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- PDB-4irk: structure of Polymerase-DNA complex, dna -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4irk
タイトルstructure of Polymerase-DNA complex, dna
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*A*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTransferase/DNA / DNA Polymerase / Y-family / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase-iota, thumb domain / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain ...: / DNA polymerase-iota, thumb domain / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Nair, D.T. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: A strategically located serine residue is critical for the mutator activity of DNA polymerase IV from Escherichia coli.
著者: Sharma, A. / Kottur, J. / Narayanan, N. / Nair, D.T.
履歴
登録2013年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Other
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA polymerase IV
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*TP*A*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')
A: DNA polymerase IV
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*TP*A*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,92110
ポリマ－97,9386
非ポリマー9834
水5,837324
1
B: DNA polymerase IV
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*TP*A*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4615
ポリマ－48,9693
非ポリマー4912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
2
A: DNA polymerase IV
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*TP*A*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4615
ポリマ－48,9693
非ポリマー4912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.650, 57.080, 110.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 38304.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: k12 / 遺伝子: b0231, dinB, dinP, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): c41de3 / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CFGH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5492.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*A*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')


分子量: 5172.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 328分子

#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 15% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 44132 / Num. obs: 44132 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.32→2.45 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RSDQデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→35.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 14.783 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26236 2358 5.1 %RANDOM
Rwork0.20876 ---
obs0.21137 44132 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.704 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å2-0 Å2-0.65 Å2
2---1.64 Å2-0 Å2
3---1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→35.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5376 1294 58 324 7052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0186986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.7959722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2675682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.25822.439246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.3815982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.841562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214806
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 187 -
Rwork0.282 3229 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3522-0.1269-0.11370.95450.411.1806-0.0050.0851-0.1006-0.17390.00560.10060.002-0.1355-0.00050.1788-0.0691-0.01030.16390.00520.01733.308319.3972-58.6327
20.9079-0.14310.22491.34440.41872.06080.01210.03230.14210.06420.00430.0678-0.2102-0.1855-0.01640.19310.02720.05250.11880.03820.045730.458935.796-40.681
30.5387-0.12830.3263.07540.21822.59150.06350.02810.04540.07220.0492-0.11890.00180.2988-0.11270.14620.00240.04650.1873-0.04110.032557.429118.1903-49.8275
40.75840.1870.41251.65860.55222.9288-0.0667-0.05060.0009-0.0694-0.0181-0.02570.1833-0.17660.08490.1345-0.07870.05920.180.00160.040632.516712.1608-22.6363
50.57070.58640.58171.6358-0.20881.69520.0627-0.04770.00850.1989-0.0520.35730.0192-0.0392-0.01070.03530.00610.08440.11310.03070.2636-0.778313.507914.84
61.97521.8927-0.31812.0101-0.28840.64710.2281-0.22660.25610.2583-0.35830.0525-0.05340.14820.13020.1092-0.0284-0.05830.17620.11660.321216.935930.265214.5881
72.36920.1148-0.80842.5520.19531.3964-0.15870.0025-0.0148-0.33290.03780.1626-0.00330.05090.1210.1022-0.0342-0.03260.09890.03060.19773.651512.4978-10.4039
82.2820.1320.07181.2784-0.49781.7494-0.18590.21210.22560.20390.0277-0.03020.18840.29530.15820.10630.05040.02110.21830.11570.14335.06198.29959.2778
90.5168-0.6430.44260.9361-0.40110.76130.08840.13420.02390.0208-0.16490.01640.11440.19650.07650.20940.03170.04260.16670.00510.032546.5968.4057-31.2785
101.8593-0.15410.31160.89860.65720.58220.02760.1947-0.09640.0103-0.09980.0940.0136-0.01810.07220.1005-0.00210.08570.16130.06250.170923.7832.8047-3.1212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION1B77 - 166
3X-RAY DIFFRACTION2B11 - 76
4X-RAY DIFFRACTION3B167 - 231
5X-RAY DIFFRACTION4B241 - 341
6X-RAY DIFFRACTION5A1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION5A77 - 166
8X-RAY DIFFRACTION6A11 - 76
9X-RAY DIFFRACTION7A167 - 231
10X-RAY DIFFRACTION8A241 - 341
11X-RAY DIFFRACTION9C837 - 854
12X-RAY DIFFRACTION9G860 - 872
13X-RAY DIFFRACTION9G873
14X-RAY DIFFRACTION9B402
15X-RAY DIFFRACTION10F837 - 854
16X-RAY DIFFRACTION10A401
17X-RAY DIFFRACTION10A402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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