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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iki | ||||||
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タイトル | Crystal structure of wild-type human transthyretin in complex with indomethacin | ||||||
要素 | Transthyretin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Hormone carrier / Retinol binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lima, L.M.T.R. / Polikarpov, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of wild-type human transthyretin in complex with indomethacin 著者: Lima, L.M.T.R. / Polikarpov, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4iki.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4iki.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4iki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4iki_validation.pdf.gz | 951 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4iki_full_validation.pdf.gz | 957.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4iki_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4iki_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/4iki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/4iki | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 10mg/mL wtTTR, 22% peg 400, 100mM Tris pH 7.4, 100mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→63.52 Å / Num. all: 16478 / Num. obs: 16478 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 20.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→43.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2199 / WRfactor Rwork: 0.1619 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8674 / SU B: 3.888 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / SU Rfree: 0.1779 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.9 Å2 / Biso mean: 24.922 Å2 / Biso min: 9.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→43.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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