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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ii9 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Weissella viridescens FemXVv non-ribosomal amino acid transferase in complex with a peptidyl-RNA conjugate | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/PEPTIDE/RNA / FEMX / PEPTIDOGLYCAN / transferase / peptidyl-RNA conjugate complex / TRANSFERASE-PEPTIDE-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase / UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Weissella viridescens (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | |||||||||
データ登録者 | Li de la Sierra-Gallay, I. / Fonvielle, M. / van Tilbeurgh, H. / Arthur, M. / Etheve-Quelquejeu, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013 タイトル: The Structure of FemXWv in Complex with a Peptidyl-RNA Conjugate: Mechanism of Aminoacyl Transfer from Ala-tRNA(Ala) to Peptidoglycan Precursors 著者: Fonvielle, M. / Li de La Sierra-Gallay, I. / El-Sagheer, A.H. / Lecerf, M. / Patin, D. / Mellal, D. / Mayer, C. / Blanot, D. / Gale, N. / Brown, T. / van Tilbeurgh, H. / Etheve-Quelquejeu, M. / Arthur, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ii9.cif.gz | 95.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ii9.ent.gz | 68.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ii9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ii9_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ii9_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ii9_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ii9_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4ii9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4ii9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3gkrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 糖 , 4種, 4分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 39212.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Weissella viridescens (バクテリア) 株: CIP102810T / 遺伝子: femX / プラスミド: pTrc-His60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 参照: UniProt: Q9EY50, UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 463.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide |
#3: RNA鎖 | 分子量: 973.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide |
#6: 糖 | ChemComp-MUB / |
-非ポリマー , 3種, 298分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
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#5: 化合物 | ChemComp-UDP / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Tris-sodium citrate buffer, 0.2M ammonium acetate, 33% polyethylene glycol 4k, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→38.12 Å / Num. all: 44718 / Num. obs: 44718 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 7126 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GKR 解像度: 1.66→38.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.632 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.328 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→38.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
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