PDB-4imc: Crystal Structure of Pasteurella multocida N-Acetyl-D-Neuraminic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4imc

タイトル

Crystal Structure of Pasteurella multocida N-Acetyl-D-Neuraminic acid lyase

要素

N-acetylneuraminate lyase

キーワード

LYASE / Tim barrel / Schiff base

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Huynh, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Substrate Specificity and Mechanism of N-Acetyl-d-neuraminic Acid Lyase from Pasteurella multocida.
著者: Huynh, N. / Aye, A. / Li, Y. / Yu, H. / Cao, H. / Tiwari, V.K. / Shin, D.W. / Chen, X. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2013年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4imc.cif.gz	488 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4imc.ent.gz	404.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4imc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imdC 4imeC 4imfC 4imgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4imf-1 1hl2-d 5a8g-1 3lcl-d 5kze-2 4aho-d 1fdz-d 4ime-1 4img-1 2ygy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylneuraminate lyase

B: N-acetylneuraminate lyase

C: N-acetylneuraminate lyase

D: N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.946, 113.471, 82.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.350, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

#1: タンパク質	N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid ...N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid aldolase / Sialic acid lyase 分子量: 32633.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pasteurella multocida subsp. gallicida (バクテリア) 株: P1059 / 遺伝子: nanA, PM1715 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CKB0, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	UNIPROT SEQUENCE REFERENCE Q9CKB0 IS FOR A DIFFERENT STRAIN (PM70).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 21% PEG1000, 0.15 M sodium chloride, 0.1 M sodium potassium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月10日
放射	モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→113.471 Å / Num. all: 112841 / Num. obs: 112841 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→113.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.2057 / WR_factor R_work: 0.1706 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8798 / SU B: 6.404 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.1331 / SU R_free: 0.1254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2089	5681	5 %	RANDOM
R_work	0.1724	-	-	-
obs	0.1742	112840	95.77 %	-
all	-	112840	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.94 Å² / B_iso mean: 25.852 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	0.19 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.125 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→113.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9164	0	91	1206	10461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	9552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.353	1.987	12870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.002	5	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.056	25.196	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.073	15	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.111	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.636	1.5	5865
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.083	2	9410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.036	3	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.355	4.5	3458

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2227 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	0.84	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.74	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.81	2
4	D	MEDIUM THERMAL	0.83	2

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	386	-
R_work	0.247	7481	-
all	-	7867	-
obs	-	-	90.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7161	-0.0121	0.2163	1.2472	-0.4272	1.0891	-0.0007	-0.2678	0.0745	0.2698	-0.0985	0.1374	-0.2372	-0.2561	0.0991	0.2028	0.0286	0.0803	0.2108	-0.1169	0.1483	-14.978	4.062	0.585
2	1.326	-0.1909	0.6422	1.1402	-0.1986	1.1326	0.0305	-0.0988	-0.0621	0.2081	-0.0808	0.0284	0.0281	-0.1264	0.0504	0.1207	-0.0374	0.0657	0.0892	-0.0317	0.0616	-7.644	-11.673	-0.099
3	0.5527	0.051	0.1761	1.3973	0.1883	1.0408	0.001	-0.0214	0.0594	0.0665	-0.0649	0.1244	-0.1025	-0.1622	0.0639	0.0883	0.0343	0.0353	0.1015	-0.0803	0.1184	-11.905	1.944	-15.14
4	4.948	1.323	2.7814	6.1512	0.3225	5.2514	-0.0585	0.1457	0.3847	-0.1547	-0.0882	0.0599	-0.5281	0.0351	0.1468	0.2806	0.0754	0.0289	0.1088	-0.0992	0.2145	-10.318	20.397	-14.487
5	1.9386	0.2276	0.1482	1.3095	-0.4102	0.828	0.0067	0.3841	-0.1792	-0.3475	-0.1433	-0.0277	0.1035	-0.0138	0.1366	0.2616	0.0695	0.0311	0.2034	-0.1113	0.0946	3.933	-16.578	-48.693
6	1.7617	-0.052	0.2664	1.3708	-0.0585	0.7533	0.0763	0.2094	0.067	-0.2288	-0.1537	-0.1042	-0.0842	0.0232	0.0774	0.1481	0.0567	0.0439	0.1031	0.0169	0.0292	8.903	-0.719	-43.286
7	0.8583	-0.0941	-0.1611	1.3065	0.0439	0.7193	0.0544	0.1622	-0.1079	-0.162	-0.1195	0.1234	0.0325	-0.1308	0.0651	0.1117	0.0325	0.0025	0.1143	-0.0931	0.0955	-4.271	-14.502	-35.28
8	6.6703	-1.1536	-0.5528	6.4273	0.3331	2.4148	-0.1471	-0.1412	-0.5332	0.2572	-0.1166	0.2005	0.3192	-0.0499	0.2637	0.2574	0.0108	0.0508	0.126	-0.1356	0.2401	-2.192	-32.888	-34.138
9	1.5867	-0.1594	0.6961	1.0665	0.1293	1.157	0.0051	0.3044	0.0033	-0.2537	-0.1349	-0.5138	-0.1441	0.3755	0.1298	0.1193	-0.0311	0.1109	0.2505	0.1643	0.3456	38.766	-1.357	-36.958
10	1.0654	0.0885	0.4455	1.3297	0.0048	1.3856	0.0369	0.0979	-0.0803	-0.136	-0.1583	-0.3386	0.1192	0.1688	0.1214	0.0535	0.0434	0.083	0.0938	0.0689	0.2171	30.493	-16.356	-33.26
11	0.7504	-0.3909	0.3143	1.0406	-0.1853	1.4374	-0.0185	0.05	0.0429	0.0424	-0.1223	-0.4051	-0.136	0.2303	0.1408	0.0735	-0.067	-0.02	0.155	0.1667	0.3334	36.01	-0.54	-21.254
12	9.5246	-7.1816	11.0672	11.4406	-10.4938	13.6452	-0.7807	0.1085	0.513	0.8399	-0.1226	-1.1361	-1.1679	0.1819	0.9033	0.6609	-0.1836	-0.0077	0.2043	0.2654	0.5868	35.602	17.565	-25.489
13	1.2438	0.1029	-0.0132	0.8101	0.07	1.0132	0.0128	-0.3674	-0.0775	0.4162	-0.1656	-0.1915	-0.0942	0.1309	0.1528	0.2786	-0.0976	-0.0894	0.2159	0.12	0.1577	18.83	-10.992	15.037
14	1.5515	-0.0755	-0.1033	1.4121	-0.3799	0.8056	0.0477	-0.1696	0.1229	0.3356	-0.1565	-0.1549	-0.2578	0.0753	0.1087	0.235	-0.0859	-0.0722	0.0969	0.0089	0.0994	15.448	3.961	6.852
15	0.9807	0.3074	-0.2944	1.2005	-0.1091	0.7925	0.0207	-0.1787	-0.0872	0.227	-0.1643	-0.3476	-0.0511	0.1935	0.1436	0.1403	-0.0764	-0.0968	0.1533	0.1635	0.234	27.412	-11.986	1.59
16	12.2263	4.851	-1.2272	3.498	0.1893	0.728	-0.099	-0.1233	-1.0003	0.2585	-0.126	-0.7555	0.3863	0.1416	0.225	0.4196	-0.0046	0.0258	0.1836	0.2599	0.4924	24.015	-30.178	3.847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	278 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	58 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	278 - 293
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 57
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	58 - 167
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	168 - 277
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	278 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	58 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	168 - 277
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	278 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)