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- PDB-4ihu: Reduced form of disulfide bond oxdioreductase (DsbG) from Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ihu
タイトルReduced form of disulfide bond oxdioreductase (DsbG) from Mycobacterium tuberculosis
要素Isomerase DsbG
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / disulfide bond isomerase / redox
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Possible conserved membrane or secreted protein / Possible conserved membrane or secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.896 Å
データ登録者Harmston, C.A. / Goulding, C.W.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural and biochemical characterization of the essential DsbA-like disulfide bond forming protein from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Chim, N. / Harmston, C.A. / Guzman, D.J. / Goulding, C.W.
履歴
登録2012年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isomerase DsbG
B: Isomerase DsbG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2863
ポリマ－47,2502
非ポリマー351
水5,386299
1
A: Isomerase DsbG
ヘテロ分子

A: Isomerase DsbG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3214
ポリマ－47,2502
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
2
B: Isomerase DsbG

B: Isomerase DsbG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2502
ポリマ－47,2502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
3
A: Isomerase DsbG
ヘテロ分子

A: Isomerase DsbG
ヘテロ分子

B: Isomerase DsbG

B: Isomerase DsbG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5726
ポリマ－94,5014
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_547-x+1/2,y-1/2,-z+21
crystal symmetry operation4_557x+1/2,-y+1/2,-z+21
Buried area4350 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area33360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.030, 76.710, 86.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

HOH

21B-332-

HOH

31B-405-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Isomerase DsbG


分子量: 23625.238 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 46-255 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2969c / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6YAR2, UniProt: O33272*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 9% isopropanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97602 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97602 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→44.7 Å / Num. all: 38411 / Num. obs: 38375 / % possible obs: 99.97 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル解像度: 1.896→1.9434 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Num. unique all: 706287 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EU3

3eu3


解像度: 1.896→44.7 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 1922 5.01 %random
Rwork0.2008 ---
obs0.2024 38370 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.896→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2989 0 1 299 3289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1094198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0661084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.896-1.94340.30991510.23942548X-RAY DIFFRACTION100
1.9434-1.9960.26881510.23442532X-RAY DIFFRACTION100
1.996-2.05470.30531160.22592585X-RAY DIFFRACTION100
2.0547-2.1210.31281250.21962583X-RAY DIFFRACTION100
2.121-2.19680.25151300.21472582X-RAY DIFFRACTION100
2.1968-2.28480.24231450.21232581X-RAY DIFFRACTION100
2.2848-2.38880.2911490.20762556X-RAY DIFFRACTION100
2.3888-2.51470.24561310.21382588X-RAY DIFFRACTION100
2.5147-2.67220.25871250.21262614X-RAY DIFFRACTION100
2.6722-2.87850.24511280.2162604X-RAY DIFFRACTION100
2.8785-3.16810.24431400.20862619X-RAY DIFFRACTION100
3.1681-3.62640.22321410.19052627X-RAY DIFFRACTION100
3.6264-4.56810.19231560.16942633X-RAY DIFFRACTION100
4.5681-44.71650.17621340.19062796X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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