PDB-4ime: Crystal Structure of Pasteurella multocida N-Acetyl-D-Neuraminic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ime

タイトル

Crystal Structure of Pasteurella multocida N-Acetyl-D-Neuraminic acid lyase K164A Mutant

要素

N-acetylneuraminate lyase

キーワード

LYASE / Tim barrel / Schiff base

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Huynh, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Substrate Specificity and Mechanism of N-Acetyl-d-neuraminic Acid Lyase from Pasteurella multocida.
著者: Huynh, N. / Aye, A. / Li, Y. / Yu, H. / Cao, H. / Tiwari, V.K. / Shin, D.W. / Chen, X. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2013年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ime.cif.gz	932.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ime.ent.gz	780.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ime.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ime_validation.pdf.gz	745.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ime_full_validation.pdf.gz	778.7 KB	表示
XML形式データ	4ime_validation.xml.gz	112.3 KB	表示
CIF形式データ	4ime_validation.cif.gz	168.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4ime ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4ime	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4imcC 4imdC 4imfC 4imgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1f5z-d 5a8g-1 4ah7-d 1f6p-d 4imf-1 5kze-2 4woq-1 4img-1 4imc-d 4woz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

C: N-acetylneuraminate lyase

D: N-acetylneuraminate lyase

E: N-acetylneuraminate lyase

F: N-acetylneuraminate lyase

G: N-acetylneuraminate lyase

H: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

262 kDa, 8 ポリマー
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1

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

C: N-acetylneuraminate lyase

D: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
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2

E: N-acetylneuraminate lyase

F: N-acetylneuraminate lyase

G: N-acetylneuraminate lyase

H: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.140, 147.710, 111.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

#1: タンパク質	N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid ...N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid aldolase / Sialic acid lyase 分子量: 32575.414 Da / 分子数: 8 / 変異: K164A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア) 株: P1059 / 遺伝子: nanA, PM1715 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CKB0, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物	ChemComp-ME2 / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / 1-エトキシ-2-(2-メトキシエトキシ)エタン分子量: 148.200 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	UNIPROT SEQUENCE REFERENCE Q9CKB0 IS FOR A DIFFERENT STRAIN (PM70).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25% isopropanol, 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.5, 1% PEG200, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日

放射

モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 287971 / Num. obs: 287971 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.292 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.56

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.75-1.8		0.459	3	73656	20895	97.4
1.8-1.84		0.386	3.75	78136	20777	99.3
1.84-1.9		0.294	4.84	76126	20227	99.4
1.9-1.96		0.241	5.8	73942	19646	99.4
1.96-2.02		0.201	6.9	71487	18982	99.4
2.02-2.09		0.161	8.44	69391	18447	99.4
2.09-2.17		0.135	9.83	66743	17737	99.4
2.17-2.26		0.114	11.47	64332	17146	99.3
2.26-2.36		0.099	12.85	61421	16330	99.2
2.36-2.47		0.088	14.15	58871	15680	99.2
2.47-2.61		0.075	16.09	55681	14875	99.1
2.61-2.77		0.068	17.35	52654	14095	99.2
2.77-2.96		0.056	19.88	49386	13242	99
2.96-3.2		0.047	22.82	45665	12297	98.9
3.2-3.5		0.039	26.41	41859	11341	98.7
3.5-3.91		0.034	29.82	37663	10257	99
3.91-4.52		0.032	32.35	33028	9075	98.8
4.52-5.53		0.032	31.7	28179	7635	98.8
5.53-7.83		0.035	29.41	22653	6002	99.5
	7.83	0.028	35.56	12054	3285	97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→39.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.1982 / WR_factor R_work: 0.1668 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8807 / SU B: 3.862 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1058 / SU R_free: 0.1041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2083	14540	5 %	RANDOM
R_work	0.1755	-	-	-
obs	0.1771	287943	99.06 %	-
all	-	287943	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.82 Å² / B_iso mean: 17.459 Å² / B_iso min: 2.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	1.49 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18360	0	88	2785	21233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	18955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.983	25551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.204	5	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.645	25.153	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.731	15	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.32	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	14079

