 6.26 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 15.4 / Scaling rejects: 996
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.396-1.452.080.3771.812155830.5322.9
1.45-1.53.320.3182.8404412170.6247.5
1.5-1.574.670.2714.1911119500.7777.4
1.57-1.656.10.2195.71443423630.8391.9
1.65-1.766.540.1727.61541423480.8692.5
1.76-1.897.020.13410.31697724120.8893.5
1.89-2.087.010.10513.31711624370.8794.2
2.08-2.396.950.08915.51724824780.8595.9
2.39-3.017.080.0819.71819325641.0497.9
3.01-27.866.760.05441.21896226921.7799

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
d*TREK9.9.8.9 W9RSSIデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.396→27.859 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / FOM work R set: 0.8637 / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1536 1957 9.49 %
Rwork0.1226 --
obs0.1256 21015 79.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.62 Å2 / Biso mean: 26.7835 Å2 / Biso min: 7.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.396→27.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数910 0 151 115 1176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4311502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.92500
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.396-1.41320.4528110.3711151267
1.4132-1.43180.2732360.284732135720
1.4318-1.45150.3319520.256249154330
1.4515-1.47220.2643730.220263670939
1.4722-1.49420.2464830.194378887148
1.4942-1.51750.2521970.187934103157
1.5175-1.54240.22631240.17351175129971
1.5424-1.5690.22491470.16081396154387
1.569-1.59750.20541560.17261510166690
1.5975-1.62820.181630.15231491165491
1.6282-1.66150.1961620.15521513167591
1.6615-1.69760.191540.15791499165391
1.6976-1.73710.21281550.15221511166692
1.7371-1.78050.19531630.13381536169992
1.7805-1.82860.18171630.12911521168493
1.8286-1.88240.15431610.12881536169793
1.8824-1.94320.17791590.1221536169593
1.9432-2.01260.18091620.12221527168993
2.0126-2.09320.15621660.10991572173895
2.0932-2.18840.14571550.09971566172194
2.1884-2.30370.14961680.10821588175696
2.3037-2.4480.15111670.10661585175297
2.448-2.63680.16691660.10561614178098
2.6368-2.9020.12191670.11831594176198
2.902-3.32130.15281700.11441632180299
3.3213-4.18220.11641650.11191654181999
4.1822-27.8640.13521700.1361605177597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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