[日本語] English
万見
- PDB-4ijy: Crystal Structure of the ETEC Secreted Protein CofJ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ijy
タイトルCrystal Structure of the ETEC Secreted Protein CofJ
要素CofJ
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Beta-sandwich / SECRETED PROTEIN
機能・相同性: / CofJ protein / metal ion binding / IODIDE ION / CofJ
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Craig, L. / Kolappan, S. / Yuen, A.S.W.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Structure and secretion of CofJ, a putative colonization factor of enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Yuen, A.S. / Kolappan, S. / Ng, D. / Craig, L.
履歴
登録2012年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22013年11月27日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CofJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,67613
ポリマ－37,2921
非ポリマー1,38412
水1,06359
1
A: CofJ
ヘテロ分子

A: CofJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,35226
ポリマ－74,5842
非ポリマー2,76724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area6490 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area26570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.489, 143.489, 59.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

GOL

-
要素

#1: タンパク質 CofJ


分子量: 37292.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cofJ / 発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: Q93I65
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM BisTris (pH 6.5), 200 mM NaI and 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.979
シンクロトロンSSRL BL9-220.91
シンクロトロンSSRL BL9-230.9794
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2008年2月22日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2008年7月22日
MARMOSAIC 325 mm CCD3CCD2008年7月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111MADMx-ray1
3Si 111MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.911
30.97941
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 21847 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 15.783 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24082 1123 5.2 %RANDOM
Rwork0.21229 ---
obs0.21377 20666 100 %-
all-21847 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 0 32 59 2552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1881.943467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2465304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.57624.565138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.47615431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6581514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3261.51510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6522432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13331057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8754.51035
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 94 -
Rwork0.287 1468 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.128 Å / Origin y: -49.4074 Å / Origin z: -24.0103 Å
111213212223313233
T0.0967 Å2-0.0452 Å2-0.0104 Å2-0.0277 Å2-0.0076 Å2--0.0531 Å2
L3.2898 °20.5075 °2-0.2086 °2-1.1887 °2-0.2861 °2--1.9351 °2
S0.0404 Å °-0.0696 Å °-0.0471 Å °-0.0483 Å °-0.0202 Å °0.0695 Å °0.2884 Å °-0.0815 Å °-0.0202 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る