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- PDB-4ir4: Crystal Structure of the bromodomain of human BAZ2B in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ir4
タイトルCrystal Structure of the bromodomain of human BAZ2B in complex with 1-[7-(morpholin-4-yl)-1-(pyridin-2-yl)indolizin-3-yl]ethanone (GSK2834113A)
要素Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
キーワードTRANSCRIPTION / SGC / Structural Genomics Consortium / bromodomain / acetylated lysine binding protein / KIAA1476 / WALp4
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain ...BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IR4 / Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Felletar, I. / Chung, C.W. / Drewry, D. / Chen, P. / Filippakopoulos, P. / Fedorov, O. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Chaikuad, A. / Felletar, I. / Chung, C.W. / Drewry, D. / Chen, P. / Filippakopoulos, P. / Fedorov, O. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Characterization of GSK2801, a Selective Chemical Probe for the Bromodomains BAZ2A and BAZ2B.
著者: Chen, P. / Chaikuad, A. / Bamborough, P. / Bantscheff, M. / Bountra, C. / Chung, C.W. / Fedorov, O. / Grandi, P. / Jung, D. / Lesniak, R. / Lindon, M. / Muller, S. / Philpott, M. / Prinjha, R. ...著者: Chen, P. / Chaikuad, A. / Bamborough, P. / Bantscheff, M. / Bountra, C. / Chung, C.W. / Fedorov, O. / Grandi, P. / Jung, D. / Lesniak, R. / Lindon, M. / Muller, S. / Philpott, M. / Prinjha, R. / Rogers, C. / Selenski, C. / Tallant, C. / Werner, T. / Willson, T.M. / Knapp, S. / Drewry, D.H.
履歴
登録2013年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32015年9月9日Group: Database references
改定 1.42015年10月21日Group: Database references
改定 1.52016年4月20日Group: Database references
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,43710
ポリマ－13,6191
非ポリマー8189
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.699, 96.465, 57.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2193-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4


分子量: 13618.652 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 2054-2168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物 ChemComp-IR4 / 1-[7-(morpholin-4-yl)-1-(pyridin-2-yl)indolizin-3-yl]ethanone


分子量: 321.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO ISOFORM Q9UIF8-4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.91 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 32% Low Molecular-Weight PEG Smears, 0.1M MES pH 6.25 (Ligand soaking performed in low-molecular-weight PEG smears stabilizing solution), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月3日
放射モノクロメーター: Flat graphite crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.68 Å / Num. all: 14789 / Num. obs: 14774 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2097 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3G0L

3g0l


解像度: 2.05→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.799 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2276 747 5.1 %RANDOM
Rwork0.18376 ---
obs0.18582 14026 99.56 %-
all-14774 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.822 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.37 Å20 Å2-0 Å2
2---1.68 Å2-0 Å2
3----2.69 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.273 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数937 0 56 169 1162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.9871345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8822.9992223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7645115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87624.54544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74215179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.07155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02215
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 61 -
Rwork0.314 981 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.8093-1.71543.55560.1641-0.32750.6756-0.2309-0.38720.78340.03140.0457-0.1237-0.0346-0.06090.18520.2633-0.24150.0060.8274-0.13460.4197-3.443233.5025-10.0065
23.6995-0.84710.91944.1014-1.5075.51070.0044-0.02330.12920.0979-0.0156-0.1330.2321-0.0520.01120.01920.0041-0.00380.0385-0.00420.016720.354218.0513-1.4867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1856 - 1867
2X-RAY DIFFRACTION2A1868 - 1971

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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