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万見
- PDB-4ikn: Crystal structure of adaptor protein complex 3 (AP-3) mu3A subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ikn
タイトルCrystal structure of adaptor protein complex 3 (AP-3) mu3A subunit C-terminal domain, in complex with a sorting peptide from TGN38
要素
  • AP-3 complex subunit mu-1
  • Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38
キーワードPROTEIN TRANSPORT / immunoglobulin-like beta-sandwich / signal recognition / cytosolic tail of transmembrane proteins / adaptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde synaptic vesicle transport / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / small GTPase binding => GO:0031267 / clathrin adaptor complex / Golgi to endosome transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis ...anterograde synaptic vesicle transport / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / small GTPase binding => GO:0031267 / clathrin adaptor complex / Golgi to endosome transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / trans-Golgi network transport vesicle / anterograde axonal transport / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / trans-Golgi network / endocytosis / cytoplasmic vesicle / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Keratinocyte-associated gene product / Mu homology domain, subdomain B / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily ...Keratinocyte-associated gene product / Mu homology domain, subdomain B / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38 / AP-3 complex subunit mu-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Mardones, G.A. / Kloer, D.P. / Burgos, P.V. / Bonifacino, J.S. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the recognition of tyrosine-based sorting signals by the mu 3A subunit of the AP-3 adaptor complex.
著者: Mardones, G.A. / Burgos, P.V. / Lin, Y. / Kloer, D.P. / Magadan, J.G. / Hurley, J.H. / Bonifacino, J.S.
履歴
登録2012年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-3 complex subunit mu-1
B: Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1222
ポリマ－30,1222
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.454, 44.301, 86.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 AP-3 complex subunit mu-1 / AP-3 adapter complex mu3A subunit / Adapter-related protein complex 3 mu-1 subunit / Clathrin ...AP-3 adapter complex mu3A subunit / Adapter-related protein complex 3 mu-1 subunit / Clathrin assembly protein assembly protein complex 1 medium chain homolog 1 / Clathrin coat assembly protein AP47 homolog 1 / Clathrin coat-associated protein AP47 homolog 1 / Golgi adaptor AP-1 47 kDa protein homolog 1 / HA1 47 kDa subunit homolog 1 / Mu-adaptin 3A / Mu3A-adaptin / P47A


分子量: 29339.959 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminus, residues 165-418 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap3m1 / プラスミド: pHis-Parallel-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P53676
#2: タンパク質・ペプチド Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38


分子量: 781.835 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminus, residues 348-353 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P19814
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.75 M sodium formate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→67.93 Å / Num. obs: 28591 / % possible obs: 97.6 %
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2497 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 85.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 26.14 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.19 Å
Translation2.5 Å45.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BXX

1bxx


解像度: 1.851→67.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.2501 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8401 / SU B: 2.77 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1244 / SU Rfree: 0.1274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 1463 5.1 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1937 28570 97.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.07 Å2 / Biso mean: 25.5004 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å20.68 Å2
2---0.5 Å2-0 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→67.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2025 0 0 136 2161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1041.9682797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3075250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59824.04589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66915370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5021512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4361.51267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68422067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0313802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7664.5730
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 76 -
Rwork0.253 1700 -
all-1776 -
obs--83.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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