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1155	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
2	B	1155	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
3	C	1155	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
4	D	1155	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
5	E	1155	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
6	F	1155	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
7	G	1155	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
8	H	1155	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
1	A	1097	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
2	B	1097	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
3	C	1097	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
4	D	1097	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
5	E	1097	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
6	F	1097	LOOSE POSITIONAL	0.59	5
7	G	1097	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
8	H	1097	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
1	A	1155	MEDIUM THERMAL	1.05	2
2	B	1155	MEDIUM THERMAL	1.93	2
3	C	1155	MEDIUM THERMAL	1.35	2
4	D	1155	MEDIUM THERMAL	2.34	2
5	E	1155	MEDIUM THERMAL	2.44	2
6	F	1155	MEDIUM THERMAL	1.14	2
7	G	1155	MEDIUM THERMAL	2.59	2
8	H	1155	MEDIUM THERMAL	1.18	2
1	A	1097	LOOSE THERMAL	1.61	10
2	B	1097	LOOSE THERMAL	2.56	10
3	C	1097	LOOSE THERMAL	2.15	10
4	D	1097	LOOSE THERMAL	2.91	10
5	E	1097	LOOSE THERMAL	2.87	10
6	F	1097	LOOSE THERMAL	1.82	10
7	G	1097	LOOSE THERMAL	3.28	10
8	H	1097	LOOSE THERMAL	1.96	10

