PDB-4iqh: Crystal Structure Analysis of Dysferlin C2A variant 1 (C2Av1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iqh

タイトル

Crystal Structure Analysis of Dysferlin C2A variant 1 (C2Av1)

要素

Dysferlin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / C2 domain / membrane repair / acidic phospholipid binding / peripheral membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

monocyte activation involved in immune response / regulation of neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / macrophage activation involved in immune response / negative regulation of phagocytosis / endocytic vesicle / Smooth Muscle Contraction / T-tubule / cytoplasmic vesicle membrane / sarcolemma ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.764 Å

データ登録者

Sutton, R.B. / Fuson, K.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Alternate Splicing of Dysferlin C2A Confers Ca(2+)-Dependent and Ca(2+)-Independent Binding for Membrane Repair.
著者: Fuson, K. / Rice, A. / Mahling, R. / Snow, A. / Nayak, K. / Shanbhogue, P. / Meyer, A.G. / Redpath, G.M. / Hinderliter, A. / Cooper, S.T. / Sutton, R.B.

履歴

登録	2013年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iqh.cif.gz	230.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iqh.ent.gz	190.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iqh_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iqh_full_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示
XML形式データ	4iqh_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	4iqh_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ihbSC 2dmh 3l9b S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jzw-d 5j0d-d 6sw3-2 1sk0-d 1sjz-d 1sk2-d 1s3d-d 2rnw-d 1sd8-d 1i9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (6) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dysferlin

B: Dysferlin

C: Dysferlin

43 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dysferlin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dysferlin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Dysferlin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.160, 71.160, 137.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-409- HOH

#1: タンパク質	Dysferlin / Dystrophy-associated fer-1-like protein / Fer-1-like protein 1 分子量: 14328.525 Da / 分子数: 3 / 断片: C2A DOMAIN of Dysferlin_v1, UNP residues 1-124 / 変異: C3A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tagged-MBP-fusion protein / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYSF, Dysferlin, FER1L1 / プラスミド: p202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75923
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE CANONICAL SEQUENCE AS FOLLOWS:RESIDUES 1-29: ...THE SEQUENCE OF THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE CANONICAL SEQUENCE AS FOLLOWS:RESIDUES 1-29: MLRVFILYAENVHTPDTDISDAYCSAVFA CHANGED TO: MLCCLLVRASNLPSAKKDRRSDPVASLTFR

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 16% PEG 20000, 0.1M sodium citrate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	90	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU	1	1.5418
シンクロトロン	SSRL	BL7-1		2	0.97

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
Mercury 3	1	CCD	2012年1月1日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2012年3月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.97	1

反射

解像度: 1.76→30 Å / Num. all: 40108 / Num. obs: 36605 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.075

