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- PDB-4ii9: Crystal structure of Weissella viridescens FemXVv non-ribosomal a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ii9
タイトルCrystal structure of Weissella viridescens FemXVv non-ribosomal amino acid transferase in complex with a peptidyl-RNA conjugate
要素
  • 5-mer peptide
  • FemX
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*(A9Z))-3')
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE/RNA / FEMX / PEPTIDOGLYCAN / transferase / peptidyl-RNA conjugate complex / TRANSFERASE-PEPTIDE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase / UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
FemABX peptidyl transferase / : / FemAB family / FemABX peptidyl transferase family profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-muramic acid / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N(6)-alanyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Weissella viridescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Li de la Sierra-Gallay, I. / Fonvielle, M. / van Tilbeurgh, H. / Arthur, M. / Etheve-Quelquejeu, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: The Structure of FemXWv in Complex with a Peptidyl-RNA Conjugate: Mechanism of Aminoacyl Transfer from Ala-tRNA(Ala) to Peptidoglycan Precursors
著者: Fonvielle, M. / Li de La Sierra-Gallay, I. / El-Sagheer, A.H. / Lecerf, M. / Patin, D. / Mellal, D. / Mayer, C. / Blanot, D. / Gale, N. / Brown, T. / van Tilbeurgh, H. / Etheve-Quelquejeu, M. / Arthur, M.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FemX
B: 5-mer peptide
C: RNA (5'-R(P*CP*CP*(A9Z))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4406
ポリマ－40,6503
非ポリマー7903
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.130, 101.770, 46.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 糖 , 4種, 4分子 ABC

#1: タンパク質 FemX


分子量: 39212.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Weissella viridescens (バクテリア)
株: CIP102810T / 遺伝子: femX / プラスミド: pTrc-His60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: Q9EY50, UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド 5-mer peptide


分子量: 463.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*(A9Z))-3')


分子量: 973.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#6: 糖 ChemComp-MUB / N-acetyl-alpha-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / N-ACETYLMURAMIC ACID / 2-(アセチルアミノ)-3-O-[(R)-1-カルボキシエチル]-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO8
識別子タイププログラム
a-D-GlcpNAc3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 298分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Tris-sodium citrate buffer, 0.2M ammonium acetate, 33% polyethylene glycol 4k, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→38.12 Å / Num. all: 44718 / Num. obs: 44718 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.66→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 7126 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MXCubeデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GKR

3gkr


解像度: 1.66→38.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.632 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20935 2236 5 %RANDOM
Rwork0.17487 ---
all0.178 44718 --
obs0.17661 42482 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.328 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å20.41 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3---1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→38.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2727 68 49 296 3140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0192924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3421.9873978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8425340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09924.388139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.13515466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7421517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212209
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 158 -
Rwork0.27 3011 -
obs--96.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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