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万見
- PDB-4imp: The missing linker: a dimerization motif located within polyketid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4imp
タイトルThe missing linker: a dimerization motif located within polyketide synthase modules
要素Polyketide synthase extender modules 3-4
キーワードTRANSFERASE / dimerization element
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / transferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1830 / Rossmann fold - #11460 / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / : / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain ...Helix Hairpins - #1830 / Rossmann fold - #11460 / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / : / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Helix Hairpins / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Helix non-globular / Special / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Acyl transferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Zheng, J. / Keatinge-Clay, A.T.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: The missing linker: a dimerization motif located within polyketide synthase modules.
著者: Zheng, J. / Fage, C.D. / Demeler, B. / Hoffman, D.W. / Keatinge-Clay, A.T.
履歴
登録2013年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Structure summary
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32014年2月26日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase extender modules 3-4
B: Polyketide synthase extender modules 3-4
C: Polyketide synthase extender modules 3-4
D: Polyketide synthase extender modules 3-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,3808
ポリマ－246,3984
非ポリマー2,9824
水66737
1
A: Polyketide synthase extender modules 3-4
B: Polyketide synthase extender modules 3-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6904
ポリマ－123,1992
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area41300 Å2
手法PISA
2
C: Polyketide synthase extender modules 3-4
D: Polyketide synthase extender modules 3-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6904
ポリマ－123,1992
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area42130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.815, 211.690, 101.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A924 - 1440
2010B924 - 1440
1020A923 - 1440
2020C923 - 1440
1030A925 - 1440
2030D925 - 1440
1040B924 - 1440
2040C924 - 1440
1050B925 - 1441
2050D925 - 1441
1060C925 - 1441
2060D925 - 1441

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Polyketide synthase extender modules 3-4


分子量: 61599.574 Da / 分子数: 4 / 断片: dimerization element / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SpnC residues 913-1471
由来: (組換発現) Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)
株: NRRL 18395 / 遺伝子: spnC / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ALM4
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 断片: ketoreductase / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / 参照: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 15 % (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M magnesium acetate, 30% glycerol (v/v), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月25日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) LIQUID N2 COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 73458 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 60.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MJS

3mjs


解像度: 2.57→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.991 / SU ML: 0.219 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.844 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 3670 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 69297 96.2 %-
all-74822 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-2.56 Å2
2---2.43 Å2-0 Å2
3---2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15481 0 192 37 15710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01915981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.9821812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.35752067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33222.582674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.656152449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.52815188
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02112216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A5470.26
12B5470.26
21A5730.3
22C5730.3
31A5590.27
32D5590.27
41B5490.31
42C5490.31
51B5450.3
52D5450.3
61C5600.3
62D5600.3
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 233 -
Rwork0.27 4099 -
obs--78.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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