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IHB

4ihb

解像度: 1.764→30 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2153	3489	9.9 %	RANDOM
R_work	0.1923	-	-	-
obs	0.1945	35247	87.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.764→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2976	0	0	610	3586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.024	3089
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.816	4198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.297	1183
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.126	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7641-1.7882	0.3031	156	0.2585	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7882-1.8138	0.2391	149	0.2437	1428	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8138-1.8409	0.2763	149	0.2312	1446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8409-1.8696	0.2833	172	0.2577	1430	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8696-1.9003	0.472	97	0.4166	968	X-RAY DIFFRACTION	68
1.9003-1.933	0.5799	83	0.4926	795	X-RAY DIFFRACTION	55
1.933-1.9682	0.3324	75	0.269	594	X-RAY DIFFRACTION	42
1.9682-2.006	0.2394	164	0.2219	1410	X-RAY DIFFRACTION	98
2.006-2.047	0.2479	166	0.2088	1434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.047-2.0915	0.3978	70	0.327	612	X-RAY DIFFRACTION	42
2.0915-2.1401	0.2515	151	0.2097	1414	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1401-2.1936	0.2136	143	0.1751	1447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1936-2.2529	0.2652	125	0.2118	1020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2529-2.3192	0.2152	125	0.1988	1179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3192-2.3941	0.198	173	0.1809	1438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3941-2.4796	0.2206	163	0.1778	1454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4796-2.5788	0.2023	151	0.177	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5788-2.6962	0.2159	99	0.1967	1010	X-RAY DIFFRACTION	69
2.6962-2.8383	0.1899	159	0.1816	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8383-3.016	0.2194	177	0.1838	1438	X-RAY DIFFRACTION	100
3.016-3.2487	0.1854	171	0.1699	1480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.5753	0.1834	129	0.1595	1269	X-RAY DIFFRACTION	85
3.5753-4.092	0.1946	120	0.1601	1029	X-RAY DIFFRACTION	69
4.092-5.1527	0.1462	171	0.1387	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1527-34.4511	0.2049	151	0.1941	1613	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2171	-4.9899	3.522	4.7485	-1.8313	3.3957	-0.0979	0.2277	0.9302	0.0993	-0.163	-0.7154	-0.075	0.189	0.1007	0.1663	-0.0224	0.0013	0.1145	-0.0238	0.186	-5.6815	-6.3052	6.9689
2	2.0324	-3.4968	-1.0954	8.6969	0.9021	1.0717	0.0979	0.3164	0.4067	-0.265	-0.1578	0.6285	-0.3894	-0.3895	0.0944	0.2275	0.0666	0.0262	0.2204	0.0433	0.2328	-25.553	6.6329	5.9245
3	5.4085	1.4199	2.3215	5.796	-5.7005	8.4373	-0.0895	-0.5075	0.7163	0.5316	0.0695	-0.0771	-0.2885	0.0168	0.0017	0.1682	0.0218	-0.0196	0.1777	-0.0759	0.1578	-8.4916	-2.7611	17.5419
4	3.7893	-1.8659	1.831	3.4163	-1.4298	2.6797	0.0018	0.107	0.4601	0.0937	-0.0709	-0.3634	0.0011	0.2112	0.0705	0.1572	0.0069	0.0106	0.1158	-0.035	0.1326	-8.5965	-3.0069	10.1675
5	3.5559	-5.0674	1.5308	6.6899	-2.1192	0.8616	-0.3389	-0.3764	0.0818	0.9348	0.3563	0.0859	-0.3241	0.029	0.044	0.2089	-0.0063	0.0111	0.1898	-0.0066	0.1618	-16.8634	-2.6248	13.7621
6	4.2888	-0.8072	-0.4898	4.5765	0.2037	3.1494	-0.109	-0.0615	0.5849	0.6314	0.0257	0.568	-0.5469	-0.2824	0.1133	0.2314	0.0268	-0.0253	0.1519	-0.0303	0.1995	-20.8622	3.4871	14.3798
7	3.9359	-3.7882	-3.1802	3.6455	3.0293	2.556	-0.1402	-0.1715	0.2313	-0.2318	0.4079	0.5741	0.2636	-0.5283	-0.2848	0.249	-0.0179	-0.0146	0.2011	0.0318	0.1965	-7.9629	-19.1069	11.2959
8	8.6763	-4.2559	-1.7625	2.8701	0.7944	0.3151	0.0913	0.0366	0.0274	0.0549	-0.0941	0.0923	0.0171	-0.017	0.0143	0.1663	-0.0221	-0.0111	0.1248	-0.0173	0.1155	-17.6206	-11.8199	8.6313
9	4.3465	-1.0356	3.6781	6.8355	-3.098	5.0168	-0.1322	0.1773	0.7063	0.0465	-0.0508	-0.5126	-0.2212	0.2668	0.1391	0.1506	-0.0095	0.0095	0.0561	-0.0359	0.0707	-7.648	-10.2547	6.5526
10	3.3189	-1.0414	1.1155	1.9843	-0.8248	2.1261	-0.1049	0.1665	0.3173	0.0533	-0.0705	-0.3466	-0.1434	0.2415	0.172	0.1466	-0.0502	0.0015	0.1561	0.0206	0.1367	-23.902	14.9069	38.2402
11	1.9666	-0.7238	-0.4485	1.6598	0.0306	1.1411	-0.0318	0.1589	0.0645	-0.1383	0.0034	-0.1621	-0.0256	0.113	0.0147	0.1504	-0.0318	-0.0029	0.1711	0.0042	0.0954	-26.9252	9.0393	35.7396
12	7.4738	2.182	-1.8261	1.7639	0.0235	1.5167	-0.2856	-0.1619	-0.6296	0.0084	0.0153	-0.2119	0.2752	0.0277	0.2294	0.1863	0.0342	-0.0287	0.1898	0.0351	0.1114	-39.9409	20.1338	8.5702
13	3.4269	-0.4612	0.5509	0.2739	0.5561	1.6416	0.0416	0.1056	0.141	0.2365	-0.5786	-1.6007	-0.5138	1.3284	0.2691	0.3208	-0.1637	-0.1981	0.5973	0.2442	0.8186	-15.6824	32.3692	7.1787
14	1.58	0.7538	-1.1411	2.6423	-1.5131	3.0454	-0.0677	-0.3491	-0.3066	0.0884	-0.0948	-0.4144	0.0454	0.2615	0.224	0.1632	0.0326	-0.0198	0.2093	0.0566	0.1976	-30.1674	21.0598	11.1223
15	2.1047	1.3492	1.3579	7.6357	-3.1328	3.9533	-0.0281	-1.1083	-0.1994	0.262	-0.0627	0.159	0.0737	-0.1489	-0.0174	0.1872	-0.0121	0.029	0.2934	0.0925	0.115	-48.9378	22.775	19.0859
16	2.3405	0.8146	0.7577	4.462	0.257	3.8678	0.0652	-0.7482	-0.0594	0.657	-0.1652	-0.8925	0.1221	0.4499	0.187	0.2743	-0.0209	-0.1334	0.2898	0.0823	0.2747	-25.5206	28.1729	15.9434
17	4.8541	2.0018	-0.7807	2.7815	-0.1458	0.2495	0.0537	-0.2915	0.1654	0.2267	-0.0445	-0.0666	-0.0006	0.0467	0.0045	0.1661	0.0154	-0.021	0.1644	0.0007	0.0685	-40.0765	30.6174	9.3208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 26 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 27 through 36 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 37 through 65 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 66 through 73 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 74 through 89 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 90 through 94 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 95 through 117 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 118 through 126 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 65 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 66 through 126 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid -1 through 11 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 12 through 23 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 24 through 55 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 56 through 65 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 66 through 89 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 90 through 126 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)