PDB-4i5e: Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i5e

タイトル

Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase in complex with NADP+

要素

Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain-dehydrogenases/reductases / Rossmann fold / Ralstonia sp. / alcohol dehydrogenase / RasADH / cosubstrate specificity / NADH / S-phenylethanol

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Jarasch, A. / Lerchner, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic analysis and structure-guided engineering of NADPH-dependent Ralstonia sp. Alcohol dehydrogenase toward NADH cosubstrate specificity.
著者: Lerchner, A. / Jarasch, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A.

履歴

登録	2012年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i5e.cif.gz	388.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i5e.ent.gz	319.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i5e_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i5e_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	4i5e_validation.xml.gz	76.1 KB	表示
CIF形式データ	4i5e_validation.cif.gz	96.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i5dC 4i5fC 4i5gC 2mn0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ihh-1 4bms-1 4bms-2 4d0r-1 3sx2-2 4qec-2 3sx2-1 3jqe-d 4cle-d 4bqp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

B: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

C: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

D: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

E: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

F: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

G: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

H: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

ヘテロ分子

232 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

B: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

C: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

D: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

F: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

G: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

H: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.342, 74.549, 132.689
Angle α, β, γ (deg.)	80.980, 85.990, 64.600
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質	Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase 分子量: 28177.861 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia sp. (バクテリア) / 株: DSMZ 6428 / 遺伝子: RasADH / プラスミド: pASK-IBA35plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C0IR58
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 26% PEG3000, 100mM Tris/HCl, 200 mM Li2SO4, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 57905 / Num. obs: 57905 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 39.685 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.8-2.9		0.503	2.17	11782	5932	95.4
2.9-3		0.36	2.9	10174	5126	95.4
3-3.5		0.206	4.37	34963	17603	94.7
3.5-4		0.096	8.04	19177	9669	92.7
4-6		0.056	11.63	27089	13654	91.5
6-8		0.041	13.89	6765	3434	94.6
8-10		0.032	18.05	2402	1228	95
	10	0.033	18.67	2407	1259	92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MN0

2mn0

解像度: 2.8→29.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.886 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.847 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 19.318 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3052	2942	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2607	-	-	-
obs	0.263	57905	93.71 %	-
all	-	57905	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.54 Å² / B_iso mean: 59.7802 Å² / B_iso min: 8.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.15 Å²	1.92 Å²	0.74 Å²
2-	-	1.33 Å²	-3.29 Å²
3-	-	-	-3.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15056	0	408	96	15560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	15676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	2.001	21324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.516	5	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.211	23.293	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.749	15	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.602	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11584

