PDB-4img: Crystal Structure of Pasteurella multocida N-Acetyl-D-Neuraminic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4img

タイトル

Crystal Structure of Pasteurella multocida N-Acetyl-D-Neuraminic acid lyase K164 mutant complexed with N-Glycolylneuraminic acid

要素

N-acetylneuraminate lyase

キーワード

LYASE / Tim barrel / Schiff base

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Huynh, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Substrate Specificity and Mechanism of N-Acetyl-d-neuraminic Acid Lyase from Pasteurella multocida.
著者: Huynh, N. / Aye, A. / Li, Y. / Yu, H. / Cao, H. / Tiwari, V.K. / Shin, D.W. / Chen, X. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2013年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4img.cif.gz	246.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4img.ent.gz	201.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4img.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4img_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4img_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4img_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	4img_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4img ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4img	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imcC 4imdC 4imeC 4imfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4imf-1 1f6p-d 4ime-1 4imc-d 1fdz-d 5kze-2 4ahq-d 3lci-d 4ah7-d 2ygy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.202, 149.997, 112.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

#1: タンパク質	N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid ...N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid aldolase / Sialic acid lyase 分子量: 32575.414 Da / 分子数: 2 / 変異: K164A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア) 株: P1059 / 遺伝子: nanA, PM1715 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CKB0, N-acetylneuraminate lyase
#2: 糖	ChemComp-NGF / 3,5-dideoxy-5-[(hydroxyacetyl)amino]-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid / N-glycolylneuraminic acid, ketone form / N-グリコリルノイラミン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 325.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₁₀
#3: 化合物	ChemComp-ME2 / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / 1-エトキシ-2-(2-メトキシエトキシ)エタン分子量: 148.200 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	UNIPROT SEQUENCE REFERENCE Q9CKB0 IS FOR A DIFFERENT STRAIN (PM70).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 38% PEG300, 0.01 M calcium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5 mM Neu5Gc, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→100 Å / Num. all: 59552 / Num. obs: 59552 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.85→1.94 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique all: 7821 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
SAINT		データ削減
PROTEUM PLUS	PLUS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.2026 / WR_factor R_work: 0.1683 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8578 / SU B: 5.618 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.1321 / SU R_free: 0.1259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2163	2997	5 %	RANDOM
R_work	0.1785	-	-	-
all	0.1804	59424	-	-
obs	0.1804	59424	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.03 Å² / B_iso mean: 21.259 Å² / B_iso min: 5.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4590	0	124	645	5359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	4822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.853	2	6474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.25	5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.322	25.266	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.837	15	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.027	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3528

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1121	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
1167	TIGHT THERMAL	0.83	0.5
1121	MEDIUM THERMAL	1.37	2

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	199	-
R_work	0.233	4162	-
all	-	4361	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6083	-0.1421	-0.0416	0.5726	0.1167	0.5074	0.0164	0.0002	-0.0701	0.0176	-0.0133	0.0318	0.028	-0.0779	-0.003	0.1069	-0.0251	-0.0198	0.0162	0.0023	0.0898	15.723	23.822	17.871
2	0.4179	0.0067	0.0795	0.2895	0.1454	0.5382	-0.0043	-0.054	-0.0394	0.0225	0.0179	0.0014	0.0273	-0.0696	-0.0136	0.089	-0.0169	-0.0015	0.0253	0.023	0.0786	17.897	30.326	32.72
3	0.4627	-0.128	0.204	0.0878	0.0306	0.5834	0.0393	0.0088	-0.1007	0.0043	0.0206	0.0177	0.0451	0.018	-0.0599	0.1117	-0.0102	-0.0329	0.0142	0.0001	0.1042	30.396	20.78	20.022
4	0.9597	-1.7826	-0.0898	5.1726	-1.2101	2.3843	0.0934	0.1645	-0.0175	-0.0839	-0.0829	-0.0794	0.0305	0.1612	-0.0104	0.1076	0.014	-0.033	0.1558	-0.0315	0.0666	31.119	22.685	1.516
5	0.3993	-0.0888	0.1598	0.5174	-0.0889	0.4527	0.0057	-0.0389	0.0721	-0.0563	-0.0173	0.0479	-0.0253	-0.0691	0.0116	0.0993	0.0238	0.0113	0.0165	-0.0039	0.1138	14.034	60.656	31.422
6	0.4158	-0.0663	-0.0485	0.3242	0.0727	0.5018	-0.0311	0.0504	0.0505	-0.0341	0.0239	0.0105	-0.0122	-0.0468	0.0073	0.0997	0.0034	-0.0032	0.0153	0.0111	0.0876	19.896	54.175	17.595
7	0.5735	0.1087	-0.1182	0.0797	0.0632	0.2792	0.014	-0.0186	0.0936	-0.0118	-0.0024	-0.0016	-0.039	-0.0239	-0.0116	0.1143	0.0089	0.0211	0.0074	-0.0058	0.1218	28.747	63.678	33.123
8	1.6314	3.0774	-1.0828	9.0668	-1.7701	0.7612	0.196	-0.279	-0.0151	0.2221	-0.2409	-0.0587	-0.1545	0.1801	0.0449	0.1387	-0.0027	0.0152	0.1235	-0.0359	0.0862	24.68	61.662	51.17

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	278 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	58 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	278 - 293

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