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- PDB-4ief: Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ief
タイトルComplex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains
要素(Gingipain R2 ...) x 2
キーワードHYDROLASE / alpha/beta/alpha sandwich / cysteine endopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


gingipain R / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3800 / Gingipain r; domain 1 / Peptidase M60, C-terminal / Peptidase M60 C-terminal domain / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain, N-terminal superfamily / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain ...Immunoglobulin-like - #3800 / Gingipain r; domain 1 / Peptidase M60, C-terminal / Peptidase M60 C-terminal domain / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain, N-terminal superfamily / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Peptidase family C25 / Secretion system C-terminal sorting domain / Rossmann fold - #1460 / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者de Diego, I. / Veillard, F.T. / Guevara, T. / Potempa, B. / Sztukowska, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Porphyromonas gingivalis Virulence Factor Gingipain RgpB Shows a Unique Zymogenic Mechanism for Cysteine Peptidases.
著者: de Diego, I. / Veillard, F.T. / Guevara, T. / Potempa, B. / Sztukowska, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Refinement description
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gingipain R2 Pro-Domain
B: Gingipain R2 Mature Domain
C: Gingipain R2 Pro-Domain
D: Gingipain R2 Mature Domain
E: Gingipain R2 Pro-Domain
F: Gingipain R2 Mature Domain
G: Gingipain R2 Pro-Domain
H: Gingipain R2 Mature Domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,87333
ポリマ－287,4198
非ポリマー1,45325
水15,457858
1
A: Gingipain R2 Pro-Domain
B: Gingipain R2 Mature Domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3109
ポリマ－71,8552
非ポリマー4557
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
2
C: Gingipain R2 Pro-Domain
D: Gingipain R2 Mature Domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1126
ポリマ－71,8552
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23550 Å2
手法PISA
3
E: Gingipain R2 Pro-Domain
F: Gingipain R2 Mature Domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,22110
ポリマ－71,8552
非ポリマー3678
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
4
G: Gingipain R2 Pro-Domain
H: Gingipain R2 Mature Domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2298
ポリマ－71,8552
非ポリマー3746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.420, 133.140, 109.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Gingipain R2 ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Gingipain R2 Pro-Domain / Arg-gingipain / Gingipain 2 / RGP-2


分子量: 23226.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: PG_0506, prtRII, rgp2, rgpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95493
#2: タンパク質
Gingipain R2 Mature Domain / Arg-gingipain / Gingipain 2 / RGP-2


分子量: 48628.512 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 230-662 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: modified rgpB gene
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: PG_0506, prtRII, rgp2, rgpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95493, gingipain R

-
非ポリマー , 8種, 883分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: channel-cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.3 Å / Num. obs: 106820 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 106820 / Observed criterion σ(I): 2.6 / Biso Wilson estimate: 41.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CVR

1cvr


解像度: 2.3→33.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9089 / SU R Cruickshank DPI: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2247 5323 4.98 %RANDOM
Rwork0.1893 ---
all0.191 ---
obs0.191 106784 99.25 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1917 Å20 Å2-0.2361 Å2
2--2.2839 Å20 Å2
3----1.0922 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.299 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19151 0 37 858 20046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00819511HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0426452HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9085SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes567HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2767HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19511HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd52SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2669SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22075SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 361 4.94 %
Rwork0.211 6952 -
all0.2123 7313 -
obs--99.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6181-0.09310.19731.2083-0.18120.36190.05140.0026-0.13720.0556-0.0194-0.28810.11270.1449-0.032-0.09190.0067-0.001-0.14270.00790.047712.4526-56.14311.3429
21.16550.61120.00991.5403-0.16090.703-0.0685-0.0326-0.17280.0125-0.013-0.174-0.06360.02270.0815-0.0962-0.0013-0.0056-0.14110.0367-0.00245.2045-27.322616.8804
32.72010.23820.57881.1455-0.11411.17830.0211-0.09590.04330.1431-0.0653-0.2348-0.00980.06080.0442-0.0129-0.0617-0.1463-0.06520.0874-0.006326.2441-14.72734.1008
42.86460.43180.021.18180.390.7892-0.2911-0.04510.5355-0.11740.10250.0126-0.26840.07470.1886-0.02580.0111-0.1041-0.18470.0215-0.036226.555547.07417.8427
51.55030.40880.20661.9675-0.18250.9145-0.0064-0.12640.00120.06660.014-0.1511-0.0031-0.007-0.0076-0.1010.0152-0.0203-0.1326-0.0291-0.071233.107818.39212.57
63.1799-0.5008-1.17320.2215-0.36411.64610.0395-0.33940.04490.27120.02210.2824-0.21490.0382-0.06160.079-0.06290.0833-0.058-0.0196-0.082415.79027.855934.4979
70.75980.01910.47672.47270.18650.7533-0.12320.13410.3305-0.33320.1161-0.0786-0.2296-0.00540.007-0.1289-0.0594-0.0509-0.08140.0860.009368.61247.561950.8285
81.43850.3560.40351.63360.65051.3451-0.0026-0.0078-0.03360.09990.0052-0.089-0.03090.0234-0.0026-0.13660.0282-0.0237-0.08330.0424-0.090164.112-21.022758.9969
91.4093-0.39070.34031.93630.47622.54450.01850.12130.0293-0.283-0.02290.23340.1742-0.16820.0044-0.10280.0204-0.0879-0.00550.01040.024542.132-32.442.1605
100.47290.56430.13681.82930.78881.9120.0303-0.1023-0.23450.32690.1071-0.35220.3395-0.0856-0.1373-0.15890.0266-0.0342-0.1190.05720.093565.9689-95.627235.7028
111.20690.178-0.07351.34070.21181.0519-0.0331-0.0885-0.11350.0080.0732-0.10260.0315-0.1072-0.0401-0.1409-0.040.0092-0.10410.0596-0.014459.0845-66.610730.7506
121.2583-0.06140.06762.65591.16213.2028-0.0069-0.1827-0.05180.29390.00770.0202-0.0475-0.1462-0.0008-0.08320.01870.07080.00250.0763-0.064443.2448-54.957753.3941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|31 - A|227 }A31 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|239 - B|580 }B239 - 580
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|581 - B|661 }B581 - 661
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|30 - C|229 }C30 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5{ D|238 - D|580 }D238 - 580
6X-RAY DIFFRACTION6{ D|581 - D|661 }D581 - 661
7X-RAY DIFFRACTION7{ E|30 - E|228 }E30 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8{ F|238 - F|580 }F238 - 580
9X-RAY DIFFRACTION9{ F|581 - F|661 }F581 - 661
10X-RAY DIFFRACTION10{ G|31 - G|226 }G31 - 226
11X-RAY DIFFRACTION11{ H|238 - H|580 }H238 - 580
12X-RAY DIFFRACTION12{ H|581 - H|661 }H581 - 661

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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