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- PDB-4ike: Crystal Structure of a partly open ATP-lid of liganded Adenylate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ike
タイトルCrystal Structure of a partly open ATP-lid of liganded Adenylate kinase
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / tansferase (phosphotransferase) / phosphoryl transfer / nucleotide binding (ヌクレオチド) / phosphoryl transfer of nucleotides
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity ...nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / リン酸化 / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデニル酸 / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Cho, Y.-J. / Kern, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The ATP-Lid Opened Adenylate Kinase with Fully Occupied Substrates
著者: Cho, Y.-J. / Kern, D.
履歴
登録2012年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0876
ポリマ－46,5382
非ポリマー1,5494
水9,224512
1
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0433
ポリマ－23,2691
非ポリマー7742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0433
ポリマ－23,2691
非ポリマー7742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.370, 61.570, 58.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase


分子量: 23269.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: adk, Aquifex, aq_078 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66490, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→34.82 Å / Num. all: 66860 / Num. obs: 66831 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
AutoBuildモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1039)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoBuild位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→33.04 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 3384 5.07 %RANDOM
Rwork0.1609 ---
all0.1629 66844 --
obs0.1629 66830 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→33.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 100 512 3888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1414953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.651461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.50110.31191690.24832582X-RAY DIFFRACTION100
1.5011-1.52360.32221210.24812668X-RAY DIFFRACTION100
1.5236-1.54740.3451210.22952655X-RAY DIFFRACTION100
1.5474-1.57270.26771340.20322625X-RAY DIFFRACTION100
1.5727-1.59980.23771400.17712639X-RAY DIFFRACTION100
1.5998-1.62890.25221270.16372629X-RAY DIFFRACTION100
1.6289-1.66030.19921540.16522657X-RAY DIFFRACTION100
1.6603-1.69420.20981370.16832598X-RAY DIFFRACTION100
1.6942-1.7310.24131490.17262630X-RAY DIFFRACTION100
1.731-1.77130.2191540.16482622X-RAY DIFFRACTION100
1.7713-1.81550.26151150.16052672X-RAY DIFFRACTION100
1.8155-1.86460.23881500.15792589X-RAY DIFFRACTION100
1.8646-1.91950.20261410.15542658X-RAY DIFFRACTION100
1.9195-1.98140.20941390.16012641X-RAY DIFFRACTION100
1.9814-2.05230.2251350.15442634X-RAY DIFFRACTION100
2.0523-2.13440.22131750.15442620X-RAY DIFFRACTION100
2.1344-2.23150.18361430.14422628X-RAY DIFFRACTION100
2.2315-2.34920.16321500.14132646X-RAY DIFFRACTION100
2.3492-2.49630.19721350.15512641X-RAY DIFFRACTION100
2.4963-2.68890.20041400.16712687X-RAY DIFFRACTION100
2.6889-2.95940.18311220.17272666X-RAY DIFFRACTION100
2.9594-3.38730.18251450.16592650X-RAY DIFFRACTION100
3.3873-4.26610.18551590.14892676X-RAY DIFFRACTION100
4.2661-33.04820.1611330.15442743X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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