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万見
- PDB-4irm: Crystal structure of mntc r116a mutant exhibits flexibility in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4irm
タイトルCrystal structure of mntc r116a mutant exhibits flexibility in the c-terminal domain
要素Mn transporter; MntC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / manganese / solute binding protein of ABS transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transport / cell envelope / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / : / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mn transporter MntC
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kanteev, M. / Adir, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Arginine 116 stabilizes the entrance to the metal ion-binding site of the MntC protein.
著者: Kanteev, M. / Adir, N.
履歴
登録2013年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年2月6日ID: 3V63
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mn transporter; MntC
B: Mn transporter; MntC
C: Mn transporter; MntC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2076
ポリマ－108,0423
非ポリマー1653
水00
1
A: Mn transporter; MntC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0692
ポリマ－36,0141
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mn transporter; MntC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0692
ポリマ－36,0141
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mn transporter; MntC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0692
ポリマ－36,0141
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.400, 128.400, 90.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Mn transporter; MntC


分子量: 36014.133 Da / 分子数: 3 / 変異: R116A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: includes TEV cleavage site / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: mntC / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q79EF9
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 290 K / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, SODIUM CACODYLATE, 50mM ZINC CHLORIDE,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→24.5 Å / Num. obs: 11028 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UJP

3ujp


解像度: 3.5→24.5 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 位相誤差: 35.89 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 528 4.85 %
Rwork0.294 --
obs0.294 10882 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.19 Å2 / ksol: 0.24 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 97.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→24.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5879 0 3 0 5882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.056010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.958210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7332177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.138935
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.021071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5035-3.85430.53481180.50962472X-RAY DIFFRACTION91
3.8543-4.40790.30491330.31852599X-RAY DIFFRACTION95
4.4079-5.53790.28791260.26382632X-RAY DIFFRACTION95
5.5379-21.59750.261430.24982639X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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