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万見
- PDB-4ic1: Crystal structure of SSO0001 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ic1
タイトルCrystal structure of SSO0001
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Cas4 / CRISPR / MCSG / Exonuclease / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


5' to 3' exodeoxyribonuclease (nucleoside 3'-phosphate-forming) / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA duplex unwinding / manganese ion binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / defense response to virus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated protein Cas4 / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IRON/SULFUR CLUSTER / CRISPR-associated exonuclease Cas4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Nocek, B. / Skarina, T. / Lemak, S. / Beloglazova, N. / Flick, R. / Brown, G. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Toroidal structure and DNA cleavage by the CRISPR-associated [4Fe-4S] cluster containing Cas4 nuclease SSO0001 from Sulfolobus solfataricus.
著者: Lemak, S. / Beloglazova, N. / Nocek, B. / Skarina, T. / Flick, R. / Brown, G. / Popovic, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2012年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
I: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein
K: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,13830
ポリマ－239,07210
非ポリマー4,06620
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36630 Å2
ΔGint-543 kcal/mol
Surface area87500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.152, 197.761, 89.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細confirmed biologically

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 23907.211 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO0001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21DE3 / 参照: UniProt: Q97TX9
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M NaCitrate, 0.2M NaCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.9794
シンクロトロンAPS 19-BM21.738
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年10月30日mirrors
ADSC QUANTUM 2102CCD2012年10月30日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
21.7381
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. all: 121708 / Num. obs: 118972 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 11.625 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.7 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 5038 5 %RANDOM
Rwork0.20128 ---
all0.22 100633 --
obs0.20533 95585 82.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.708 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.37 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16077 0 90 292 16459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02216518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0921.98622470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.315327231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11252020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56324.026703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.005152961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.79115100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.22649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7181.510120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5861.54071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.029216398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.95136398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2854.55946
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.276316389
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.347→2.408 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 82 -
Rwork0.21 1689 -
obs--19.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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