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- PDB-4ifa: 1.5 Angstrom resolution crystal structure of an extracellular pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ifa
タイトル1.5 Angstrom resolution crystal structure of an extracellular protein containing a SCP domain from Bacillus anthracis str. Ames
要素Extracellular protein containing a SCP domain
キーワードUNKNOWN FUNCTION / extracellular protein containing a SCP domain / vaccine candidate / virulence / pathogenesis / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / alpha/beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


CAP-associated domain / CAP-associated N-terminal / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Shatsman, S. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.5 Angstrom resolution crystal structure of an extracellular protein containing a SCP domain from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Shatsman, S. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular protein containing a SCP domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,87510
ポリマ－39,2151
非ポリマー6609
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.115, 86.118, 89.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Extracellular protein containing a SCP domain


分子量: 39214.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_4147, BAS3849, GBAA_4147 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Magic / 参照: UniProt: Q81W36, UniProt: A0A348A8R7*PLUS

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非ポリマー , 5種, 499分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: protein at 7.7 mg/mL in 10 mM Tris-HCL pH 8.3 500 mM NaCl, 5 mM BME, crystallization: The Classics II Suite (condition G11: 200 mM Mg Cl2, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350 , VAPOR ...詳細: protein at 7.7 mg/mL in 10 mM Tris-HCL pH 8.3 500 mM NaCl, 5 mM BME, crystallization: The Classics II Suite (condition G11: 200 mM Mg Cl2, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日 / 詳細: Be Lenses
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 56956 / Num. obs: 56956 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 47
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2809 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.459 / SU ML: 0.042 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18304 2908 5.1 %RANDOM
Rwork0.15353 ---
obs0.15504 54572 99.89 %-
all-54572 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 38 490 2944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.953646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91234449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2865334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.08125.315143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.315462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3021513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9211.51600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3071.5644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.522603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36631079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6384.51043
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 229 -
Rwork0.194 3983 -
obs-3983 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38110.15281.33412.15970.64414.4744-0.0980.40730.5283-0.6075-0.02020.0005-0.9232-0.02340.11810.3839-0.0095-0.01590.15530.07660.18567.22462.200348.4705
21.4066-0.06030.44971.4039-0.40451.7186-0.0116-0.14670.04660.02560.10340.24180.0585-0.2284-0.09190.0051-0.0120.00550.09930.03160.12880.75440.87927.4346
32.98870.14592.12493.68760.22037.2140.28940.1225-0.4263-0.6823-0.24180.62650.9444-0.3403-0.04760.41670.0334-0.12480.1478-0.08130.33947.4358-17.244416.7175
43.2198-0.08590.66132.4727-0.45692.33770.11620.2888-0.2995-0.4572-0.0190.15960.4220.0698-0.09720.14180.027-0.04030.0611-0.00390.10359.703-7.760218.2387
53.3970.21051.81951.3567-0.34463.9057-0.01570.11840.0542-0.20430.10630.2529-0.0775-0.2462-0.09060.0385-0.0073-0.03610.07930.03510.11731.998910.918912.9994
60.90170.20320.00171.894-0.18792.4456-0.03330.00550.0577-0.23780.0212-0.0245-0.28910.15040.01210.0735-0.033-0.00060.0454-0.00140.052115.968615.236611.4269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2A52 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3A132 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4A154 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5A212 - 236
6X-RAY DIFFRACTION6A237 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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