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	1083	-
R_work	0.237	19798	-
all	-	20881	-
obs	-	-	97.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5648	-0.0643	-0.1444	0.8454	-0.0624	0.8225	0.0021	0.0019	0.0085	0.027	0.0687	0.115	-0.0875	-0.119	-0.0709	0.0903	0.0372	-0.0432	0.1116	0.0273	0.1021	8.124	-2.228	55.641
2	0.6245	-0.0706	-0.0927	0.4966	-0.0276	0.5104	-0.0202	0.0021	0.0261	0.1012	0.0254	0.0331	-0.0502	-0.021	-0.0052	0.1222	0.0275	-0.0477	0.0672	0.0008	0.0706	23.051	4.376	57.842
3	0.5607	0.0711	0.3497	0.449	-0.1236	0.3399	-0.0151	-0.0679	-0.0457	0.0858	0.0675	0.0722	-0.0361	-0.0745	-0.0525	0.1042	0.0233	-0.0426	0.1058	0.0216	0.0766	14.866	-13.191	63.79
4	0.9792	1.2267	-0.1366	3.0164	0.8542	13.3892	0.0089	-0.0085	-0.2144	0.002	-0.0924	0.2734	0.5177	-0.1497	0.0835	0.0718	-0.0309	-0.0423	0.1168	0.011	0.2704	4.36	-24.217	52.887
5	0.4925	-0.3276	-0.2112	0.682	0.0685	0.4846	0.0299	0.033	0.0606	0.0024	-0.0272	-0.0485	-0.017	-0.0116	-0.0027	0.0926	0.0023	-0.0656	0.0645	0.0099	0.0746	38.985	7.043	31.028
6	0.2728	-0.0772	-0.0592	0.6991	-0.1039	0.3197	0.0109	0.0246	-0.0158	0.0067	-0.0093	0.0774	-0.0029	-0.0046	-0.0016	0.0816	0.0024	-0.0688	0.0786	0.001	0.0684	28.372	-5.549	31.933
7	0.2593	-0.0896	0.0093	0.4675	-0.0414	0.0322	0.005	0.0121	0.0091	-0.0124	-0.0375	-0.0612	-0.0071	0.0182	0.0326	0.0789	0.0032	-0.0629	0.0648	0.0102	0.078	48.406	-4.238	34.844
8	2.8347	-1.7337	-3.1177	6.1437	4.3424	8.9506	-0.0164	-0.1423	0.3047	0.199	0.0104	-0.3197	0.0082	0.2386	0.006	0.0873	-0.0289	-0.0934	0.0565	0.0068	0.1565	56.865	9.558	44.433
9	0.887	-0.2848	-0.1754	0.4107	-0.1581	0.3248	-0.0871	-0.0743	-0.0232	0.0689	0.058	0.0094	-0.0501	-0.0272	0.0291	0.1365	0.0106	-0.0666	0.0954	0.0037	0.0487	45.339	-32.249	82.802
10	0.5835	-0.1081	0.1401	0.3405	-0.066	0.4363	0.0065	-0.0156	-0.0482	0.0399	0.0264	0.0543	-0.0337	-0.0292	-0.0329	0.1027	-0.0027	-0.0492	0.0688	0.0134	0.0635	38.628	-38.941	69.318
11	0.5685	-0.1656	0.2312	0.3495	-0.0861	0.2811	-0.0731	-0.0727	0.0218	0.1009	0.0705	0.0432	-0.0928	-0.0619	0.0026	0.1464	0.0343	-0.0569	0.0954	0.0013	0.0567	35.522	-21.311	78.84
12	12.9287	1.124	-3.8603	2.612	0.6694	3.538	0.0263	-0.3113	0.5732	0.1386	0.0227	-0.1687	-0.2157	0.2486	-0.049	0.1639	0.0195	-0.0982	0.0683	-0.0355	0.101	49.24	-10.24	85.39
13	0.6716	0.1007	-0.3941	0.16	-0.2826	0.6614	0.0064	-0.0267	-0.0471	0.0072	-0.0508	-0.0207	0.0429	0.0639	0.0445	0.0995	0.0019	-0.0557	0.0676	0.0079	0.0693	59.204	-41.639	45.992
14	0.1496	0.0172	-0.0562	0.5722	0.0229	0.518	-0.0167	-0.0077	0.0075	0.0867	-0.0052	-0.0614	-0.0069	0.0287	0.0219	0.0781	-0.0074	-0.0715	0.079	0.0052	0.0698	61.648	-29.014	56.228
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17	0.6951	0.2035	-0.3358	0.8828	0.1912	0.8329	0.0525	-0.0161	-0.0537	0.0361	0.0397	-0.1786	-0.0269	0.1194	-0.0922	0.0388	-0.0098	-0.0611	0.0605	-0.0043	0.1279	27.551	-30.722	8.508
18	0.3477	0.0601	-0.0129	0.5765	0.0961	0.5039	-0.0048	0.0049	-0.0301	-0.0611	0.0046	-0.0793	-0.0653	0.0106	0.0002	0.0481	-0.0136	-0.0332	0.0266	0.0057	0.0604	14.334	-23.93	1.615
19	0.4166	0.0264	0.2004	0.5275	0.1324	0.5038	-0.0023	0.0313	-0.112	-0.0414	0.062	-0.162	-0.0063	0.0648	-0.0598	0.04	-0.0008	-0.036	0.0529	-0.0253	0.1439	23.629	-41.651	-1.337
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30	0.3606	-0.0944	-0.0593	0.6096	0.0148	0.4743	-0.0079	-0.0043	-0.0023	0.0553	-0.0256	-0.0279	0.0029	0.0479	0.0335	0.0517	-0.0059	-0.0467	0.0432	0.0096	0.0458	23.734	16.767	7.461
31	0.1195	-0.0452	0.0135	0.5646	-0.0728	0.3081	0.0488	0.0363	-0.0194	-0.0815	-0.0523	-0.0258	0.0125	0.0055	0.0035	0.0711	0.013	-0.042	0.0267	0.0028	0.0379	20.256	15.494	-12.467
32	8.6344	6.3159	-4.4775	6.7121	-3.4981	5.1521	-0.0471	0.2344	-0.0344	-0.3091	0.1483	0.144	0.2822	-0.2502	-0.1011	0.1511	0.007	-0.0962	0.0395	-0.0197	0.0675	10.529	1.631	-20.635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	278 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	58 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	278 - 293
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 57
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	58 - 167
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	168 - 277
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	278 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	58 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	168 - 277
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	278 - 293
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 57
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	58 - 167
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	168 - 277
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	278 - 293
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	1 - 57
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	58 - 167
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	168 - 277
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	278 - 293
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	1 - 57
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	58 - 167
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	168 - 277
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	278 - 293
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	1 - 57
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31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	168 - 277
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	278 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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