[日本語] English
万見
- PDB-4i6e: A vertebrate cryptochrome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i6e
タイトルA vertebrate cryptochrome
要素Cryptochrome-2
キーワードTRANSCRIPTION / Cryptochrome Circadian Clock / Photolyase fold / Circadian Clock / FAD / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sodium-dependent phosphate transport / Cry-Per complex / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / protein phosphatase inhibitor activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / response to light stimulus / photoreceptor activity ...regulation of sodium-dependent phosphate transport / Cry-Per complex / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lipid storage / protein phosphatase inhibitor activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / response to light stimulus / photoreceptor activity / phosphatase binding / FAD binding / nuclear receptor binding / response to activity / response to insulin / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / kinase binding / circadian rhythm / protein import into nucleus / glucose homeostasis / single-stranded DNA binding / damaged DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xing, W. / Busino, L. / Hinds, T.R. / Marionni, S.T. / Saifee, N.H. / Bush, M.F. / Pagano, M. / Zheng, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: SCFFBXL3 ubiquitin ligase targets cryptochromes at their cofactor pocket.
著者: Xing, W. / Busino, L. / Hinds, T.R. / Marionni, S.T. / Saifee, N.H. / Bush, M.F. / Pagano, M. / Zheng, N.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6891
ポリマ－58,6891
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.935, 68.935, 127.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-2


分子量: 58689.047 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry2, Kiaa0658
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9R194
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES-imadzole, pH6.5, 7.2% PEG8000, 20% Ethylene glycol (v/v), 0.03M NaF,NaBr,NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 16379 / Num. obs: 16379 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 45.023
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 7.579 / Num. unique all: 815 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CVU

3cvu


解像度: 2.7→48.744 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.72 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2871 1377 8.41 %Random
Rwork0.2438 ---
all0.2475 16379 --
obs0.2475 16379 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3821 0 0 1 3822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2725323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8461443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.79660.39811390.29781496X-RAY DIFFRACTION100
2.7966-2.90860.34041410.29241511X-RAY DIFFRACTION100
2.9086-3.04090.36611370.27351491X-RAY DIFFRACTION100
3.0409-3.20120.3191390.2611467X-RAY DIFFRACTION100
3.2012-3.40170.3231340.26021503X-RAY DIFFRACTION100
3.4017-3.66430.31261310.24911518X-RAY DIFFRACTION100
3.6643-4.03290.28751380.23061493X-RAY DIFFRACTION100
4.0329-4.61610.29771400.23011493X-RAY DIFFRACTION100
4.6161-5.81430.21851370.24421509X-RAY DIFFRACTION100
5.8143-48.75230.26031410.22541521X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53050.6-0.26992.1217-1.39910.92090.43231.0060.2897-0.2503-0.31510.597-0.7262-0.6636-0.2731.11690.8557-0.32.2909-0.85641.352563.3936-26.3223-3.7209
27.8445-2.8014-0.18342.4808-0.75670.50670.0077-0.18530.1199-0.2264-0.40371.0044-1.3581-1.16570.28720.95530.4933-0.09861.1943-0.35980.80473.8237-26.90236.0558
31.34110.37460.53720.8609-0.20291.39080.04710.7866-0.35620.1495-0.9341.3221-0.8429-2.16250.30770.5470.6704-0.33512.5128-0.95811.70464.1448-34.5468-2.3906
41.7122-0.453-0.91623.72950.09770.92930.87530.67940.3581-0.34660.06830.52250.01760.1487-0.2971.38221.2454-0.26911.3742-0.50521.519962.9403-14.0609-1.6101
53.6643-0.2532-2.80291.9749-1.57345.13210.55430.93941.0383-0.9358-0.4871-0.0488-1.3781-0.9491-0.01961.38180.3203-0.1650.6595-0.0150.814984.0182-23.1993-3.2087
60.0103-0.014-0.01310.00410.01050.0164-0.0810.5662-0.1312-0.81770.11980.0521-0.0131-0.26680.00631.9165-0.1922-0.02652.64980.00450.98882.7879-28.3897-27.3243
72.41781.79861.19833.98072.03061.0836-0.25351.3515-0.3367-1.6502-0.78340.5056-1.871-1.57080.61831.36420.6451-0.38332.004-0.35331.02575.1264-36.2777-18.2441
84.1002-0.3661-0.01125.72142.15785.86860.20910.1105-0.83020.4642-0.26030.44030.5715-1.02520.00980.4344-0.0480.01210.53-0.09750.623387.6985-47.8185-2.8722
95.5529-0.68250.62923.25290.1045.02260.08740.88520.00570.08630.4927-0.4920.02470.9729-0.38950.5956-0.1870.18890.8703-0.42250.878102.5294-44.966-13.6686
106.41712.1631-2.00522.9287-1.41014.4864-0.2684-0.608-0.6637-0.01140.4157-0.43270.94740.4885-0.09980.7960.2681-0.23370.8052-0.22431.1713102.3309-55.0946-5.806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 21:42)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 43:71)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 72:183)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 184:209)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 210:241)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 242:258)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 259:320)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 321:423)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 424:469)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 470:510)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る