PDB-4imf: Crystal Structure of Pasteurella multocida N-Acetyl-D-Neuraminic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4imf

タイトル

Crystal Structure of Pasteurella multocida N-Acetyl-D-Neuraminic acid lyase K164 mutant complexed with N-Acetylneuraminic acid

要素

N-acetylneuraminate lyase

キーワード

LYASE / Tim barrel / Schiff base

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Huynh, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Substrate Specificity and Mechanism of N-Acetyl-d-neuraminic Acid Lyase from Pasteurella multocida.
著者: Huynh, N. / Aye, A. / Li, Y. / Yu, H. / Cao, H. / Tiwari, V.K. / Shin, D.W. / Chen, X. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2013年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4imf.cif.gz	245.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4imf.ent.gz	202.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4imf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imcC 4imdC 4imeC 4imgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4img-1 4imc-d 5a8g-1 4ime-1 1f6p-d 4ah7-d 3lcx-d 5kze-2 3lcl-d 3lbc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.710, 150.230, 113.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質	N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid ...N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid aldolase / Sialic acid lyase 分子量: 32575.414 Da / 分子数: 2 / 変異: K164A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア) 株: P1059 / 遺伝子: nanA, PM1715 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CKB0, N-acetylneuraminate lyase
#2: 糖	ChemComp-SI3 / 5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid / N-acetylneuraminic acid, ketone form / N-アセチルノイラミン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

#1: タンパク質

N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid ...

分子量: 32575.414 Da / 分子数: 2 / 変異: K164A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア)
株: P1059 / 遺伝子: nanA, PM1715 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CKB0, N-acetylneuraminate lyase

#2: 糖

ChemComp-SI3 / 5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid / N-acetylneuraminic acid, ketone form / N-アセチルノイラミン酸

タイプ: D-saccharide / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

-
非ポリマー , 4種, 261分子

#3: 化合物	ChemComp-ME2 / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / 1-エトキシ-2-(2-メトキシエトキシ)エタン分子量: 148.200 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	UNIPROT SEQUENCE REFERENCE Q9CKB0 IS FOR A DIFFERENT STRAIN (PM70).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 38% PEG300, 0.01 M calcium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 5 mM Neu5Ac, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日

放射

モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 54641 / Num. obs: 54641 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 38.323 Å² / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 25.73

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.9-1.95		0.506	2.94	14798	4027	99.8
1.95-2		0.377	3.85	14335	3885	99.8
2-2.06		0.288	4.93	14142	3832	99.6
2.06-2.12		0.216	6.54	13587	3677	99.8
2.12-2.19		0.155	8.98	13351	3618	99.8
2.19-2.27		0.116	11.54	12795	3483	99.8
2.27-2.36		0.094	13.77	12460	3375	99.9
2.36-2.45		0.074	17.23	11962	3237	99.8
2.45-2.56		0.058	20.95	11470	3107	99.8
2.56-2.69		0.047	25.54	11007	2996	99.8
2.69-2.83		0.039	29.91	10405	2831	99.8
2.83-3		0.03	36.09	9854	2681	99.8
3-3.21		0.024	44.18	9210	2528	99.6
3.21-3.47		0.02	51.63	8573	2364	99.6
3.47-3.8		0.018	60.28	7791	2176	99.4
3.8-4.25		0.017	67.29	6951	1975	99.1
4.25-4.91		0.016	70.36	5797	1724	97.9
4.91-6.01		0.014	71.15	5359	1507	99.5
6.01-8.5		0.013	70.06	3896	1149	96.4
	8.5	0.012	66.63	1325	469	66.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→35.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.1928 / WR_factor R_work: 0.1618 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8773 / SU B: 5.828 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.1269 / SU R_free: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2005	2728	5 %	RANDOM
R_work	0.1667	-	-	-
obs	0.1684	54613	99.18 %	-
all	-	54613	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.3 Å² / B_iso mean: 41.031 Å² / B_iso min: 5.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4574	0	83	253	4910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	4775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.761	1.993	6430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.426	5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.436	25.22	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.6	15	857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.275	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3528

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1151	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
1118	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
1151	MEDIUM THERMAL	1	2
1118	LOOSE THERMAL	1.72	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	210	-
R_work	0.218	3805	-
all	-	4015	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0178	0.3571	-0.2193	1.4762	0.2722	1.6719	0.2485	0.0921	-0.1372	-0.015	-0.0238	0.2782	0.4017	-0.4149	-0.2247	0.3101	-0.173	-0.1722	0.3412	0.0701	0.1726	15.269	23.103	18.416
2	1.0892	-0.0246	0.1261	1.2903	0.0592	1.5906	0.2247	-0.1526	-0.1109	0.2002	-0.0328	0.1715	0.3068	-0.3445	-0.1919	0.1993	-0.1618	-0.0439	0.2739	0.0903	0.0647	17.687	30.085	33.173
3	1.2224	-0.2694	0.6489	0.2071	0.2173	2.0541	0.3092	0.1169	-0.303	0.0136	0.0403	0.0445	0.6106	-0.0749	-0.3495	0.408	-0.089	-0.2162	0.2092	0.0288	0.1379	30.113	20.505	20.282
4	2.6339	-3.0251	0.965	9.0558	-1.1007	8.936	0.3473	0.5547	-0.0057	-0.2999	-0.1062	-0.0541	0.3642	0.2821	-0.2411	0.3855	-0.0172	-0.1975	0.4714	-0.0369	0.1421	30.231	22.988	1.824
5	0.9631	0.381	0.0911	2.0782	0.2165	2.0934	0.1686	-0.0162	0.3244	0.0811	0.0088	0.4977	-0.2529	-0.7357	-0.1774	0.181	0.1248	0.1657	0.4174	0.1097	0.2565	13.811	61.113	32.171
6	1.1695	0.4374	-0.0131	1.5081	-0.0901	1.6403	0.1013	0.1546	0.1954	-0.1434	0.091	0.2524	-0.115	-0.4475	-0.1923	0.1312	0.0463	0.0284	0.2677	0.1109	0.0893	19.436	54.163	18.275
7	0.8943	0.376	0.0556	0.8897	0.1574	1.6355	0.1408	-0.0561	0.2568	0.0766	0.0276	0.1565	-0.3098	-0.2916	-0.1684	0.242	0.066	0.1703	0.1599	0.0293	0.1525	28.694	63.619	33.623
8	2.5103	4.9137	-2.8781	12.5818	-3.4536	5.3739	0.3881	-0.2064	0.1581	0.5864	-0.311	0.2619	-0.4541	-0.1601	-0.0771	0.3922	-0.0336	0.2443	0.514	-0.0771	0.1715	24.648	60.994	51.651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	278 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	58 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	278 - 293

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