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万見
- PDB-4ih6: Hepatitis C Virus polymerase NS5B (BK) with fragment-based compounds -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ih6
タイトルHepatitis C Virus polymerase NS5B (BK) with fragment-based compounds
要素RNA-directed RNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Fragment based drug design / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1EP / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wong, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: De novo fragment design: a medicinal chemistry approach to fragment-based lead generation.
著者: Talamas, F.X. / Ao-Ieong, G. / Brameld, K.A. / Chin, E. / de Vicente, J. / Dunn, J.P. / Ghate, M. / Giannetti, A.M. / Harris, S.F. / Labadie, S.S. / Leveque, V. / Li, J. / Lui, A.S. / ...著者: Talamas, F.X. / Ao-Ieong, G. / Brameld, K.A. / Chin, E. / de Vicente, J. / Dunn, J.P. / Ghate, M. / Giannetti, A.M. / Harris, S.F. / Labadie, S.S. / Leveque, V. / Li, J. / Lui, A.S. / McCaleb, K.L. / Najera, I. / Schoenfeld, R.C. / Wang, B. / Wong, A.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2864
ポリマ－126,7092
非ポリマー5772
水10,611589
1
A: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6432
ポリマ－63,3551
非ポリマー2881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6432
ポリマ－63,3551
非ポリマー2881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.660, 85.610, 115.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / NS5B / p68


分子量: 63354.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: Isolate BK / 遺伝子: NS5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26663, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-1EP / (5S)-3-(4-tert-butylbenzyl)-5-(propan-2-yl)imidazolidine-2,4-dione


分子量: 288.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 26% PEG 4000, 7.5% glycerol, 50 mM Na Citrate pH 4.9, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 56942 / Num. obs: 48287 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.281.80.32128251.166150.1
2.28-2.3720.27334430.944160.9
2.37-2.482.20.2739200.951169
2.48-2.612.40.23545670.956180.3
2.61-2.772.80.22151551.004190.9
2.77-2.993.10.18954921.027196.8
2.99-3.293.50.15456691.055199.5
3.29-3.763.70.10656861.154199.9
3.76-4.743.70.07957281.0751100
4.74-503.60.07158020.999199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
BUSTER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→40.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9125 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.418 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2406 2446 5.07 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
all0.1942 56942 --
obs0.1942 48259 84.81 %-
原子変位パラメータBiso max: 113.31 Å2 / Biso mean: 25.4056 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.7073 Å20 Å23.3093 Å2
2--4.5391 Å20 Å2
3---4.1682 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.262 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8680 0 42 589 9311
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3134SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1354HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9027HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1192SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11336SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9027HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12274HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.68
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 101 5.01 %
Rwork0.2421 1914 -
all0.2426 2015 -
obs--84.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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