ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB XSCALEデータスケーリング Show PHASER2.3.0位相決定 Show PHENIX1.8.1_1168精密化 Show PDB_EXTRACT3.11 データ抽出 Show XDSデータ削減
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 2QW7解像度 : 3.2→19.789 Å / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / FOM work R set : 0.7272 / SU ML : 0.39 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1.99 / 位相誤差 : 33 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2885 461 4.99 % RANDOM Rwork 0.2671 - - - obs 0.2682 9242 97.03 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 160.25 Å2 / Biso mean : 87.6177 Å2 / Biso min : 51.97 Å2 精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3.2→19.789 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2926 0 3 1 2930
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.004 2928 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.693 3979 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.037 551 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.001 493 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d11.739 1007
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 3
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)3.2-3.6606 0.3755 151 0.3304 2889 3040 97 3.6606-4.6024 0.2695 154 0.271 2926 3080 98 4.6024-19.7896 0.2733 156 0.2433 2966 3122 97
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 47.2819 Å / Origin y : 29.815 Å / Origin z : 0.0653 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T 0.5117 Å2 -0.0846 Å2 0.0262 Å2 - 0.506 Å2 -0.025 Å2 - - 0.5633 Å2 L 1.6619 °2 -1.1662 °2 -0.0022 °2 - 2.7206 °2 -0.2138 °2 - - 2.4408 °2 S -0.0012 Å ° -0.0573 Å ° 0.1111 Å ° 0.0108 Å ° 0.0506 Å ° -0.1443 Å ° -0.0148 Å ° -0.0713 Å ° -0.0576 Å °
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 allA1 - 88 2 X-RAY DIFFRACTION 1 allB1 - 201 3 X-RAY DIFFRACTION 1 allC1 - 101 4 X-RAY DIFFRACTION 1 allD1 - 101 5 X-RAY DIFFRACTION 1 allE1 - 91