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- PDB-4igb: Crystal structure of the N-terminal domain of the Streptococcus g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4igb
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the Streptococcus gordonii adhesin Sgo0707
要素(LPXTG cell wall surface ...) x 4
キーワードCELL ADHESION / Beta-sandwich folds / Adhesin / Collagen-binding / oral keratinocytes / Cell wall anchored protein
機能・相同性
機能・相同性情報


SHIRT domain / Sgo0707, N-terminal domain / SHIRT domain / Sgo0707 N-terminal domain / Sgo0707-like, N2 domain / Sgo0707 N2 domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...SHIRT domain / Sgo0707, N-terminal domain / SHIRT domain / Sgo0707 N-terminal domain / Sgo0707-like, N2 domain / Sgo0707 N2 domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / LPXTG cell wall surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Nylander, A. / Svensater, G. / Senadheera, D.B. / Cvitkovitch, D.G. / Davies, J.R. / Persson, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Analysis of the N-terminal Domain of the Streptococcus gordonii Adhesin Sgo0707
著者: Nylander, A. / Svensater, G. / Senadheera, D.B. / Cvitkovitch, D.G. / Davies, J.R. / Persson, K.
履歴
登録2012年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPXTG cell wall surface protein
B: LPXTG cell wall surface protein
C: LPXTG cell wall surface protein
D: LPXTG cell wall surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,95122
ポリマ－192,6054
非ポリマー1,34718
水23,0951282
1
A: LPXTG cell wall surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4216
ポリマ－48,0541
非ポリマー3665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LPXTG cell wall surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9045
ポリマ－48,5971
非ポリマー3074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LPXTG cell wall surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0766
ポリマ－48,7101
非ポリマー3665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LPXTG cell wall surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5515
ポリマ－47,2431
非ポリマー3074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.131, 158.115, 164.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-914-

HOH

21A-981-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 36:324 or resseq 331: 376 or...
211chain B and (resseq 36:324 or resseq 331: 376 or...
311chain C and (resseq 36:324 or resseq 331: 376 or...
411chain D and (resseq 36:324 or resseq 331: 376 or...

-
要素

-
LPXTG cell wall surface ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 LPXTG cell wall surface protein


分子量: 48054.316 Da / 分子数: 1 / 断片: Sgo0707-N, UNP residues 36-458 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
株: Challis / ATCC 35105 / CH1 / DL1 / V288 / 遺伝子: SGO_0707 / プラスミド: PetM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A8AW49
#2: タンパク質 LPXTG cell wall surface protein


分子量: 48596.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
株: Challis / ATCC 35105 / CH1 / DL1 / V288 / 遺伝子: SGO_0707 / プラスミド: PetM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A8AW49
#3: タンパク質 LPXTG cell wall surface protein


分子量: 48710.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
株: Challis / ATCC 35105 / CH1 / DL1 / V288 / 遺伝子: SGO_0707 / プラスミド: PetM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A8AW49
#4: タンパク質 LPXTG cell wall surface protein


分子量: 47243.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
株: Challis / ATCC 35105 / CH1 / DL1 / V288 / 遺伝子: SGO_0707 / プラスミド: PetM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A8AW49

-
非ポリマー , 5種, 1300分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.5652.03
2
結晶化温度: 291.15 K
詳細: 20%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
PH範囲: 5.0; 5.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.9793
シンクロトロンESRF ID23-120.9793
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2010年11月30日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2010年12月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→48.45 Å / Num. obs: 114889 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.09→2.2 Å / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→41.07 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 5640 5.01 %
Rwork0.179 --
obs0.181 112615 96.5 %
all-114889 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.48 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9272 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.1994 Å2-0 Å2
3----0.7278 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→41.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13424 0 76 1282 14782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10318608
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0755046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0712117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042422
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.711
13C3129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.081
14D3129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.182
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.09-2.11340.32011240.2626228562
2.1134-2.13830.30711890.2345311986
2.1383-2.16440.30551740.228324789
2.1644-2.19180.29671740.2265335591
2.1918-2.22060.28591750.2212343894
2.2206-2.2510.30851650.2207355896
2.251-2.28320.27182110.1984353497
2.2832-2.31730.23231810.1905353997
2.3173-2.35350.26571910.1912355297
2.3535-2.39210.24112020.1974358798
2.3921-2.43330.28572060.1874360598
2.4333-2.47750.25541840.1871359498
2.4775-2.52520.25271950.1896360898
2.5252-2.57670.23881690.1801367499
2.5767-2.63270.23861730.1754365499
2.6327-2.6940.24041850.1881364699
2.694-2.76130.26371820.1803366099
2.7613-2.8360.22551970.1827365399
2.836-2.91940.23871910.1831368899
2.9194-3.01360.24462110.18513627100
3.0136-3.12130.22161950.18713717100
3.1213-3.24620.22351920.19023676100
3.2462-3.39390.22652120.18583671100
3.3939-3.57270.23462010.18593694100
3.5727-3.79640.22331880.17163752100
3.7964-4.08930.1841760.15533715100
4.0893-4.50030.17362010.13353733100
4.5003-5.15050.15511870.12983757100
5.1505-6.48490.18972040.17193789100
6.4849-41.07420.21322050.2026384898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.8013 Å / Origin y: -1.643 Å / Origin z: 41.6425 Å
111213212223313233
T0.092 Å20.0095 Å2-0.003 Å2-0.0875 Å2-0.0104 Å2--0.0878 Å2
L0.1563 °20.0353 °20.0142 °2-0.1336 °2-0.0404 °2--0.0414 °2
S-0.0022 Å °0.0225 Å °-0.0431 Å °0.0257 Å °-0.0143 Å °-0.026 Å °-0.0024 Å °0.004 Å °0.0074 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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