PDB-4in1: Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4in1

タイトル

Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition in Norwalk Virus

要素

3C-like protease

キーワード

HYDROLASE / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/1968/US (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Prasad, B.V.V. / Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate specificity and protease inhibition in norwalk virus.
著者: Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2013年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / struct_ref_seq_dif Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4in1.cif.gz	79.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4in1.ent.gz	64.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4in1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4in1_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4in1_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	4in1_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	4in1_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4in1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4in1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imqC 4imzC 4in2C 4inhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4imq-1 2fyr-1 3d5g-d 4q1q-2 4in2-2 2kek-d 1c3i-d 3vcf-d 1cqr-d 1bqo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3C-like protease

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3C-like protease

ヘテロ分子

A: 3C-like protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.197, 124.197, 49.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	3C-like protease / Genome polyprotein 分子量: 19342.223 Da / 分子数: 1 / 断片: norwalk virus protease (unp residues 1101-1281) / 変異: I179T, N180A, F181L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus Hu/1968/US (ウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化	温度: 293.15 K / pH: 6.8 詳細: 1.9 M lithium sulfate and 0.1 M sodium cacodylate, 25% glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日
放射	モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR. LN2 COOLED FIRST CRYSTAL, SAGITTAL FOCUSING 2ND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 14341 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.105
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / % possible all: 5.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→35.85 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	704	5.08 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.165	13848	94.4 %
all	-	14341	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.94 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1022 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1022 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2045 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→35.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1296	0	5	151	1452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	1854
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.773	482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.2083	0.196	142	0.1583	2430	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2083-2.4305	0.2398	139	0.1645	2515	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4305-2.7821	0.2152	140	0.171	2588	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7821-3.5046	0.1754	128	0.1531	2716	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5046-35.8581	0.2008	155	0.1672	2895	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4486	-0.3664	-0.2847	0.3412	0.0796	0.6756	0.0182	0.0819	-0.071	-0.0088	0.0269	0.0111	-0.0958	0.1357	-0.035	0.1446	0.033	-0.0023	0.1754	-0.0377	0.1388	34.5419	31.6028	-3.4764
2	0.65	0.2201	-0.1239	0.1883	-0.1207	0.0777	0.2678	-0.2133	0.0488	-0.0297	0.0393	-0.2233	-0.4443	0.4463	0.0781	0.1768	-0.0544	0.0947	0.2932	-0.0936	0.2679	45.7003	41.043	-8.55
3	0.5918	-0.0862	-0.4788	0.2605	0.0967	0.3893	0.229	0.1813	0.1837	-0.0767	-0.0081	-0.048	-0.4717	-0.063	-0.1403	0.2204	0.0079	0.055	0.202	-0.0273	0.1627	35.5186	44.4337	-6.1751
4	0.9129	-0.3549	0.0314	0.5604	-0.0049	0.4083	-0.009	0.3307	-0.3149	-0.1108	-0.0959	0.0528	0.16	0.0742	-0.0208	0.1869	0.0398	0.013	0.2033	-0.0403	0.1411	32.731	32.3454	-15.4317
5	0.3489	-0.197	-0.0192	0.4859	0.2204	0.2373	-0.0607	0.0173	0.1017	0.1192	-0.011	-0.0793	0.1221	-0.0863	0.0492	0.1832	0.0209	-0.0061	0.1609	-0.0183	0.1767	27.9908	30.2293	3.9259
6	0.237	-0.2562	-0.1649	0.3043	0.1368	0.1568	-0.1428	-0.1074	-0.0511	0.2118	0.0639	-0.0253	0.0811	0.0388	-0.2048	0.1376	0.0663	0.0691	0.0989	-0.0378	0.1489	29.2953	35.6947	12.6733
7	0.4838	0.099	0.3824	0.6483	0.2204	0.3366	-0.1659	-0.112	0.1017	0.0505	0.0916	0.0422	0.013	0.2738	-0.0495	0.1736	0.0247	0.0441	0.2015	-0.0154	0.1548	29.4645	40.5277	13.2546
8	0.1869	0.0539	-0.0543	0.282	0.0191	0.1179	-0.1578	0.0072	-0.0284	0.1185	0.2229	-0.0226	0.1799	0.1093	-0.0238	0.1873	0.1017	0.0298	0.2328	-0.0001	0.1826	35.4467	28.6222	10.7425
9	0.7273	0.0601	-0.0987	0.8522	-0.046	0.8368	-0.0626	-0.0507	-0.2427	0.1443	0.1075	0.151	0.0979	-0.186	0.017	0.1217	0.0184	0.0108	0.1607	0.0051	0.169	26.8737	31.862	6.7523
10	0.1301	-0.0023	-0.1135	0.1138	0.0654	0.1292	-0.0366	0.0503	-0.1145	0.1707	-0.0106	0.0688	-0.1279	-0.3319	-0.029	0.2416	0.0953	0.0173	0.3316	0.0246	0.2179	18.3538	49.7179	11.7522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:31)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 32:43)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 44:60)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 61:70)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 71:93)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 94:111)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 112:121)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 122:141)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 142:170)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 171:181)

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