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	14	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
1	2	B	14	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
1	3	C	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
1	4	D	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
1	5	E	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
1	6	F	14	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
1	7	G	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
1	8	H	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
1	1	A	1868	TIGHT THERMAL	9.37	0.5
1	2	B	1868	TIGHT THERMAL	7.92	0.5
1	3	C	1868	TIGHT THERMAL	14.27	0.5
1	4	D	1868	TIGHT THERMAL	9.33	0.5
1	5	E	1868	TIGHT THERMAL	10.53	0.5
1	6	F	1868	TIGHT THERMAL	8.75	0.5
1	7	G	1868	TIGHT THERMAL	10.05	0.5
1	8	H	1868	TIGHT THERMAL	8.82	0.5
1	1	A	14	LOOSE THERMAL	13.27	10
1	2	B	14	LOOSE THERMAL	14.94	10
1	3	C	14	LOOSE THERMAL	20.62	10
1	4	D	14	LOOSE THERMAL	9.9	10
1	5	E	14	LOOSE THERMAL	6.71	10
1	6	F	14	LOOSE THERMAL	15.93	10
1	7	G	14	LOOSE THERMAL	21.44	10
1	8	H	14	LOOSE THERMAL	15.46	10
2	1	B	14	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
2	2	C	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
2	3	D	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
2	4	E	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
2	5	F	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
2	6	G	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
2	7	H	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
2	1	B	1868	TIGHT THERMAL	7.61	0.5
2	2	C	1868	TIGHT THERMAL	13.85	0.5
2	3	D	1868	TIGHT THERMAL	9.41	0.5
2	4	E	1868	TIGHT THERMAL	10.81	0.5
2	5	F	1868	TIGHT THERMAL	8.98	0.5
2	6	G	1868	TIGHT THERMAL	9.59	0.5
2	7	H	1868	TIGHT THERMAL	8.91	0.5
2	1	B	14	LOOSE THERMAL	14.15	10
2	2	C	14	LOOSE THERMAL	21.8	10
2	3	D	14	LOOSE THERMAL	9.26	10
2	4	E	14	LOOSE THERMAL	7.89	10
2	5	F	14	LOOSE THERMAL	14.5	10
2	6	G	14	LOOSE THERMAL	20.44	10
2	7	H	14	LOOSE THERMAL	16.35	10
3	1	C	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	2	D	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	3	E	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	4	F	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	5	G	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	6	H	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	1	C	1868	TIGHT THERMAL	14.06	0.5
3	2	D	1868	TIGHT THERMAL	9.24	0.5
3	3	E	1868	TIGHT THERMAL	10.55	0.5
3	4	F	1868	TIGHT THERMAL	8.8	0.5
3	5	G	1868	TIGHT THERMAL	9.65	0.5
3	6	H	1868	TIGHT THERMAL	8.61	0.5
3	1	C	14	LOOSE THERMAL	22.87	10
3	2	D	14	LOOSE THERMAL	10.33	10
3	3	E	14	LOOSE THERMAL	7.48	10
3	4	F	14	LOOSE THERMAL	14.92	10
3	5	G	14	LOOSE THERMAL	19.24	10
3	6	H	14	LOOSE THERMAL	14.38	10
4	1	D	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
4	2	E	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
4	3	F	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
4	4	G	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
4	5	H	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
4	1	D	1868	TIGHT THERMAL	8.7	0.5
4	2	E	1868	TIGHT THERMAL	9.15	0.5
4	3	F	1868	TIGHT THERMAL	7.82	0.5
4	4	G	1868	TIGHT THERMAL	11.27	0.5
4	5	H	1868	TIGHT THERMAL	7.38	0.5
4	1	D	14	LOOSE THERMAL	11.89	10
4	2	E	14	LOOSE THERMAL	10.26	10
4	3	F	14	LOOSE THERMAL	12.7	10
4	4	G	14	LOOSE THERMAL	15.55	10
4	5	H	14	LOOSE THERMAL	14.42	10
5	1	E	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
5	2	F	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
5	3	G	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
5	4	H	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
5	1	E	1868	TIGHT THERMAL	8.52	0.5
5	2	F	1868	TIGHT THERMAL	7.19	0.5
5	3	G	1868	TIGHT THERMAL	10.95	0.5
5	4	H	1868	TIGHT THERMAL	7.96	0.5
5	1	E	14	LOOSE THERMAL	11.44	10
5	2	F	14	LOOSE THERMAL	13.71	10
5	3	G	14	LOOSE THERMAL	13.98	10
5	4	H	14	LOOSE THERMAL	12.91	10
6	1	F	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
6	2	G	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
6	3	H	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
6	1	F	1868	TIGHT THERMAL	7.56	0.5
6	2	G	1868	TIGHT THERMAL	9.59	0.5
6	3	H	1868	TIGHT THERMAL	7.84	0.5
6	1	F	14	LOOSE THERMAL	14.05	10
6	2	G	14	LOOSE THERMAL	10.38	10
6	3	H	14	LOOSE THERMAL	14.18	10
7	1	G	14	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
7	1	G	1868	TIGHT THERMAL	7.9	0.5
7	1	G	14	LOOSE THERMAL	10.25	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	244	-
R_work	0.337	4135	-
all	-	4379	-
obs	-	-	95.74 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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